Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Tchh-201ENSMUST00000064257 5823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 4930513N10Rik-203ENSMUST00000145562 2803 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Fbxl18-201ENSMUST00000035985 2831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Hs3st3a1-201ENSMUST00000058652 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Endod1-201ENSMUST00000167549 4470 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Gm29676-201ENSMUST00000222396 1689 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Trp53i11-201ENSMUST00000090554 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Patz1-202ENSMUST00000093402 3173 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Dlgap4-204ENSMUST00000109566 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Gal3st4-202ENSMUST00000161279 2059 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Psen2-201ENSMUST00000010753 2004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Eif2d-202ENSMUST00000068805 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Gss-201ENSMUST00000079691 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Kdm4b-202ENSMUST00000086835 4360 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Gm2885-201ENSMUST00000181895 1442 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Card9-201ENSMUST00000028294 1880 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Glg1-204ENSMUST00000169020 7021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Btd-201ENSMUST00000090147 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Grid2-201ENSMUST00000095852 5860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Slc24a3-202ENSMUST00000110007 4048 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Casc4-204ENSMUST00000110586 4032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Snrpa-202ENSMUST00000122202 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Neto1-201ENSMUST00000058829 3531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Armc9-205ENSMUST00000131412 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Plxnc1-201ENSMUST00000099337 7302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Gm12390-201ENSMUST00000117897 397 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Mrps10-202ENSMUST00000119841 1113 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Slc2a9-207ENSMUST00000143758 1296 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Shisa5-203ENSMUST00000154184 1038 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Mrpl30-205ENSMUST00000193673 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 AC150560.1-201ENSMUST00000227731 1187 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Hist1h2aa-201ENSMUST00000072391 390 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Cdr2l-201ENSMUST00000053288 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Smyd5-201ENSMUST00000045693 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Agps-201ENSMUST00000047232 7359 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Spock1-203ENSMUST00000185905 2794 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Rxrg-203ENSMUST00000111384 1967 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Gm26688-201ENSMUST00000181176 1568 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Cdx2-201ENSMUST00000031650 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Ambra1-205ENSMUST00000111317 4929 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Rbm7-202ENSMUST00000213276 2629 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Tbl1x-201ENSMUST00000088217 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Zpbp2-201ENSMUST00000017339 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Adam11-201ENSMUST00000068150 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Btaf1-201ENSMUST00000099494 7204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Gm36445-201ENSMUST00000209344 1432 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Upf1-202ENSMUST00000215817 4518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Rspo4-201ENSMUST00000042217 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Gm17396-201ENSMUST00000172075 1655 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Ninj1-202ENSMUST00000120733 1321 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Txnrd1-206ENSMUST00000219442 3531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Hist1h4d-201ENSMUST00000102968 1138 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Tpd52l2-203ENSMUST00000108799 985 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Gm13392-201ENSMUST00000117708 150 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Nfu1-203ENSMUST00000120240 1195 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 1700001C02Rik-203ENSMUST00000127815 660 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Snhg9-201ENSMUST00000161706 183 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Ccnh-202ENSMUST00000163600 1055 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Ascl5-201ENSMUST00000180436 567 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Gm5354-201ENSMUST00000182417 973 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Ilkap-208ENSMUST00000187306 377 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Tcta-203ENSMUST00000195615 597 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Gm20219-201ENSMUST00000209718 1269 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Syde2-204ENSMUST00000212479 3810 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 4930518P08Rik-201ENSMUST00000221281 1187 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Iqcf4-201ENSMUST00000085111 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Tmem116-204ENSMUST00000111795 2221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Gm20743-201ENSMUST00000191735 1576 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Nf2-201ENSMUST00000053079 2470 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Mob4-202ENSMUST00000159311 1816 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Rgs20-201ENSMUST00000002533 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Tomm34-201ENSMUST00000018466 2302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Cox16-201ENSMUST00000002757 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Cyp2a5-201ENSMUST00000005685 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 2610028D06Rik-201ENSMUST00000215216 1713 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Ltv1-201ENSMUST00000019950 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Ankrd13b-202ENSMUST00000092892 3336 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Ccdc171-204ENSMUST00000126429 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Cyp4f37-201ENSMUST00000077639 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Ncmap-204ENSMUST00000105859 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Pdpk1-201ENSMUST00000052462 1832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Zbtb33-202ENSMUST00000115142 2567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Aurkaip1-202ENSMUST00000105591 773 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Tssc4-202ENSMUST00000105920 895 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Fam219aos-201ENSMUST00000151164 708 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Gm9257-201ENSMUST00000221254 232 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 AC155252.1-201ENSMUST00000226462 1208 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Polr2g-201ENSMUST00000096261 868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Arhgef9-217ENSMUST00000197364 1796 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Miga1-204ENSMUST00000199334 4024 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Pdss2-202ENSMUST00000159139 1467 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Cpeb3-201ENSMUST00000079754 5899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Kmt5b-208ENSMUST00000113977 6002 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Krt14-201ENSMUST00000007272 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Fstl1-201ENSMUST00000114763 3789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Lipo3-202ENSMUST00000112508 2839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Sox1ot-202ENSMUST00000186174 7420 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Bscl2-201ENSMUST00000086058 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Tmem204-201ENSMUST00000024984 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Col6a1Q04857 Rasgrp2-208ENSMUST00000113476 2296 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 41 ms