Protein–RNA interactions for Protein: Q5QNQ9

Col27a1, Collagen alpha-1(XXVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,845 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col27a1Q5QNQ9 Clpp-201ENSMUST00000002735 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Col27a1Q5QNQ9 Fastk-202ENSMUST00000115041 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Col27a1Q5QNQ9 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
Col27a1Q5QNQ9 AC117769.4-201ENSMUST00000225679 685 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
Col27a1Q5QNQ9 Xpa-202ENSMUST00000058232 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Col27a1Q5QNQ9 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
Col27a1Q5QNQ9 Abhd11-201ENSMUST00000046999 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Col27a1Q5QNQ9 Zfp629-208ENSMUST00000151107 583 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Col27a1Q5QNQ9 Etf1-202ENSMUST00000180351 108 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
Col27a1Q5QNQ9 Gm5297-201ENSMUST00000198555 1171 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
Col27a1Q5QNQ9 Pawr-202ENSMUST00000218332 870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Col27a1Q5QNQ9 Bloc1s4-201ENSMUST00000071949 1273 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Col27a1Q5QNQ9 Zfp335os-201ENSMUST00000129364 1127 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Col27a1Q5QNQ9 Hebp2-202ENSMUST00000213153 968 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Col27a1Q5QNQ9 Pmpca-202ENSMUST00000114093 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Nkx6-2-202ENSMUST00000106095 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Tusc3-202ENSMUST00000169034 1262 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 A430027H14Rik-201ENSMUST00000191809 1467 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Selenof-201ENSMUST00000082437 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Ppp1r12b-203ENSMUST00000112163 828 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Efna3-203ENSMUST00000200436 742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Gm13241-201ENSMUST00000094493 780 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Tcea2-201ENSMUST00000103042 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Svbp-201ENSMUST00000030395 733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Gm11837-201ENSMUST00000136992 876 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Gadd45a-207ENSMUST00000204369 716 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Zfand2b-204ENSMUST00000160439 1206 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Tmem106c-201ENSMUST00000064200 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Gm44866-201ENSMUST00000208774 391 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Exosc8-201ENSMUST00000029316 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
Col27a1Q5QNQ9 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Col27a1Q5QNQ9 St3gal5-201ENSMUST00000069994 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Col27a1Q5QNQ9 Fam92a-202ENSMUST00000108285 1639 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Col27a1Q5QNQ9 Plekhj1-201ENSMUST00000036805 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Col27a1Q5QNQ9 Tmem120a-201ENSMUST00000043378 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col27a1Q5QNQ9 Tmem192-203ENSMUST00000209852 1193 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col27a1Q5QNQ9 Emc10-201ENSMUST00000118515 1662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Col27a1Q5QNQ9 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Col27a1Q5QNQ9 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col27a1Q5QNQ9 Pdpk1-203ENSMUST00000115407 1730 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col27a1Q5QNQ9 Gm43034-201ENSMUST00000198678 1364 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
Col27a1Q5QNQ9 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col27a1Q5QNQ9 Zfp36l1-204ENSMUST00000219642 545 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Col27a1Q5QNQ9 B430218F22Rik-201ENSMUST00000181168 1495 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col27a1Q5QNQ9 1700034H15Rik-201ENSMUST00000069573 1461 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col27a1Q5QNQ9 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Col27a1Q5QNQ9 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
Col27a1Q5QNQ9 Hist2h2ab-201ENSMUST00000073115 444 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Eva1b-203ENSMUST00000106152 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Tmem185a-202ENSMUST00000114630 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Adat3-204ENSMUST00000038411 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Knstrn-202ENSMUST00000110842 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Dgcr6-207ENSMUST00000151266 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Tsg101-201ENSMUST00000014546 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Gm20548-204ENSMUST00000174528 791 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Pth2-202ENSMUST00000210086 481 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Dusp15-201ENSMUST00000037715 715 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Pigv-202ENSMUST00000067902 990 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Ffar4-201ENSMUST00000067098 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Ankra2-205ENSMUST00000150916 1028 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Vwc2-201ENSMUST00000056344 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 1700020G03Rik-201ENSMUST00000211264 889 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Ttc6-201ENSMUST00000101398 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Hoxd3os1-204ENSMUST00000156342 796 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Gm35065-201ENSMUST00000199206 428 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Ostc-201ENSMUST00000043937 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Fam96b-201ENSMUST00000093234 639 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Tmem164-204ENSMUST00000112889 1742 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Rbm45-201ENSMUST00000046389 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Porcn-204ENSMUST00000089403 1854 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Spr-203ENSMUST00000174769 1029 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Sox8-202ENSMUST00000173447 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Epdr1-204ENSMUST00000221014 692 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Gm9847-201ENSMUST00000052528 599 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 Tmem70-201ENSMUST00000065373 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col27a1Q5QNQ9 C1qtnf4-201ENSMUST00000111466 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Col27a1Q5QNQ9 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Col27a1Q5QNQ9 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col27a1Q5QNQ9 Rps2-201ENSMUST00000054289 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col27a1Q5QNQ9 Psmd7-201ENSMUST00000044106 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col27a1Q5QNQ9 Bcl7b-201ENSMUST00000031692 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col27a1Q5QNQ9 Rgs10-205ENSMUST00000145739 564 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col27a1Q5QNQ9 A030005L19Rik-201ENSMUST00000220768 806 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col27a1Q5QNQ9 Fndc4-201ENSMUST00000041266 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col27a1Q5QNQ9 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col27a1Q5QNQ9 Spag4-201ENSMUST00000038860 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col27a1Q5QNQ9 Dbp-203ENSMUST00000211357 1252 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col27a1Q5QNQ9 Gm46212-201ENSMUST00000220256 1003 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col27a1Q5QNQ9 Kcnk2-205ENSMUST00000192723 1642 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.9 ms