Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Cited4-201ENSMUST00000094814 1249 ntAPPRIS P1 BASIC29.43■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 Tead1-203ENSMUST00000084705 2543 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 6430628N08Rik-201ENSMUST00000132221 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 Nsd1-203ENSMUST00000224156 1149 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 1700034H15Rik-201ENSMUST00000069573 1461 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 Gm43566-201ENSMUST00000196851 808 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 Gm7544-201ENSMUST00000222426 828 ntAPPRIS P1 BASIC29.41■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 Prph-201ENSMUST00000024249 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 Lrrc10b-201ENSMUST00000171400 2077 ntAPPRIS P1 BASIC29.4■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 Sec24d-208ENSMUST00000200333 307 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 Ppp1r14a-201ENSMUST00000048187 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 Hras-202ENSMUST00000097957 1199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
Trim28Q62318 Ptpn18-201ENSMUST00000027302 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Snx7-201ENSMUST00000029639 2021 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Cbln2-203ENSMUST00000122464 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Pdgfa-204ENSMUST00000110897 1287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Sds-204ENSMUST00000201684 1288 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Gm45444-201ENSMUST00000211394 898 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Tmx4-202ENSMUST00000110119 596 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Ak2-201ENSMUST00000030583 986 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Pdp1-201ENSMUST00000056050 1881 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 H2afj-202ENSMUST00000203982 577 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Gm11613-201ENSMUST00000134427 1971 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 C1qtnf5-203ENSMUST00000114818 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Metrnl-201ENSMUST00000036742 1401 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Dynlrb1-204ENSMUST00000150602 788 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Gm28417-202ENSMUST00000185881 538 ntTSL 3 BASIC29.34■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Gm5784-202ENSMUST00000220896 2016 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Fam168b-204ENSMUST00000170092 941 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Vax1-201ENSMUST00000172821 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Ndfip1-201ENSMUST00000025293 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Ubl7-208ENSMUST00000216841 1426 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Srcap-210ENSMUST00000188124 2048 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Trim28Q62318 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Trim28Q62318 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Trim28Q62318 Gm6217-201ENSMUST00000222182 829 ntAPPRIS P1 BASIC29.31■■■□□ 2.28
Trim28Q62318 Ctxn1-201ENSMUST00000053252 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Trim28Q62318 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Trim28Q62318 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Trim28Q62318 Kctd5-201ENSMUST00000017090 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Trim28Q62318 Gm16599-201ENSMUST00000148082 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Trim28Q62318 Psmd7-201ENSMUST00000044106 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Trim28Q62318 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Trim28Q62318 F930015N05Rik-201ENSMUST00000177999 1498 ntAPPRIS P1 BASIC29.29■■■□□ 2.28
Trim28Q62318 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Trim28Q62318 Phf2os1-201ENSMUST00000123212 498 ntTSL 3 BASIC29.28■■■□□ 2.28
Trim28Q62318 1700065D16Rik-202ENSMUST00000188975 506 ntTSL 3 BASIC29.28■■■□□ 2.28
Trim28Q62318 AC153524.1-201ENSMUST00000220436 1935 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
Trim28Q62318 Fn1-208ENSMUST00000186940 1350 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
Trim28Q62318 Faim-202ENSMUST00000112911 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 Cdk18-202ENSMUST00000112362 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 Cdkn1c-202ENSMUST00000167912 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 Sccpdh-201ENSMUST00000040538 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 Msc-201ENSMUST00000027062 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 Rax-201ENSMUST00000025396 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 Tmem55b-209ENSMUST00000162957 1465 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 1700016H13Rik-204ENSMUST00000120688 612 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 Acad9-205ENSMUST00000196648 552 ntTSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 St7-209ENSMUST00000115420 2094 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 Fancf-201ENSMUST00000169357 1691 ntAPPRIS P1 BASIC29.22■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 Gm5522-201ENSMUST00000189483 1242 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 AC102554.1-201ENSMUST00000216236 537 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
Trim28Q62318 Gm15546-201ENSMUST00000122095 826 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Pcf11-204ENSMUST00000208058 461 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Lyar-201ENSMUST00000087514 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Vegfb-201ENSMUST00000025914 1281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 2410022M11Rik-201ENSMUST00000186474 1911 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 E330009J07Rik-201ENSMUST00000039008 1949 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Adgrb1-202ENSMUST00000170845 2704 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Opn3-201ENSMUST00000027809 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 AC117245.4-201ENSMUST00000217388 1646 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Slc35b2-205ENSMUST00000224905 1906 ntAPPRIS P1 BASIC29.17■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Tmem164-204ENSMUST00000112889 1742 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Gm9833-201ENSMUST00000061419 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Fgf8-206ENSMUST00000111928 1056 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Fam98c-209ENSMUST00000164589 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC29.16■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Sh2d4b-202ENSMUST00000096000 1597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Rin3-207ENSMUST00000150795 937 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Fam241b-203ENSMUST00000124615 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Txnrd2-216ENSMUST00000206606 1809 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 March2-203ENSMUST00000172767 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Kcnk12-201ENSMUST00000055221 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 A930002H24Rik-201ENSMUST00000050753 492 ntAPPRIS P1 BASIC29.14■■■□□ 2.26
Trim28Q62318 Fance-201ENSMUST00000088007 1581 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
Trim28Q62318 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.7 ms