Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Kcnj12-202ENSMUST00000089184 2291 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Usp4P35123 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Gm13042-201ENSMUST00000119244 1955 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Prph-201ENSMUST00000024249 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Rfx5-204ENSMUST00000107255 2350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Usp4P35123 St7-209ENSMUST00000115420 2094 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Gnpnat1-201ENSMUST00000046191 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Slc25a1-201ENSMUST00000003622 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Mfsd4b2-201ENSMUST00000045526 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Sdccag3-204ENSMUST00000114102 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Usp4P35123 BC037034-205ENSMUST00000159649 2093 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Slc30a3-201ENSMUST00000031037 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Usp4P35123 March2-206ENSMUST00000173329 2566 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Ptbp3-208ENSMUST00000172768 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Gm28592-201ENSMUST00000186844 741 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Usp4P35123 AC164550.2-201ENSMUST00000219127 2086 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Mgrn1-202ENSMUST00000070658 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Usp4P35123 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Usp4P35123 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Arglu1-201ENSMUST00000048545 3197 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
Usp4P35123 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Ndrg2-202ENSMUST00000111632 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Hey1-201ENSMUST00000042412 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Pim3-201ENSMUST00000042818 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Usp4P35123 H2afy-201ENSMUST00000016081 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Gm26766-202ENSMUST00000227544 2347 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Mageb3-201ENSMUST00000104936 2341 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Cebpa-202ENSMUST00000205391 2161 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Paqr3-203ENSMUST00000112969 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Asf1a-205ENSMUST00000219282 1150 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Cbln1-202ENSMUST00000169693 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Snx3-203ENSMUST00000105500 753 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Slc22a17-208ENSMUST00000228119 2348 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Gm6277-202ENSMUST00000224036 2779 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Neurl4-201ENSMUST00000061837 5188 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Ppm1g-205ENSMUST00000202294 1868 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Hoxa11-201ENSMUST00000048026 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Homer1-207ENSMUST00000109494 2468 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Usp4P35123 Epb41l4b-201ENSMUST00000030142 3247 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Xbp1-201ENSMUST00000063084 2129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Gtpbp6-201ENSMUST00000077220 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Rnaset2b-202ENSMUST00000179728 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Usp4P35123 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Foxe1-201ENSMUST00000095097 2804 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Kras-201ENSMUST00000032399 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Etv4-212ENSMUST00000164750 2336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Fbxl5-205ENSMUST00000121736 2144 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Opn3-201ENSMUST00000027809 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Bend6-201ENSMUST00000062289 2487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Wtap-203ENSMUST00000159551 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Pard6a-203ENSMUST00000211888 1179 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Usp4P35123 AC061963.1-201ENSMUST00000213180 1765 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Mpzl1-201ENSMUST00000068705 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Usp4P35123 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Dedd-204ENSMUST00000111300 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Usp4P35123 C1ql2-201ENSMUST00000037286 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Fbxl3-204ENSMUST00000132004 2534 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Rfx5-205ENSMUST00000107260 2355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Dpysl3-201ENSMUST00000025379 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Hlx-201ENSMUST00000048572 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Gas1-202ENSMUST00000223933 1155 ntAPPRIS P2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Siah1b-202ENSMUST00000071667 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
Usp4P35123 Syt6-204ENSMUST00000118563 1843 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Inafm2-201ENSMUST00000149978 3053 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Usp4P35123 Fancf-201ENSMUST00000169357 1691 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.5 ms