Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Tmem38a-203ENSMUST00000212763 882 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Trim58Q5NCC9 Hspb2-201ENSMUST00000042790 773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Trim58Q5NCC9 AU040320-202ENSMUST00000102607 4191 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Trim58Q5NCC9 Nacad-201ENSMUST00000045713 4892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Trim58Q5NCC9 Tacc1-202ENSMUST00000084512 6471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Trim58Q5NCC9 St8sia6-201ENSMUST00000003509 7618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Trim58Q5NCC9 Nell1-201ENSMUST00000081872 6617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Trim58Q5NCC9 Cep131-201ENSMUST00000106227 3578 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Trim58Q5NCC9 Cep131-202ENSMUST00000106229 3581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Trim58Q5NCC9 Cep131-207ENSMUST00000180242 3581 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Trim58Q5NCC9 Rasal3-207ENSMUST00000137458 3272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Asap1-216ENSMUST00000177083 4415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 AC154767.3-201ENSMUST00000225150 1342 ntBASIC17.71■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Gm10044-201ENSMUST00000081331 1312 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Rbfox2-209ENSMUST00000228087 1694 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.71■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Zfp385b-203ENSMUST00000111830 2642 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Zbtb46-201ENSMUST00000029106 5309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Rapgef6-205ENSMUST00000108895 1829 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Clcf1-201ENSMUST00000046506 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Cnga3-203ENSMUST00000194195 2083 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Fgfr3-210ENSMUST00000169212 4245 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Chd4-201ENSMUST00000056889 6697 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Arl5b-202ENSMUST00000069870 6981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Gm10369-201ENSMUST00000100641 1148 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Rpl36al-203ENSMUST00000110620 757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Hist3h2bb-ps-201ENSMUST00000117558 465 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Bricd5-202ENSMUST00000164508 701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Gm25144-201ENSMUST00000179561 110 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Gm25352-201ENSMUST00000179815 110 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Smim22-206ENSMUST00000184256 381 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Ilkap-208ENSMUST00000187306 377 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Gm33320-201ENSMUST00000192232 530 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Orc6-201ENSMUST00000034132 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 H2-K1-202ENSMUST00000087189 579 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Ldlrap1-201ENSMUST00000037828 6549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Kcnh2-201ENSMUST00000036092 4221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Tle3-215ENSMUST00000162583 4299 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Oasl1-202ENSMUST00000112143 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 9330182L06Rik-201ENSMUST00000069538 4688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Trib1-202ENSMUST00000118228 3081 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Ppp1r1a-201ENSMUST00000023133 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Tfap2a-201ENSMUST00000021787 3487 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Arhgef1-203ENSMUST00000117419 3214 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Zfp334-201ENSMUST00000103084 8205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 P4ha1-202ENSMUST00000092512 2387 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 E2f3-203ENSMUST00000221536 4597 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 E2f3-204ENSMUST00000222730 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Tlk2-209ENSMUST00000145048 2776 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Specc1-209ENSMUST00000201671 2523 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Eif4e3-201ENSMUST00000032151 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Gpsm1-204ENSMUST00000114134 2043 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Ap5z1-202ENSMUST00000196055 2965 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Sh2b3-202ENSMUST00000086310 4195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Btaf1-201ENSMUST00000099494 7204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Ngef-201ENSMUST00000027477 2746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Gm25948-201ENSMUST00000175334 112 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Rpl32-202ENSMUST00000203816 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Rbfox2-208ENSMUST00000227930 1218 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Cyhr1-201ENSMUST00000066677 1163 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Klhl21-201ENSMUST00000097773 3986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Zkscan14-203ENSMUST00000198959 2243 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Esrrb-202ENSMUST00000110203 2363 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Gm26852-201ENSMUST00000180691 5751 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Slc35c2-202ENSMUST00000109298 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Msantd3-201ENSMUST00000061135 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Kif3a-208ENSMUST00000173744 2257 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Mff-201ENSMUST00000073025 1706 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Pip5k1c-210ENSMUST00000163075 4208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Ahctf1-201ENSMUST00000027768 8506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Gbgt1-203ENSMUST00000163121 1335 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Cfp-201ENSMUST00000001156 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Pank1-201ENSMUST00000036584 3460 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Stk38-202ENSMUST00000119274 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Emb-201ENSMUST00000022242 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Ccdc171-204ENSMUST00000126429 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Mecp2-203ENSMUST00000123362 1675 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Hoxc4-201ENSMUST00000100164 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Tcf4-258ENSMUST00000202937 2103 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Gm15460-201ENSMUST00000118147 391 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 3000002C10Rik-202ENSMUST00000133495 1008 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Gm15384-201ENSMUST00000138832 486 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Tdg-208ENSMUST00000151390 3502 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 1700007J10Rik-202ENSMUST00000153431 1111 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Hist1h2aa-201ENSMUST00000072391 390 ntAPPRIS P1 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Cdh11-201ENSMUST00000075190 5647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Mir497b-201ENSMUST00000093601 125 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Cdk19-202ENSMUST00000095743 3973 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Appl1-201ENSMUST00000036570 7642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Add3-202ENSMUST00000050096 4488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Rhbdl3-201ENSMUST00000017836 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 E430024P14Rik-203ENSMUST00000160545 2833 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Pde4a-202ENSMUST00000039413 4653 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Mpp4-210ENSMUST00000191200 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Zscan22-203ENSMUST00000119989 2087 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Top1mt-201ENSMUST00000000958 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Osbpl8-201ENSMUST00000095310 3622 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Mob3c-201ENSMUST00000030477 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Men1-202ENSMUST00000078137 2738 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Cobl-208ENSMUST00000172919 2566 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim58Q5NCC9 Tgfbr2-202ENSMUST00000061101 8092 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 58.8 ms