Protein–RNA interactions for Protein: E9PWQ3

Col6a3, Collagen, type VI, alpha 3, mousemouse

Predictions only

Length 3,284 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a3E9PWQ3 Snhg6-203ENSMUST00000182580 473 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Akt1s1-203ENSMUST00000107882 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Hmg20b-202ENSMUST00000105323 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Gm2415-201ENSMUST00000128982 1474 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Far2os2-201ENSMUST00000149815 980 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Spcs1-201ENSMUST00000186131 1005 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Atp6v1f-201ENSMUST00000004396 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Krtap5-2-201ENSMUST00000067978 937 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 2810025M15Rik-201ENSMUST00000061537 1194 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Gm44428-201ENSMUST00000204474 874 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Ppp4r1l-ps-204ENSMUST00000140992 367 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Sumf1-203ENSMUST00000167338 1044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Adat3-204ENSMUST00000038411 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Oaz2-206ENSMUST00000153700 1843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Zfp629-208ENSMUST00000151107 583 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Ss18l2-201ENSMUST00000035113 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Col6a3E9PWQ3 Gadd45a-207ENSMUST00000204369 716 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Col6a3E9PWQ3 Hmgn2-204ENSMUST00000105893 973 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Col6a3E9PWQ3 Igfbp7-202ENSMUST00000163898 1200 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Col6a3E9PWQ3 Gm7417-201ENSMUST00000192950 473 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
Col6a3E9PWQ3 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Col6a3E9PWQ3 Hoxd3os1-204ENSMUST00000156342 796 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Col6a3E9PWQ3 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Col6a3E9PWQ3 Acad9-205ENSMUST00000196648 552 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Col6a3E9PWQ3 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Col6a3E9PWQ3 Gm10382-201ENSMUST00000100700 1233 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Col6a3E9PWQ3 Terc-201ENSMUST00000082862 423 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
Col6a3E9PWQ3 Gpn2-202ENSMUST00000105899 996 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Col6a3E9PWQ3 Cdv3-ps-201ENSMUST00000169632 827 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
Col6a3E9PWQ3 Rgs10-205ENSMUST00000145739 564 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Col6a3E9PWQ3 Rp2-203ENSMUST00000115391 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 4930597O21Rik-201ENSMUST00000065878 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Sds-204ENSMUST00000201684 1288 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Gm36033-202ENSMUST00000214827 745 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Dkk4-201ENSMUST00000033936 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Dgcr6-207ENSMUST00000151266 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Eloc-203ENSMUST00000185771 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Cacna2d1-207ENSMUST00000196750 1272 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Gm35065-201ENSMUST00000199206 428 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Gm2011-201ENSMUST00000203124 1263 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Ssr2-201ENSMUST00000035785 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 1110065P20Rik-206ENSMUST00000185036 1223 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Ttc39b-201ENSMUST00000030205 842 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 A830010M20Rik-207ENSMUST00000162298 1408 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Bex1-202ENSMUST00000113118 754 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Gm22238-201ENSMUST00000175222 88 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Atp8a1-203ENSMUST00000113651 808 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Zfp963-202ENSMUST00000154063 640 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 4933406I18Rik-202ENSMUST00000163996 904 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 A730098A19Rik-201ENSMUST00000188193 978 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Stk19-201ENSMUST00000077477 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Romo1-202ENSMUST00000109597 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Gfra4-201ENSMUST00000028787 909 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Rbp4-201ENSMUST00000025951 1243 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 Cox4i1-201ENSMUST00000034276 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Col6a3E9PWQ3 AC138214.1-201ENSMUST00000223838 420 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Dusp14-202ENSMUST00000100705 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Vwc2-201ENSMUST00000056344 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Efna3-203ENSMUST00000200436 742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Ltb-201ENSMUST00000025262 1160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 A430027H14Rik-201ENSMUST00000191809 1467 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Serbp1-216ENSMUST00000205106 1288 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Wipi1-203ENSMUST00000106689 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Rnf187-202ENSMUST00000217262 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Vcpkmt-201ENSMUST00000058639 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Btg3-201ENSMUST00000023570 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Gnas-206ENSMUST00000109084 1695 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Arl10-201ENSMUST00000026988 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 E030030I06Rik-201ENSMUST00000069372 876 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 1810022K09Rik-201ENSMUST00000108365 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 2310061I04Rik-203ENSMUST00000148482 1193 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Dap-205ENSMUST00000186547 535 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Ubl7-208ENSMUST00000216841 1426 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 6330562C20Rik-201ENSMUST00000098867 784 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Kctd6-201ENSMUST00000022272 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Dleu2-203ENSMUST00000182259 1437 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Psmg1-202ENSMUST00000117044 807 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Rras-201ENSMUST00000044111 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Rab20-201ENSMUST00000033900 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 1700020G03Rik-201ENSMUST00000211264 889 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Gm11691-201ENSMUST00000130963 658 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 4930535I16Rik-201ENSMUST00000181410 519 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Col6a3E9PWQ3 Gm37564-201ENSMUST00000195000 330 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34 ms