Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Ptp4a3-201ENSMUST00000053232 3608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Eif4a3-201ENSMUST00000026667 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Usp27x-203ENSMUST00000191497 4273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Alas1-207ENSMUST00000141118 3399 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Cdkl3-201ENSMUST00000063303 2765 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Hpse-201ENSMUST00000045617 3117 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Dnajc22-201ENSMUST00000061295 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm12957-201ENSMUST00000117835 377 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm3764-203ENSMUST00000180635 1191 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Spag7-201ENSMUST00000018431 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Platr12-202ENSMUST00000189722 549 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 AC156016.3-201ENSMUST00000228623 344 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Ecel1-203ENSMUST00000160810 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Tmem108-204ENSMUST00000189588 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Tmod2-208ENSMUST00000215614 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm10676-201ENSMUST00000098778 3221 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Rflna-203ENSMUST00000197746 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Mospd3-202ENSMUST00000111007 1318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 4930423C22Rik-201ENSMUST00000193863 1311 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Cep63-201ENSMUST00000093791 2696 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Alx1-208ENSMUST00000219194 1695 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Lurap1-201ENSMUST00000030469 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Mbtps2-201ENSMUST00000058098 4797 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Ercc1-201ENSMUST00000003645 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Large2-203ENSMUST00000111284 2449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Pogk-204ENSMUST00000135673 2433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Msi1-208ENSMUST00000150779 3133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Dgki-203ENSMUST00000101532 4596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Sez6-202ENSMUST00000093995 4239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Prrx1-202ENSMUST00000075805 4986 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Scara3-201ENSMUST00000042046 3597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Tcf3-208ENSMUST00000105344 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Bptf-201ENSMUST00000057892 11488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Bsx-201ENSMUST00000067375 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Zfp90-201ENSMUST00000034382 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Ocrl-201ENSMUST00000001202 5253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Rita1-201ENSMUST00000031599 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Sh2b3-204ENSMUST00000122426 2777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Ralgds-201ENSMUST00000028170 3590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Adam9-202ENSMUST00000084035 3985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Slc9a3r2-202ENSMUST00000019684 1688 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Sec22b-203ENSMUST00000130620 640 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Zfp125-202ENSMUST00000144811 704 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Flg-208ENSMUST00000180308 1076 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gm20753-201ENSMUST00000190105 545 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Lamtor2-201ENSMUST00000029698 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 H2bfm-201ENSMUST00000059808 1052 ntAPPRIS P1 BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Ttc22-201ENSMUST00000047922 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Dcakd-201ENSMUST00000021313 1744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Mis12-201ENSMUST00000048807 3003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Serpinf1-201ENSMUST00000000769 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Taco1-201ENSMUST00000002048 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Slc39a11-201ENSMUST00000042657 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Tomm70a-201ENSMUST00000166897 3778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Scyl1-201ENSMUST00000025890 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Ggn-205ENSMUST00000209019 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Notch3-201ENSMUST00000087723 8044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Stxbp1-201ENSMUST00000050000 3892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Gyg-203ENSMUST00000178328 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
Col6a1Q04857 Sgpl1-202ENSMUST00000122259 4102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Mmp11-202ENSMUST00000120281 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Nfe2-207ENSMUST00000134554 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Nsd3-207ENSMUST00000143445 2416 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Ldb3-208ENSMUST00000228044 1883 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Zfp865-201ENSMUST00000076251 7503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Cdc42ep1-201ENSMUST00000059619 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Gm45799-201ENSMUST00000106785 367 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Pop7-202ENSMUST00000111035 988 ntAPPRIS P1 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Mvk-203ENSMUST00000124260 1051 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Pax8-208ENSMUST00000153601 1226 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Gm20033-203ENSMUST00000180912 796 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 1700037F24Rik-201ENSMUST00000181254 973 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 1700021A07Rik-203ENSMUST00000188024 404 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Gm28911-201ENSMUST00000188837 117 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Zfp936-202ENSMUST00000200973 578 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Gm45453-201ENSMUST00000211758 853 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 AC165157.4-201ENSMUST00000220587 139 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 AC149588.3-201ENSMUST00000227515 150 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Naa10-201ENSMUST00000033763 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Ndufa4l2-201ENSMUST00000035735 934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Ufsp1-201ENSMUST00000052825 1037 ntAPPRIS P1 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Map6d1-201ENSMUST00000040880 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Dsn1-202ENSMUST00000103130 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Loxl4-203ENSMUST00000164786 2617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Snph-204ENSMUST00000109877 3367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Ddc-210ENSMUST00000178704 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Ntf3-202ENSMUST00000112244 1399 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Esco1-203ENSMUST00000115864 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Acrbp-205ENSMUST00000112414 1498 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Ss18-203ENSMUST00000092041 2997 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Bcat2-202ENSMUST00000120864 1536 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Sox17-201ENSMUST00000027035 3127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Mindy1-212ENSMUST00000168223 1812 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Fbxw2-205ENSMUST00000113078 1872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Nov-201ENSMUST00000050027 2869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Mrap2-203ENSMUST00000179313 2039 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Naa15-201ENSMUST00000029303 6090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Afg3l2-201ENSMUST00000025408 3085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Scaf4-201ENSMUST00000039280 4165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Col6a1Q04857 Syt6-201ENSMUST00000090697 4416 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.4 ms