Protein–RNA interactions for Protein: Q8CEI3

Ccdc28a, Coiled-coil domain-containing 28A, mousemouse

Predictions only

Length 192 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc28aQ8CEI3 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Arrdc2-201ENSMUST00000002989 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Klhl22-201ENSMUST00000117192 2754 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Nisch-201ENSMUST00000022469 5559 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Snx7-201ENSMUST00000029639 2021 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Adgrb1-202ENSMUST00000170845 2704 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Impdh1-201ENSMUST00000078155 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Zgpat-202ENSMUST00000108807 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Slc30a3-201ENSMUST00000031037 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Mid2-201ENSMUST00000112988 2525 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Pgbd5-204ENSMUST00000140012 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Fbxl14-201ENSMUST00000032094 2963 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Krt10-201ENSMUST00000103131 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Man1a-201ENSMUST00000003843 5137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Klc1-201ENSMUST00000084941 2504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Prph-201ENSMUST00000024249 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Klhl2-205ENSMUST00000210166 5126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 P4ha3-201ENSMUST00000057023 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Ccdc28aQ8CEI3 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Msl1-203ENSMUST00000107485 2091 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Dyrk1b-202ENSMUST00000172467 2523 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Dyrk1b-201ENSMUST00000085901 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Ube2q1-201ENSMUST00000038356 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Otud5-204ENSMUST00000115667 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Carm1-201ENSMUST00000034703 3220 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Phf14-203ENSMUST00000115511 3336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Ltk-205ENSMUST00000140224 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Ltk-206ENSMUST00000182203 2232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Ppp4r2-201ENSMUST00000063854 4874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Slc17a7-201ENSMUST00000085374 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Mlx-201ENSMUST00000017945 1965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Brf1-201ENSMUST00000011302 2615 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Tbc1d24-201ENSMUST00000024931 4894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 P4htm-201ENSMUST00000006853 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 C1galt1-201ENSMUST00000040159 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Mtf2-202ENSMUST00000112626 1968 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Rhbdl1-201ENSMUST00000026831 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Ccdc28aQ8CEI3 Mnx1-202ENSMUST00000165512 2245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Grb2-201ENSMUST00000021090 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Lemd3-202ENSMUST00000119944 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Lgi2-201ENSMUST00000039750 6456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Banp-202ENSMUST00000093078 2289 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Mef2a-203ENSMUST00000076325 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Susd6-203ENSMUST00000220238 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Gm20208-202ENSMUST00000219905 1528 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Dhrs13os-201ENSMUST00000150471 2429 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Ybx3-202ENSMUST00000087865 1684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Lrp2-202ENSMUST00000092551 2228 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Rbm45-201ENSMUST00000046389 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 AC061963.1-201ENSMUST00000213180 1765 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Kcnk12-201ENSMUST00000055221 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Phactr2-202ENSMUST00000105543 2735 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 AW121686-201ENSMUST00000181049 2200 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Triobp-201ENSMUST00000109687 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Pou2f2-204ENSMUST00000108416 1754 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Dhrs13-201ENSMUST00000021187 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Terf2-202ENSMUST00000068421 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Zfp513-201ENSMUST00000031562 2213 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Dgat2-201ENSMUST00000033001 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Kmt5a-201ENSMUST00000059580 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Ccdc9-201ENSMUST00000041010 2379 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Ccdc28aQ8CEI3 Kcnk2-205ENSMUST00000192723 1642 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc28aQ8CEI3 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc28aQ8CEI3 Apcdd1-201ENSMUST00000096554 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc28aQ8CEI3 Ptbp3-208ENSMUST00000172768 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc28aQ8CEI3 Drd4-201ENSMUST00000026569 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Ccdc28aQ8CEI3 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc28aQ8CEI3 A230087F16Rik-201ENSMUST00000181055 2098 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc28aQ8CEI3 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Ccdc28aQ8CEI3 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37.2 ms