Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Trim28Q62318 Klhdc2-201ENSMUST00000021362 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Trim28Q62318 Tmem192-203ENSMUST00000209852 1193 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Trim28Q62318 Gm18755-201ENSMUST00000218030 1099 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
Trim28Q62318 Sarnp-203ENSMUST00000219512 953 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
Trim28Q62318 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Trim28Q62318 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Otud3-201ENSMUST00000097830 1668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Dnajb2-207ENSMUST00000188290 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Ech1-201ENSMUST00000066264 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Plpp1-201ENSMUST00000016144 1598 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Henmt1-201ENSMUST00000059946 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Gt(ROSA)26Sor-201ENSMUST00000124246 1181 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Barx1-201ENSMUST00000021813 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Borcs6-201ENSMUST00000051888 1862 ntAPPRIS P1 BASIC28.85■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Socs2-202ENSMUST00000119917 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Tlx2-201ENSMUST00000089641 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Slc22a17-210ENSMUST00000228495 2340 ntAPPRIS P1 BASIC28.85■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Gm42501-201ENSMUST00000200220 1026 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Rell2-211ENSMUST00000176902 1835 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Fkbp1b-201ENSMUST00000020964 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Mthfd2l-201ENSMUST00000071652 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Capza2-201ENSMUST00000015877 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Trim28Q62318 Gm16464-201ENSMUST00000117815 1095 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Pgls-205ENSMUST00000143441 1062 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Gm45102-201ENSMUST00000207427 857 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Gm35161-201ENSMUST00000221765 941 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Gm10232-201ENSMUST00000089221 720 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Mettl24-201ENSMUST00000058747 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Dok6-201ENSMUST00000097495 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Unc119-201ENSMUST00000002127 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Txnrd2-201ENSMUST00000115604 1235 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Gm22567-201ENSMUST00000175542 342 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Bex1-201ENSMUST00000058125 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Tbc1d10a-201ENSMUST00000041042 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Tmem150b-201ENSMUST00000086363 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Irf5-201ENSMUST00000004392 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Kcnip2-201ENSMUST00000026247 1203 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Mrfap1-201ENSMUST00000068795 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Tcea2-201ENSMUST00000103042 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Btbd6-206ENSMUST00000222209 644 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Camk2n2-201ENSMUST00000052939 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Ube2k-204ENSMUST00000201292 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Hsd11b2-201ENSMUST00000034363 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Bean1-205ENSMUST00000212979 2131 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Podxl2-210ENSMUST00000145944 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Gm10645-201ENSMUST00000098605 1090 ntAPPRIS P1 BASIC28.78■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Hmg20b-203ENSMUST00000105324 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Emc6-201ENSMUST00000054952 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Trim28Q62318 Aktip-205ENSMUST00000125257 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Mrgbp-201ENSMUST00000029085 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Rps19-202ENSMUST00000108429 633 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Gm10653-201ENSMUST00000132250 1232 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Gm10653-203ENSMUST00000156423 1232 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Mt2-201ENSMUST00000034214 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Gm9959-201ENSMUST00000068277 390 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Cys1-208ENSMUST00000189849 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Casd1-204ENSMUST00000181734 1063 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 1700097N02Rik-201ENSMUST00000188852 845 ntTSL 3 BASIC28.74■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Rps24-207ENSMUST00000224568 714 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Cdkn2d-203ENSMUST00000215619 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Pdf-201ENSMUST00000055316 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Hoxd11-202ENSMUST00000142312 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Tmem74b-201ENSMUST00000060196 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Rab3ip-203ENSMUST00000219109 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Gm28536-201ENSMUST00000190971 1317 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Frmd5-201ENSMUST00000110592 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Gm45371-201ENSMUST00000210723 459 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Med25-205ENSMUST00000207278 2287 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Tmem150a-201ENSMUST00000069695 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 4930500M09Rik-202ENSMUST00000194988 1563 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 Ppp3cc-201ENSMUST00000078434 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
Trim28Q62318 1700016K19Rik-201ENSMUST00000066408 921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
Trim28Q62318 Mtf2-202ENSMUST00000112626 1968 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
Trim28Q62318 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Trim28Q62318 Anp32b-201ENSMUST00000102926 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Trim28Q62318 Bend7-202ENSMUST00000115022 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Trim28Q62318 Psmg1-202ENSMUST00000117044 807 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Trim28Q62318 Gm14117-201ENSMUST00000122417 843 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
Trim28Q62318 Usf2-203ENSMUST00000162228 960 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Trim28Q62318 Vwc2-201ENSMUST00000056344 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Trim28Q62318 Prss50-201ENSMUST00000051097 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Trim28Q62318 Nrbp2-208ENSMUST00000228366 1863 ntAPPRIS P1 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Trim28Q62318 Fbxw4-201ENSMUST00000046869 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.6 ms