Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Slc25a33-201ENSMUST00000105686 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC30■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Siah1a-201ENSMUST00000045296 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC29.99■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Hnrnpul1-202ENSMUST00000108401 1240 ntTSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Htatsf1-202ENSMUST00000114751 1128 ntTSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Sdccag3-202ENSMUST00000077983 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC29.98■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Tmem11-201ENSMUST00000062677 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Shox2-204ENSMUST00000162439 1081 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Dapk2-201ENSMUST00000034944 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC29.95■■■□□ 2.39
Trim28Q62318 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Trim28Q62318 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
Trim28Q62318 Slc16a11-207ENSMUST00000136328 1403 ntTSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
Trim28Q62318 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC29.94■■■□□ 2.38
Trim28Q62318 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
Trim28Q62318 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC29.93■■■□□ 2.38
Trim28Q62318 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
Trim28Q62318 Zdhhc2-205ENSMUST00000167766 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
Trim28Q62318 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
Trim28Q62318 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
Trim28Q62318 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
Trim28Q62318 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
Trim28Q62318 Tsen34-204ENSMUST00000108630 1779 ntTSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
Trim28Q62318 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.88■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC29.88■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 Runx2-211ENSMUST00000162629 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.88■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 Tspan33-202ENSMUST00000115250 1977 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.88■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 AC164433.2-201ENSMUST00000226346 1701 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 Usp2-206ENSMUST00000176416 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.86■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 Prr5-202ENSMUST00000171460 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 H1fx-201ENSMUST00000056403 1217 ntAPPRIS P1 BASIC29.85■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC29.85■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.84■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC29.83■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 Maz-204ENSMUST00000206254 2282 ntTSL 5 BASIC29.83■■■□□ 2.37
Trim28Q62318 Srd5a3-201ENSMUST00000031143 1747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
Trim28Q62318 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC29.82■■■□□ 2.36
Trim28Q62318 Dhrs11-201ENSMUST00000047560 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
Trim28Q62318 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
Trim28Q62318 Ntn5-203ENSMUST00000183120 1491 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
Trim28Q62318 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
Trim28Q62318 AC117769.4-201ENSMUST00000225679 685 ntBASIC29.81■■■□□ 2.36
Trim28Q62318 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
Trim28Q62318 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
Trim28Q62318 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
Trim28Q62318 Tbc1d25-203ENSMUST00000143984 2184 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
Trim28Q62318 Bag1-203ENSMUST00000191273 1348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
Trim28Q62318 Foxe3-201ENSMUST00000050940 867 ntAPPRIS P1 BASIC29.8■■■□□ 2.36
Trim28Q62318 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC29.79■■■□□ 2.36
Trim28Q62318 Zc3h6-201ENSMUST00000110319 1484 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
Trim28Q62318 Tmem150a-202ENSMUST00000132243 1478 ntTSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
Trim28Q62318 Timm50-201ENSMUST00000081946 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
Trim28Q62318 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
Trim28Q62318 Dusp2-201ENSMUST00000028846 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Gm7199-201ENSMUST00000118327 1485 ntBASIC29.75■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Tbc1d10a-206ENSMUST00000180088 1921 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC29.75■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.74■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Arhgap9-201ENSMUST00000069548 1782 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Fam181b-201ENSMUST00000051179 2003 ntAPPRIS P1 BASIC29.74■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Ppcs-201ENSMUST00000030385 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Gm43592-201ENSMUST00000196922 1165 ntBASIC29.73■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Fgf16-201ENSMUST00000033581 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC29.72■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Adat3-204ENSMUST00000038411 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Lsm4-201ENSMUST00000034311 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Sox17-202ENSMUST00000116652 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Susd3-203ENSMUST00000119721 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
Trim28Q62318 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
Trim28Q62318 Fam50b-202ENSMUST00000221037 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34.4 ms