Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Il4ra-201ENSMUST00000033004 5256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 Col22a1-202ENSMUST00000159993 8809 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 Clpb-202ENSMUST00000106998 2287 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.34□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 Prpf3-201ENSMUST00000015892 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 4732463B04Rik-201ENSMUST00000180751 2932 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 Gtf2ird1-201ENSMUST00000073161 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 Smim14-205ENSMUST00000139122 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 Acot6-202ENSMUST00000222921 3622 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 Nfat5-201ENSMUST00000075922 4619 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 Mllt6-201ENSMUST00000044730 7274 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 Fam221a-202ENSMUST00000121903 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 Dysf-201ENSMUST00000081904 6660 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 Zfp747-201ENSMUST00000067425 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 4930556H04Rik-201ENSMUST00000222451 1675 ntBASIC13.34□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 Tnip2-201ENSMUST00000030991 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 Reep5-201ENSMUST00000006027 2894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.27
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Use1Q9CQ56 Sf3a2-203ENSMUST00000148665 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 Tmem116-203ENSMUST00000094357 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 Ppp1r12b-209ENSMUST00000168381 3621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 Ssc5d-201ENSMUST00000057612 4348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.27
Use1Q9CQ56 Dab2ip-206ENSMUST00000112987 6287 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Noct-203ENSMUST00000167780 2992 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Prok2-202ENSMUST00000032152 1423 ntTSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Lime1-201ENSMUST00000048077 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Gins3-201ENSMUST00000034094 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
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Use1Q9CQ56 Fau-202ENSMUST00000178310 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
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Use1Q9CQ56 Cmtm3-204ENSMUST00000212081 850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.33□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Vsig2-206ENSMUST00000215957 851 ntTSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
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Use1Q9CQ56 Pmf1-201ENSMUST00000056370 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Dnaaf5-201ENSMUST00000026975 3450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
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Use1Q9CQ56 Gm11992-201ENSMUST00000043285 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Tulp2-205ENSMUST00000107762 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Slc22a20-201ENSMUST00000041827 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
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Use1Q9CQ56 Mef2b-205ENSMUST00000163756 1337 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.33□□□□□ -0.28
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Use1Q9CQ56 Ints3-202ENSMUST00000071488 4038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Snx22-201ENSMUST00000044711 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.28
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Use1Q9CQ56 Nfxl1-202ENSMUST00000087216 3712 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Sbno2-209ENSMUST00000219260 4850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Fgd4-211ENSMUST00000162671 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Nr1d1-201ENSMUST00000064941 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Polr2a-202ENSMUST00000071213 5799 ntTSL 5 BASIC13.32□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 4632404H12Rik-201ENSMUST00000038450 2791 ntTSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Dnajb12-205ENSMUST00000147914 3041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Nxpe5-202ENSMUST00000159798 2568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Ehbp1l1-201ENSMUST00000049295 6404 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Adad1-203ENSMUST00000144629 3101 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Egln3-201ENSMUST00000039516 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Cux2-202ENSMUST00000111752 8784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Gpc5-201ENSMUST00000022707 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Rbm47-201ENSMUST00000094756 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Rai1-202ENSMUST00000090806 7217 ntTSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 R3hdm2-212ENSMUST00000166820 4281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Rad9a-201ENSMUST00000025740 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Itm2b-201ENSMUST00000022704 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Hnrnpa2b1-210ENSMUST00000204188 1518 ntTSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Il15ra-206ENSMUST00000114834 784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.31□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Mir8117-201ENSMUST00000184773 107 ntBASIC13.31□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Tdrkh-208ENSMUST00000200486 1231 ntTSL 3 BASIC13.31□□□□□ -0.28
Use1Q9CQ56 Gm43332-201ENSMUST00000202511 1044 ntBASIC13.31□□□□□ -0.28
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