Protein–RNA interactions for Protein: O88207

Col5a1, Collagen alpha-1(V) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col5a1O88207 Gm11661-201ENSMUST00000121761 1327 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Tnfaip8l1-201ENSMUST00000077788 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Zfp746-201ENSMUST00000073124 3651 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Zscan22-204ENSMUST00000120809 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Spaca3-202ENSMUST00000103223 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Gnb2-209ENSMUST00000143495 1285 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Pigyl-202ENSMUST00000148088 676 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Mmgt2-207ENSMUST00000155759 589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Pax5-213ENSMUST00000173821 996 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Gm26618-201ENSMUST00000181123 497 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Gm15294-202ENSMUST00000182079 366 ntAPPRIS P1 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 1700022A21Rik-201ENSMUST00000182745 1051 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 1700080E11Rik-202ENSMUST00000190661 682 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Gm4959-201ENSMUST00000197271 1044 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 4930449I04Rik-201ENSMUST00000198191 1123 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Gm7067-201ENSMUST00000207698 1249 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Gm3654-202ENSMUST00000210597 472 ntTSL 3 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 AC121598.1-201ENSMUST00000228224 1019 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Gm5763-201ENSMUST00000155951 1530 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Rfc5-201ENSMUST00000086461 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Rnf224-202ENSMUST00000205192 1707 ntAPPRIS P1 BASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Chrna3-202ENSMUST00000214204 2414 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 4921504A21Rik-201ENSMUST00000180594 2156 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Il18r1-203ENSMUST00000167723 1919 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
Col5a1O88207 Ccr9-202ENSMUST00000163559 3004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 4930558J18Rik-201ENSMUST00000181949 2052 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Col13a1-205ENSMUST00000105454 3162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Iqcm-201ENSMUST00000034033 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Hnrnpr-202ENSMUST00000105850 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Cpz-201ENSMUST00000038676 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Rnf103-202ENSMUST00000114178 3431 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Gamt-202ENSMUST00000105363 988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Gm43179-201ENSMUST00000198797 275 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Gm26953-206ENSMUST00000212840 619 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Sit1-201ENSMUST00000030180 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Rhox2e-201ENSMUST00000072167 799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Gm8399-201ENSMUST00000082300 1117 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Tmf1-201ENSMUST00000095664 5732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Mrpl58-203ENSMUST00000106539 2522 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Ghdc-201ENSMUST00000017891 2462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Fn3k-202ENSMUST00000092302 1803 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Rbm22-201ENSMUST00000025506 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Zfp277-202ENSMUST00000069692 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Gm45751-201ENSMUST00000210185 1573 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Tm7sf2-203ENSMUST00000159084 1351 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 F2rl1-201ENSMUST00000022185 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 6030408B16Rik-202ENSMUST00000191426 1947 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Scaf11-201ENSMUST00000047835 5766 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Espn-212ENSMUST00000105658 2815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Prelid1-201ENSMUST00000021942 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Tcf19-203ENSMUST00000161012 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Adgrl1-207ENSMUST00000141158 8181 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Hus1b-201ENSMUST00000102943 1187 ntAPPRIS P1 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Gm26602-201ENSMUST00000181321 285 ntAPPRIS P1 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Gm45841-201ENSMUST00000207700 164 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 AC154171.1-201ENSMUST00000224610 643 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Zkscan17-202ENSMUST00000101150 3771 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Comtd1-202ENSMUST00000124549 2314 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Ltbp3-201ENSMUST00000081496 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Patz1-205ENSMUST00000110043 3702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Sbno2-204ENSMUST00000217972 2462 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Eps8-201ENSMUST00000058210 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Foxp1-208ENSMUST00000113329 1926 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Nhlh2-202ENSMUST00000196324 2647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Slc17a9-201ENSMUST00000094218 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Akap1-201ENSMUST00000018572 3758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Sra1-205ENSMUST00000173875 2360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Gm11960-202ENSMUST00000181063 2858 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Sft2d2-201ENSMUST00000043338 5535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Bloc1s3-201ENSMUST00000077408 3188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Dffa-202ENSMUST00000103216 1835 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Zfp683-201ENSMUST00000105884 1471 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Ggnbp2-211ENSMUST00000168434 3056 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Vps26a-202ENSMUST00000105447 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Htr2c-203ENSMUST00000112831 809 ntTSL 3 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Gng7-205ENSMUST00000118465 875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Gm17077-201ENSMUST00000133179 279 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Rab10os-207ENSMUST00000179924 823 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Gm27839-201ENSMUST00000184242 106 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Gm33320-201ENSMUST00000192232 530 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 AC159896.2-201ENSMUST00000214753 269 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 AC154319.1-201ENSMUST00000216330 312 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 AL589735.1-201ENSMUST00000224353 270 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 CT009713.10-202ENSMUST00000225734 696 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Hist1h3b-201ENSMUST00000091703 620 ntAPPRIS P1 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Nrg2-203ENSMUST00000115713 3001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Steap2-202ENSMUST00000115424 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Adipor1-202ENSMUST00000112237 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Unc93b1-203ENSMUST00000162708 2266 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Ebf3-201ENSMUST00000033378 4838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Sirt5-207ENSMUST00000221515 1793 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Acrbp-205ENSMUST00000112414 1498 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Taf1a-201ENSMUST00000097043 1472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Mospd3-202ENSMUST00000111007 1318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Snrpa-202ENSMUST00000122202 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Sntb2-201ENSMUST00000047425 3225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Hic2-202ENSMUST00000115698 2765 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Gm45470-202ENSMUST00000210817 2192 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Patz1-202ENSMUST00000093402 3173 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Col5a1O88207 Pdia2-201ENSMUST00000039113 1721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.2 ms