Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Gm44866-201ENSMUST00000208774 391 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Adat3-204ENSMUST00000038411 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Dynlrb1-204ENSMUST00000150602 788 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Alyref2-201ENSMUST00000081527 1273 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Tmem120a-201ENSMUST00000043378 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Tor2a-208ENSMUST00000177382 396 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Plekhj1-201ENSMUST00000036805 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Fastk-202ENSMUST00000115041 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Fam92a-202ENSMUST00000108285 1639 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Ostc-201ENSMUST00000043937 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Rabac1-201ENSMUST00000076961 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Tmem185a-202ENSMUST00000114630 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Abhd11-201ENSMUST00000046999 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Gm21956-201ENSMUST00000179946 522 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Efna3-203ENSMUST00000200436 742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Tmem106c-201ENSMUST00000064200 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Col6a1Q04857 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Zfand2b-204ENSMUST00000160439 1206 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Gm7417-201ENSMUST00000192950 473 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Pdpk1-203ENSMUST00000115407 1730 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Fam174a-201ENSMUST00000059975 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Kras-202ENSMUST00000111710 1194 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Spata6-213ENSMUST00000153746 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Kcnk2-205ENSMUST00000192723 1642 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Msrb1-201ENSMUST00000101800 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Gm9847-201ENSMUST00000052528 599 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 C1qtnf4-201ENSMUST00000111466 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Pawr-202ENSMUST00000218332 870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Fam96b-201ENSMUST00000093234 639 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Hoxd3os1-204ENSMUST00000156342 796 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Tmem164-204ENSMUST00000112889 1742 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Mrgbp-201ENSMUST00000029085 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
Col6a1Q04857 Tusc3-202ENSMUST00000169034 1262 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Zfp36l1-204ENSMUST00000219642 545 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Dusp15-201ENSMUST00000037715 715 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Ttc6-201ENSMUST00000101398 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Gm10125-205ENSMUST00000161921 1463 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Gm35065-201ENSMUST00000199206 428 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Porcn-204ENSMUST00000089403 1854 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Psmd7-201ENSMUST00000044106 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Nkx6-2-202ENSMUST00000106095 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 1700034H15Rik-201ENSMUST00000069573 1461 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Maf1-204ENSMUST00000160172 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Gm16464-201ENSMUST00000117815 1095 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Gadd45a-207ENSMUST00000204369 716 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 AC161180.2-201ENSMUST00000222567 1015 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Fndc4-201ENSMUST00000041266 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Vwc2-201ENSMUST00000056344 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Knstrn-202ENSMUST00000110842 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Psmg1-202ENSMUST00000117044 807 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Rgs10-205ENSMUST00000145739 564 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Dbp-203ENSMUST00000211357 1252 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Eva1b-203ENSMUST00000106152 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Map1lc3a-201ENSMUST00000029128 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Hoxb7-201ENSMUST00000049352 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Fam216a-201ENSMUST00000031419 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Kcnj6-201ENSMUST00000095873 1773 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Col6a1Q04857 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Tmem192-203ENSMUST00000209852 1193 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Rexo2-208ENSMUST00000216470 454 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 A030005L19Rik-201ENSMUST00000220768 806 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Mbd3-201ENSMUST00000092295 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Spag4-201ENSMUST00000038860 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Nkx2-5-201ENSMUST00000015723 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Ankra2-205ENSMUST00000150916 1028 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Pth2-202ENSMUST00000210086 481 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Gm46212-201ENSMUST00000220256 1003 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Foxj3-206ENSMUST00000138845 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Tcea2-201ENSMUST00000103042 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Gm22238-201ENSMUST00000175222 88 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Epdr1-204ENSMUST00000221014 692 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Rps2-201ENSMUST00000054289 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Col6a1Q04857 Xpa-202ENSMUST00000058232 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.5 ms