Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Brd2-203ENSMUST00000114242 4483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Slc24a3-202ENSMUST00000110007 4048 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Anks1b-204ENSMUST00000179337 2692 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Wdr31-203ENSMUST00000120095 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Pitx2-203ENSMUST00000106382 1757 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Tpm1-215ENSMUST00000113705 1759 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Mcrs1-202ENSMUST00000163506 1795 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Gm45605-201ENSMUST00000210265 4269 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Cope-201ENSMUST00000066469 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Ubqln1-201ENSMUST00000058735 3686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Eef2kmt-201ENSMUST00000064635 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Carlr-201ENSMUST00000181515 2574 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Tnnt1-203ENSMUST00000108587 1059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Gm12216-201ENSMUST00000117316 1152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Gm15165-201ENSMUST00000118140 502 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Dgcr6-208ENSMUST00000153123 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Gm44264-201ENSMUST00000203049 742 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 5033426O07Rik-202ENSMUST00000212635 2110 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Olfr572-203ENSMUST00000215782 1233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Fcnb-201ENSMUST00000028179 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Rgp1-201ENSMUST00000030190 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Chmp1a-201ENSMUST00000000759 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Usp32-202ENSMUST00000108075 7053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Josd1-201ENSMUST00000023061 3394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Asprv1-201ENSMUST00000043400 1547 ntAPPRIS P1 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Lix1l-201ENSMUST00000062058 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Pkn2-201ENSMUST00000043812 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Sumo3-201ENSMUST00000020501 2630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Gm29683-203ENSMUST00000209071 2488 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Spcs2-210ENSMUST00000209032 1610 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Nop56-202ENSMUST00000103198 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Tns1-222ENSMUST00000212888 5643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Fubp1-206ENSMUST00000196739 2526 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Fndc7-201ENSMUST00000053065 3009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Csnk1g2-202ENSMUST00000085435 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 St8sia6-201ENSMUST00000003509 7618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Tmem33-204ENSMUST00000161369 6164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Fnbp1-208ENSMUST00000113560 4726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Park7-203ENSMUST00000105674 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Kctd10-201ENSMUST00000001125 1026 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Gm26549-201ENSMUST00000181112 1209 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Gm44454-201ENSMUST00000198541 138 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Gm18206-201ENSMUST00000207027 926 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Dcdc2c-201ENSMUST00000020963 1041 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 AC159641.1-201ENSMUST00000221117 177 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Pspn-201ENSMUST00000002740 474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Myef2-206ENSMUST00000142718 2942 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Ovol2-202ENSMUST00000103171 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Fars2-208ENSMUST00000224611 1750 ntAPPRIS P1 BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Reep1-201ENSMUST00000121469 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Kif26a-201ENSMUST00000128402 6918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Gm38058-201ENSMUST00000194323 4368 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Pofut1-203ENSMUST00000099192 1385 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Cacna1b-201ENSMUST00000041342 6984 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Fam76b-201ENSMUST00000059579 3702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Celf3-201ENSMUST00000029784 2744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Usp4P35123 Ap1s2-202ENSMUST00000069041 2226 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Pgd-201ENSMUST00000084124 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Gm4262-201ENSMUST00000180624 1986 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Fem1b-201ENSMUST00000034775 6785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Slc6a8-203ENSMUST00000114465 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Limk1-201ENSMUST00000015137 3331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Mapk8ip3-203ENSMUST00000115229 5603 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Eif4g3-205ENSMUST00000105831 6235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Pth2r-201ENSMUST00000027083 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Nr3c2-204ENSMUST00000109913 5916 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Rnf38-202ENSMUST00000098098 5061 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Slc35c2-203ENSMUST00000109299 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Gm27177-203ENSMUST00000184034 1911 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Mapt-203ENSMUST00000106989 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Eif5a-207ENSMUST00000108610 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Ndufv2-203ENSMUST00000143987 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Ythdf3-202ENSMUST00000108346 4929 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Oas1a-201ENSMUST00000080322 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Sowaha-201ENSMUST00000104955 3702 ntAPPRIS P1 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Cacna1i-202ENSMUST00000160424 9781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Rxra-202ENSMUST00000100251 1952 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Zbp1-201ENSMUST00000029018 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 H13-203ENSMUST00000109825 1063 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Gm12008-201ENSMUST00000117791 755 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Nrn1l-202ENSMUST00000118920 603 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Timm23-201ENSMUST00000013845 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Cox6c-205ENSMUST00000156915 606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Sec61g-206ENSMUST00000166950 754 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Sec61g-207ENSMUST00000178855 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Gm2651-201ENSMUST00000203560 838 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Gm6376-201ENSMUST00000209407 580 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Gm9913-201ENSMUST00000066157 2793 ntAPPRIS P1 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Tle1-203ENSMUST00000074216 4369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Armc9-205ENSMUST00000131412 2160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Klhdc8b-207ENSMUST00000193286 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Actg1-204ENSMUST00000106215 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Ubash3b-201ENSMUST00000044155 6354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Adamts17-201ENSMUST00000098382 6025 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Vps72-201ENSMUST00000009102 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Cpne1-203ENSMUST00000109608 3492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
Usp4P35123 9130024F11Rik-201ENSMUST00000135238 1300 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Gnpat-201ENSMUST00000034466 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Sp2-203ENSMUST00000107624 3055 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
Usp4P35123 Zcchc3-201ENSMUST00000099207 3073 ntAPPRIS P1 BASIC15.69■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.3 ms