Protein–RNA interactions for Protein: Q07563

Col17a1, Collagen alpha-1(XVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,470 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col17a1Q07563 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Cetn4-203ENSMUST00000102955 1064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Sumf1-203ENSMUST00000167338 1044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.29■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Cdv3-ps-201ENSMUST00000169632 827 ntBASIC36.29■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Pet117-201ENSMUST00000183618 693 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.29■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Gpn2-202ENSMUST00000105899 996 ntTSL 5 BASIC36.28■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 4933406I18Rik-202ENSMUST00000163996 904 ntTSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Proca1-201ENSMUST00000060539 960 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.27■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Ppp4r1l-ps-204ENSMUST00000140992 367 ntTSL 3 BASIC36.26■■■■□ 3.4
Col17a1Q07563 Mrgbp-201ENSMUST00000029085 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Gm10382-201ENSMUST00000100700 1233 ntAPPRIS P1 BASIC36.25■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 1700020G03Rik-201ENSMUST00000211264 889 ntBASIC36.25■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 6330562C20Rik-201ENSMUST00000098867 784 ntTSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Sarnp-201ENSMUST00000105230 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Ttc39b-201ENSMUST00000030205 842 ntTSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Gm1673-201ENSMUST00000094869 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Dgcr6-207ENSMUST00000151266 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 A730098A19Rik-201ENSMUST00000188193 978 ntTSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Nol7-205ENSMUST00000222499 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 AC112142.1-201ENSMUST00000228796 918 ntBASIC36.24■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Tmem114-201ENSMUST00000023400 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Sox17-202ENSMUST00000116652 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Pole4-204ENSMUST00000160281 648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.22■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 1110065P20Rik-206ENSMUST00000185036 1223 ntTSL 2 BASIC36.22■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Hmg20b-202ENSMUST00000105323 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Vwc2-201ENSMUST00000056344 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 4930539J05Rik-202ENSMUST00000182865 511 ntTSL 2 BASIC36.21■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Adat3-204ENSMUST00000038411 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.2■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Ss18l2-201ENSMUST00000035113 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
Col17a1Q07563 Gm15202-201ENSMUST00000154188 393 ntTSL 3 BASIC36.19■■■■□ 3.38
Col17a1Q07563 Bcl2l10-201ENSMUST00000034709 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
Col17a1Q07563 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
Col17a1Q07563 Atp5j-202ENSMUST00000114191 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.17■■■■□ 3.38
Col17a1Q07563 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
Col17a1Q07563 Psmg1-202ENSMUST00000117044 807 ntTSL 5 BASIC36.16■■■■□ 3.38
Col17a1Q07563 Ltb-201ENSMUST00000025262 1160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
Col17a1Q07563 Fastk-202ENSMUST00000115041 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.15■■■■□ 3.38
Col17a1Q07563 Kctd6-201ENSMUST00000022272 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
Col17a1Q07563 2810025M15Rik-201ENSMUST00000061537 1194 ntTSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
Col17a1Q07563 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
Col17a1Q07563 Abhd11-201ENSMUST00000046999 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
Col17a1Q07563 Fam89b-201ENSMUST00000099955 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
Col17a1Q07563 Fgf16-201ENSMUST00000033581 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
Col17a1Q07563 Kcnk15-201ENSMUST00000044798 1199 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
Col17a1Q07563 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.13■■■■□ 3.37
Col17a1Q07563 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC36.13■■■■□ 3.37
Col17a1Q07563 Anapc13-204ENSMUST00000190279 589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
Col17a1Q07563 Foxj3-206ENSMUST00000138845 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
Col17a1Q07563 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
Col17a1Q07563 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
Col17a1Q07563 Cox6a1-201ENSMUST00000040154 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
Col17a1Q07563 Krtap5-2-201ENSMUST00000067978 937 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.11■■■■□ 3.37
Col17a1Q07563 Bex1-202ENSMUST00000113118 754 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.1■■■■□ 3.37
Col17a1Q07563 1700018A14Rik-201ENSMUST00000195587 711 ntBASIC36.1■■■■□ 3.37
Col17a1Q07563 Rp2-203ENSMUST00000115391 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
Col17a1Q07563 Spata6-213ENSMUST00000153746 1444 ntTSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
Col17a1Q07563 AC117769.4-201ENSMUST00000225679 685 ntBASIC36.08■■■■□ 3.37
Col17a1Q07563 Zfp963-202ENSMUST00000154063 640 ntTSL 3 BASIC36.07■■■■□ 3.37
Col17a1Q07563 Igfbp7-202ENSMUST00000163898 1200 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC36.07■■■■□ 3.37
Col17a1Q07563 Gm27011-201ENSMUST00000182352 972 ntBASIC36.07■■■■□ 3.37
Col17a1Q07563 Smim19-201ENSMUST00000033935 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
Col17a1Q07563 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
Col17a1Q07563 Pigx-210ENSMUST00000155966 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.05■■■■□ 3.36
Col17a1Q07563 4930535I16Rik-201ENSMUST00000181410 519 ntAPPRIS P1 BASIC36.05■■■■□ 3.36
Col17a1Q07563 6230400D17Rik-202ENSMUST00000224976 1019 ntBASIC36.05■■■■□ 3.36
Col17a1Q07563 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC36.05■■■■□ 3.36
Col17a1Q07563 Tcea2-201ENSMUST00000103042 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
Col17a1Q07563 Nnat-207ENSMUST00000173041 760 ntTSL 5 BASIC36.05■■■■□ 3.36
Col17a1Q07563 Gadd45g-201ENSMUST00000021903 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
Col17a1Q07563 Rbp4-201ENSMUST00000025951 1243 ntTSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
Col17a1Q07563 Gm28731-201ENSMUST00000185564 1569 ntBASIC36.03■■■■□ 3.36
Col17a1Q07563 Gm16464-201ENSMUST00000117815 1095 ntBASIC36.03■■■■□ 3.36
Col17a1Q07563 Far2os2-201ENSMUST00000149815 980 ntTSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
Col17a1Q07563 Gm21989-201ENSMUST00000174530 1609 ntTSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.36
Col17a1Q07563 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC36.01■■■■□ 3.35
Col17a1Q07563 AC138214.1-201ENSMUST00000223838 420 ntAPPRIS P1 BASIC36■■■■□ 3.35
Col17a1Q07563 Pmpca-202ENSMUST00000114093 1638 ntTSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
Col17a1Q07563 Gm26881-201ENSMUST00000180426 593 ntTSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
Col17a1Q07563 Gm9748-202ENSMUST00000194881 783 ntTSL 2 BASIC35.99■■■■□ 3.35
Col17a1Q07563 Gm2011-201ENSMUST00000203124 1263 ntBASIC35.99■■■■□ 3.35
Col17a1Q07563 Serbp1-216ENSMUST00000205106 1288 ntTSL 5 BASIC35.99■■■■□ 3.35
Col17a1Q07563 Rfxap-204ENSMUST00000217267 696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
Col17a1Q07563 Hecw2-202ENSMUST00000097741 1132 ntTSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
Col17a1Q07563 Snhg6-203ENSMUST00000182580 473 ntTSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
Col17a1Q07563 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
Col17a1Q07563 Pex7-203ENSMUST00000166511 1047 ntTSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
Col17a1Q07563 Gm26558-201ENSMUST00000180559 861 ntAPPRIS P1 BASIC35.98■■■■□ 3.35
Col17a1Q07563 AC104834.1-201ENSMUST00000222611 1056 ntAPPRIS P1 BASIC35.98■■■■□ 3.35
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 42.9 ms