Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Osbp-201ENSMUST00000025590 4578 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Ints11-201ENSMUST00000030901 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 2310022B05Rik-201ENSMUST00000034464 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Gbx2-201ENSMUST00000036954 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Fam193a-202ENSMUST00000180376 5536 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Fezf2-203ENSMUST00000224714 2429 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Ipp-202ENSMUST00000106479 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Ipp-201ENSMUST00000030461 2115 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Adgrb1-201ENSMUST00000042035 6228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Zfp523-201ENSMUST00000002318 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Rnf40Q3U319 Mapk12-201ENSMUST00000088827 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Ammecr1-201ENSMUST00000041317 5437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Dynll2-201ENSMUST00000020775 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Dmrta2-201ENSMUST00000061187 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Retreg2-208ENSMUST00000190240 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Ankra2-202ENSMUST00000091356 1949 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Plpp5-201ENSMUST00000068916 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Jak2-201ENSMUST00000025705 4947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Atf5-201ENSMUST00000047356 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Gm5475-201ENSMUST00000132119 2608 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Dapk1-202ENSMUST00000077453 5491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Prr5-202ENSMUST00000171460 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Socs2-201ENSMUST00000020215 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Slc26a10-201ENSMUST00000095270 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Dirc2-201ENSMUST00000023554 5395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Cbx4-201ENSMUST00000026665 5179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Bhlhe23-201ENSMUST00000108878 2520 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Tmcc1-202ENSMUST00000088896 5838 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Cdk18-202ENSMUST00000112362 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Gm28731-201ENSMUST00000185564 1569 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Galnt11-201ENSMUST00000045737 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Gm26660-201ENSMUST00000181582 2543 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Pdp1-204ENSMUST00000108299 2588 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
Rnf40Q3U319 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Gtf2h2-202ENSMUST00000066984 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Mettl9-201ENSMUST00000033163 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Shox2-201ENSMUST00000029422 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Tcte2-210ENSMUST00000148430 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Akt1-201ENSMUST00000001780 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Hsf1-205ENSMUST00000227478 2084 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Fbxl17-201ENSMUST00000024761 4925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Qk-201ENSMUST00000042296 6718 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Trim47-201ENSMUST00000021120 2204 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Ears2-201ENSMUST00000033159 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Gsr-201ENSMUST00000033992 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Phc2-202ENSMUST00000106079 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Sept5-201ENSMUST00000096987 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Prdm13-202ENSMUST00000095141 3173 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Magi2-205ENSMUST00000197354 4785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Maf1-211ENSMUST00000161527 1743 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Map2k1-201ENSMUST00000005066 2436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Sephs2-201ENSMUST00000082428 2177 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Mrfap1-201ENSMUST00000068795 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Retreg2-201ENSMUST00000097694 2561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Phox2b-201ENSMUST00000012664 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Cdkn1c-202ENSMUST00000167912 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Znhit6-201ENSMUST00000098534 2339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Rora-202ENSMUST00000113624 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Kcnk2-205ENSMUST00000192723 1642 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Tmem221-201ENSMUST00000052072 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Hras-201ENSMUST00000026572 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Ispd-204ENSMUST00000221452 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Gpr160-204ENSMUST00000108261 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Arhgap9-201ENSMUST00000069548 1782 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Inpp5a-203ENSMUST00000106098 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Baiap2-203ENSMUST00000103021 3398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 St7-207ENSMUST00000115418 1678 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Pus1-202ENSMUST00000031483 1814 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Kremen2-201ENSMUST00000046525 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Maz-203ENSMUST00000205568 2650 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Myo1b-202ENSMUST00000046390 5052 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Cnnm1-201ENSMUST00000165311 5037 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Iqck-206ENSMUST00000208658 2891 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
Rnf40Q3U319 Tab2-204ENSMUST00000146444 4380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Fbxw2-203ENSMUST00000113075 2260 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Ttc14-206ENSMUST00000196975 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Fezf2-201ENSMUST00000022262 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Cdan1-201ENSMUST00000110700 5996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Hoxd13-201ENSMUST00000001872 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Slc12a8-204ENSMUST00000121925 2656 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Mprip-202ENSMUST00000072031 8718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Rnf40Q3U319 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 47.9 ms