Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Tmem55b-209ENSMUST00000162957 1465 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Traf1P39428 Slc30a3-201ENSMUST00000031037 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Traf1P39428 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
Traf1P39428 Ptpn18-201ENSMUST00000027302 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Traf1P39428 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Traf1P39428 Ubl7-208ENSMUST00000216841 1426 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Traf1P39428 Dynlrb1-204ENSMUST00000150602 788 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Traf1P39428 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Traf1P39428 Acad9-205ENSMUST00000196648 552 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Traf1P39428 Ppp1r14a-202ENSMUST00000207714 755 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Traf1P39428 Ppp1r14a-201ENSMUST00000048187 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Traf1P39428 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Gm13238-201ENSMUST00000117655 780 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Sds-204ENSMUST00000201684 1288 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Pantr1-205ENSMUST00000177136 1543 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Eva1b-203ENSMUST00000106152 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Nckap5los-201ENSMUST00000159738 1712 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Ctxn1-201ENSMUST00000053252 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Tmem164-204ENSMUST00000112889 1742 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Mbd3-201ENSMUST00000092295 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Mlycd-201ENSMUST00000098367 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Traf1P39428 1700016H13Rik-204ENSMUST00000120688 612 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
Traf1P39428 Phf2os1-201ENSMUST00000123212 498 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
Traf1P39428 AC061963.1-201ENSMUST00000213180 1765 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
Traf1P39428 6430628N08Rik-201ENSMUST00000132221 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Traf1P39428 A330041J22Rik-201ENSMUST00000150367 1825 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
Traf1P39428 Gng3-201ENSMUST00000096259 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Traf1P39428 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Traf1P39428 Coq2-201ENSMUST00000031262 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Traf1P39428 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Traf1P39428 H2afj-202ENSMUST00000203982 577 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Traf1P39428 Gm16599-201ENSMUST00000148082 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Traf1P39428 Papola-211ENSMUST00000166735 1033 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Traf1P39428 Pcf11-204ENSMUST00000208058 461 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Traf1P39428 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
Traf1P39428 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Traf1P39428 0610009L18Rik-201ENSMUST00000143813 619 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Traf1P39428 Rpl34-201ENSMUST00000062601 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Traf1P39428 Srcap-202ENSMUST00000098025 1257 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Traf1P39428 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Traf1P39428 C1qtnf5-203ENSMUST00000114818 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Traf1P39428 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Traf1P39428 Mtx1-202ENSMUST00000118964 1445 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Traf1P39428 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Traf1P39428 Tmed2-201ENSMUST00000060226 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Traf1P39428 Eif5a-213ENSMUST00000164359 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Traf1P39428 March2-203ENSMUST00000172767 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Traf1P39428 Psmd7-201ENSMUST00000044106 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Traf1P39428 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Dbp-201ENSMUST00000080885 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Rax-201ENSMUST00000025396 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Tmem70-201ENSMUST00000065373 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Hrh3-205ENSMUST00000165762 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Traf1P39428 F930015N05Rik-201ENSMUST00000177999 1498 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Porcn-201ENSMUST00000077595 1872 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Emid1-208ENSMUST00000163299 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Tmem55b-206ENSMUST00000161166 1445 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Wipi1-203ENSMUST00000106689 1220 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Atp5j-202ENSMUST00000114191 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Rin3-207ENSMUST00000150795 937 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Gm15820-201ENSMUST00000201566 728 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Sh2d4b-202ENSMUST00000096000 1597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Stambp-207ENSMUST00000206592 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Lrrc10b-201ENSMUST00000171400 2077 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Traf1P39428 AC164424.2-201ENSMUST00000223281 725 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Mt2-201ENSMUST00000034214 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Pdss1-207ENSMUST00000152170 1538 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Pdp1-201ENSMUST00000056050 1881 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Spata6-213ENSMUST00000153746 1444 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Gm2415-201ENSMUST00000128982 1474 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Msc-201ENSMUST00000027062 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
Traf1P39428 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Traf1P39428 AC153524.1-201ENSMUST00000220436 1935 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
Traf1P39428 Gm28040-202ENSMUST00000184603 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
Traf1P39428 Gm18755-201ENSMUST00000218030 1099 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
Traf1P39428 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Traf1P39428 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Traf1P39428 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Traf1P39428 Gm42501-201ENSMUST00000200220 1026 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
Traf1P39428 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Traf1P39428 Gm9767-201ENSMUST00000041011 1193 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Traf1P39428 Abhd11-201ENSMUST00000046999 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Traf1P39428 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Traf1P39428 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.9 ms