Protein–RNA interactions for Protein: P48377

Rfx1, MHC class II regulatory factor RFX1, mousemouse

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rfx1P48377 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Ybx3-202ENSMUST00000087865 1684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Ubac1-201ENSMUST00000036509 1852 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Nab1-201ENSMUST00000069792 3874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Sdccag3-203ENSMUST00000114100 2099 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Wtap-203ENSMUST00000159551 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Fam60a-202ENSMUST00000081956 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Mindy2-202ENSMUST00000213380 2521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Gm6934-201ENSMUST00000194780 1905 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Pim3-201ENSMUST00000042818 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Dhrs13-201ENSMUST00000021187 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 AC061963.1-201ENSMUST00000213180 1765 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
Rfx1P48377 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Fip1l1-202ENSMUST00000113534 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Kcnj12-202ENSMUST00000089184 2291 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Htra1-201ENSMUST00000006367 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 AC164550.2-201ENSMUST00000219127 2086 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Mageb3-201ENSMUST00000104936 2341 ntAPPRIS P1 BASIC26.55■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Tmed2-201ENSMUST00000060226 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Slc25a1-201ENSMUST00000003622 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Pou2f2-204ENSMUST00000108416 1754 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Trim9-208ENSMUST00000221370 2393 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Cebpa-202ENSMUST00000205391 2161 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Pbx2-201ENSMUST00000038149 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Rfx1P48377 Opn3-201ENSMUST00000027809 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Gm26766-202ENSMUST00000227544 2347 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Foxe1-201ENSMUST00000095097 2804 ntAPPRIS P1 BASIC26.5■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Syt6-204ENSMUST00000118563 1843 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Ski-201ENSMUST00000030917 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Ndrg2-202ENSMUST00000111632 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Hif1a-203ENSMUST00000110464 1759 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Cbln1-202ENSMUST00000169693 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Kcnk2-205ENSMUST00000192723 1642 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Siah1b-202ENSMUST00000071667 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Fancf-201ENSMUST00000169357 1691 ntAPPRIS P1 BASIC26.47■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Phf2-201ENSMUST00000035540 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Gm11542-201ENSMUST00000126480 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
Rfx1P48377 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Gas2l1-202ENSMUST00000056649 2847 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Paqr3-203ENSMUST00000112969 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Tlk2-202ENSMUST00000092537 2743 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Gimap1-205ENSMUST00000204168 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Rab40b-201ENSMUST00000106107 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 D1Ertd622e-203ENSMUST00000149927 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Mpzl1-201ENSMUST00000068705 2171 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Rnaset2b-202ENSMUST00000179728 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Emid1-208ENSMUST00000163299 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Phlpp1-201ENSMUST00000061047 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Hlx-201ENSMUST00000048572 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Prr5-202ENSMUST00000171460 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Stk32c-201ENSMUST00000016125 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Hey1-201ENSMUST00000042412 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 March5-201ENSMUST00000024078 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Bend7-202ENSMUST00000115022 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Rfx5-205ENSMUST00000107260 2355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Ppm1g-205ENSMUST00000202294 1868 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
Rfx1P48377 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Rfx1P48377 Kcnq5-201ENSMUST00000029667 6562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Rfx1P48377 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
Rfx1P48377 Marc1-201ENSMUST00000048462 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Rfx1P48377 St7-207ENSMUST00000115418 1678 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
Rfx1P48377 Smarcc1-201ENSMUST00000088716 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
Rfx1P48377 Cdc42bpb-201ENSMUST00000041965 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Rfx1P48377 C1ql2-201ENSMUST00000037286 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Rfx1P48377 Slc22a17-210ENSMUST00000228495 2340 ntAPPRIS P1 BASIC26.36■■□□□ 1.81
Rfx1P48377 AC164433.2-201ENSMUST00000226346 1701 ntBASIC26.35■■□□□ 1.81
Rfx1P48377 Pdpk1-203ENSMUST00000115407 1730 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
Rfx1P48377 Ppp5c-201ENSMUST00000003183 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.2 ms