Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Ccdc106-202ENSMUST00000108571 1318 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Gal3st1-203ENSMUST00000109981 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Mvd-201ENSMUST00000006692 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Gm5357-201ENSMUST00000212720 1924 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Ccr9-202ENSMUST00000163559 3004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Nt5c3b-201ENSMUST00000092688 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Iqck-202ENSMUST00000106547 2026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Catip-204ENSMUST00000191010 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Smtn-201ENSMUST00000020718 1747 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Zdhhc8-201ENSMUST00000076957 4867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Stat3-207ENSMUST00000138438 2506 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Rpl39-201ENSMUST00000115231 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Gm12859-201ENSMUST00000117834 427 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Mtmr2-209ENSMUST00000156801 617 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Mettl26-204ENSMUST00000169085 324 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Nradd-201ENSMUST00000035069 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Cited1-201ENSMUST00000050551 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 6030419C18Rik-202ENSMUST00000216294 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Spag16-201ENSMUST00000065425 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Txnrd3-202ENSMUST00000101171 2494 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Rbfox2-206ENSMUST00000227314 1810 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Gm26761-201ENSMUST00000180650 2192 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Wt1-201ENSMUST00000111098 2395 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 9930021J03Rik-204ENSMUST00000177155 6632 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Nectin2-201ENSMUST00000075447 2735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
Col6a1Q04857 Rfc5-201ENSMUST00000086461 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Ror1-201ENSMUST00000039630 5762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Cpq-201ENSMUST00000042167 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Sgms1-201ENSMUST00000099514 3665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Cadps2-204ENSMUST00000115356 3533 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Pcsk6-201ENSMUST00000055576 4405 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Hist3h2a-201ENSMUST00000108817 2146 ntAPPRIS P1 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Asf1b-201ENSMUST00000005607 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Tmem56-203ENSMUST00000128909 6696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Pdzd4-201ENSMUST00000002080 3970 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Myl4-203ENSMUST00000106957 943 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm16026-204ENSMUST00000162652 683 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm7030-203ENSMUST00000173322 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm10499-201ENSMUST00000174094 934 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gsg1l2-202ENSMUST00000181566 1158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm18766-201ENSMUST00000189811 808 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 5430431A17Rik-201ENSMUST00000206342 795 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm36756-203ENSMUST00000223029 1166 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm7030-201ENSMUST00000046131 913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Hfe-201ENSMUST00000006787 516 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Hfe-203ENSMUST00000091707 816 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Rarb-201ENSMUST00000063750 3108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gbe1-203ENSMUST00000163832 2984 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Tmem199-201ENSMUST00000052566 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Tmem200c-201ENSMUST00000178545 3213 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Ccdc88b-201ENSMUST00000113440 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Usp30-201ENSMUST00000031588 4604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Nes-203ENSMUST00000160694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Ints10-203ENSMUST00000110241 2322 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Nrros-201ENSMUST00000099991 2548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 AC154412.1-201ENSMUST00000226540 2786 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 T-201ENSMUST00000074667 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Pcdha3-201ENSMUST00000192503 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Svip-201ENSMUST00000098414 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Ptgs1-201ENSMUST00000062069 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Rnf207-201ENSMUST00000076183 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Irf1-201ENSMUST00000019043 2069 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Adipor1-201ENSMUST00000027727 3123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Trim63-201ENSMUST00000030638 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Prodh2-201ENSMUST00000058280 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Rcbtb1-201ENSMUST00000022551 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 9230020A06Rik-203ENSMUST00000214621 1682 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Kif26a-201ENSMUST00000128402 6918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Cbx6-201ENSMUST00000109623 996 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Mmab-202ENSMUST00000112245 644 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm24694-201ENSMUST00000180054 110 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm27533-201ENSMUST00000183800 152 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Mir7085-201ENSMUST00000184353 66 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm27663-201ENSMUST00000184839 110 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm44344-201ENSMUST00000200287 129 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 AC149294.4-201ENSMUST00000227870 882 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 2610528J11Rik-201ENSMUST00000030261 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Crem-239ENSMUST00000165086 2778 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 P2ry6-201ENSMUST00000060174 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Barhl1-201ENSMUST00000050776 3666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Ocln-205ENSMUST00000160859 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Lrp8os3-201ENSMUST00000125464 1770 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Epb41l1-204ENSMUST00000103137 6490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Tcf3-206ENSMUST00000105342 2928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Pqlc1-203ENSMUST00000123750 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 St6galnac2-201ENSMUST00000079545 3643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm13074-201ENSMUST00000124848 2735 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Ntng1-203ENSMUST00000106570 1386 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Eif4g3-205ENSMUST00000105831 6235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Pdia3-201ENSMUST00000028683 2770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Vcan-201ENSMUST00000109543 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Srpx-203ENSMUST00000115544 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Nrip2-201ENSMUST00000001561 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 C2cd2-201ENSMUST00000170757 6555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Nfya-206ENSMUST00000160319 1407 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Zfp879-203ENSMUST00000109134 2414 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Zfp879-201ENSMUST00000049625 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Cyb561a3-201ENSMUST00000168445 1474 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Gm26762-201ENSMUST00000180864 5284 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Col6a1Q04857 Elavl3-203ENSMUST00000215901 3037 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.7 ms