Protein–RNA interactions for Protein: P18828

Sdc1, Syndecan-1, mousemouse

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sdc1P18828 Ghitm-201ENSMUST00000042564 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Zfp69-201ENSMUST00000106280 2362 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Klf15-201ENSMUST00000032174 2373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Rab40b-201ENSMUST00000106107 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 A230052G05Rik-201ENSMUST00000050921 2302 ntBASIC17.89■□□□□ 0.46
Sdc1P18828 Pkd2-201ENSMUST00000086831 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Dvl3-201ENSMUST00000003318 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Col23a1-201ENSMUST00000102765 5658 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Gpr137c-207ENSMUST00000227086 4997 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Senp6-201ENSMUST00000037484 5111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 2310022B05Rik-201ENSMUST00000034464 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Ltbp3-201ENSMUST00000081496 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Olig3-201ENSMUST00000053225 2072 ntAPPRIS P1 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Skor2-201ENSMUST00000166956 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Homer1-206ENSMUST00000109493 2580 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Mbnl3-203ENSMUST00000114876 2243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Socs2-201ENSMUST00000020215 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 March2-210ENSMUST00000186022 2470 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Oaf-201ENSMUST00000034512 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Phf12-202ENSMUST00000108360 3047 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Gm11542-201ENSMUST00000126480 1511 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Polr2m-201ENSMUST00000034720 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Gsr-201ENSMUST00000033992 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Emid1-208ENSMUST00000163299 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Spsb3-209ENSMUST00000168265 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Gbx2-201ENSMUST00000036954 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Pdcd7-201ENSMUST00000048184 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Rasa1-201ENSMUST00000109552 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Smox-207ENSMUST00000110186 2170 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Gm26776-201ENSMUST00000180479 1872 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Smad6-201ENSMUST00000041029 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Irx5-202ENSMUST00000210246 2550 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Dynll2-201ENSMUST00000020775 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Slc26a10-201ENSMUST00000095270 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Fezf2-201ENSMUST00000022262 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Lrrc3b-201ENSMUST00000055211 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Cdc16-201ENSMUST00000043962 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 Irf5-201ENSMUST00000004392 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
Sdc1P18828 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 A830035O19Rik-201ENSMUST00000216147 1898 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Phox2b-201ENSMUST00000012664 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Eri3-201ENSMUST00000037127 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Ccdc85c-202ENSMUST00000222310 4298 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Zbtb4-203ENSMUST00000108640 4067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Gimap1-205ENSMUST00000204168 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Dmrta2-201ENSMUST00000061187 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Baiap2-203ENSMUST00000103021 3398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Gm26660-201ENSMUST00000181582 2543 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Nrxn2-208ENSMUST00000137166 6314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Znhit6-201ENSMUST00000098534 2339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Trp73-204ENSMUST00000105644 5042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Bhlhe23-201ENSMUST00000108878 2520 ntAPPRIS P1 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Fbxw8-201ENSMUST00000049474 5000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Maz-203ENSMUST00000205568 2650 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Atf5-201ENSMUST00000047356 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Retreg2-208ENSMUST00000190240 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Rapgef1-201ENSMUST00000091146 6212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Zfp523-201ENSMUST00000002318 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Ints11-201ENSMUST00000030901 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Magi2-206ENSMUST00000197443 6578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Hsf1-205ENSMUST00000227478 2084 ntAPPRIS P1 BASIC17.8■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Shox2-201ENSMUST00000029422 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Sept5-201ENSMUST00000096987 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Galnt11-201ENSMUST00000045737 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Ubl3-201ENSMUST00000079324 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Trim47-201ENSMUST00000021120 2204 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Gm5475-201ENSMUST00000132119 2608 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Tmem120b-201ENSMUST00000067505 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Ggnbp2-202ENSMUST00000100686 2275 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 AC115037.1-201ENSMUST00000223391 2173 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Tmed2-201ENSMUST00000060226 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Sephs2-201ENSMUST00000082428 2177 ntAPPRIS P1 BASIC17.78■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Gm10616-201ENSMUST00000205285 2127 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Kremen2-201ENSMUST00000046525 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Slc9a2-201ENSMUST00000027231 5019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Map2k1-201ENSMUST00000005066 2436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Rora-202ENSMUST00000113624 2591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Mapk12-201ENSMUST00000088827 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Mmp24-201ENSMUST00000029141 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Tcte2-210ENSMUST00000148430 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Plpp5-201ENSMUST00000068916 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Grin2c-202ENSMUST00000106554 4895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
Sdc1P18828 Ankra2-202ENSMUST00000091356 1949 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Kcnn2-203ENSMUST00000169783 1625 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Maf1-211ENSMUST00000161527 1743 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Sdc1P18828 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.5 ms