Protein–RNA interactions for Protein: Q9D1C8

Vps28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps28Q9D1C8 AC161180.1-201ENSMUST00000223439 933 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 6430628N08Rik-201ENSMUST00000132221 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Plpp5-207ENSMUST00000139836 1539 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Ffar4-201ENSMUST00000067098 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 2410022M11Rik-201ENSMUST00000186474 1911 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Cbln2-203ENSMUST00000122464 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Pdp1-201ENSMUST00000056050 1881 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Abhd17c-201ENSMUST00000117085 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Pmpca-202ENSMUST00000114093 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Maf1-204ENSMUST00000160172 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Spag4-201ENSMUST00000038860 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Gm43592-201ENSMUST00000196922 1165 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Btg3-201ENSMUST00000023570 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Vps28Q9D1C8 Ppia-202ENSMUST00000132846 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 St7-209ENSMUST00000115420 2094 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Ppcs-201ENSMUST00000030385 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Coq2-201ENSMUST00000031262 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Exosc8-201ENSMUST00000029316 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 1700034H15Rik-201ENSMUST00000069573 1461 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Cited1-202ENSMUST00000101336 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Pan3-201ENSMUST00000031651 5048 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 E330009J07Rik-201ENSMUST00000039008 1949 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Insc-208ENSMUST00000169913 2321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Sccpdh-201ENSMUST00000040538 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Ube2k-206ENSMUST00000201984 1449 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Gm45095-201ENSMUST00000206736 254 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Lrrc10b-201ENSMUST00000171400 2077 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 F930015N05Rik-201ENSMUST00000177999 1498 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Pigv-202ENSMUST00000067902 990 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Tmem42-201ENSMUST00000084733 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Igfbp3-201ENSMUST00000020702 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Ptpn18-201ENSMUST00000027302 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Rfxap-201ENSMUST00000044373 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Lrrc24-201ENSMUST00000036247 1758 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Cdkn1c-202ENSMUST00000167912 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Vps28Q9D1C8 Mapk15-201ENSMUST00000089669 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Cic-202ENSMUST00000163320 6096 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Cic-201ENSMUST00000005578 6099 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Fancf-201ENSMUST00000169357 1691 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Dynll1-202ENSMUST00000112090 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Snx21-203ENSMUST00000152471 1243 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 AC153524.1-201ENSMUST00000220436 1935 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Dgcr6-207ENSMUST00000151266 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Manf-202ENSMUST00000159283 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Lsm14b-201ENSMUST00000055485 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Heca-201ENSMUST00000037879 5098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Ppp1r14a-202ENSMUST00000207714 755 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Ppp1r14a-201ENSMUST00000048187 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Arhgap39-204ENSMUST00000176219 542 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Ttc6-201ENSMUST00000101398 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Luc7l3-203ENSMUST00000107821 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Rax-201ENSMUST00000025396 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Gadd45g-201ENSMUST00000021903 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Ndfip1-201ENSMUST00000025293 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Tmem70-201ENSMUST00000065373 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Kcnk12-201ENSMUST00000055221 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Vps28Q9D1C8 Arhgef25-205ENSMUST00000218654 2475 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Capza2-201ENSMUST00000015877 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Trafd1-201ENSMUST00000042312 2503 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Msc-201ENSMUST00000027062 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Sorcs2-202ENSMUST00000070720 2089 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Ctxn1-201ENSMUST00000053252 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Vps28Q9D1C8 Habp4-201ENSMUST00000021929 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.2 ms