Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC37.68■■■■□ 3.62
Ccdc88bQ4QRL3 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
Ccdc88bQ4QRL3 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
Ccdc88bQ4QRL3 Siah1a-201ENSMUST00000045296 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
Ccdc88bQ4QRL3 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
Ccdc88bQ4QRL3 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.66■■■■□ 3.62
Ccdc88bQ4QRL3 Cited4-201ENSMUST00000094814 1249 ntAPPRIS P1 BASIC37.66■■■■□ 3.62
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
Ccdc88bQ4QRL3 Bag1-203ENSMUST00000191273 1348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
Ccdc88bQ4QRL3 Cited1-202ENSMUST00000101336 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.65■■■■□ 3.62
Ccdc88bQ4QRL3 H1fx-201ENSMUST00000056403 1217 ntAPPRIS P1 BASIC37.65■■■■□ 3.62
Ccdc88bQ4QRL3 Kif1c-205ENSMUST00000152618 1943 ntTSL 1 (best) BASIC37.65■■■■□ 3.62
Ccdc88bQ4QRL3 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.64■■■■□ 3.62
Ccdc88bQ4QRL3 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC37.64■■■■□ 3.62
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem106c-201ENSMUST00000064200 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.64■■■■□ 3.62
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.64■■■■□ 3.62
Ccdc88bQ4QRL3 Usp2-206ENSMUST00000176416 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.64■■■■□ 3.62
Ccdc88bQ4QRL3 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC37.63■■■■□ 3.61
Ccdc88bQ4QRL3 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.63■■■■□ 3.61
Ccdc88bQ4QRL3 Fam50b-202ENSMUST00000221037 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.62■■■■□ 3.61
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnj6-201ENSMUST00000095873 1773 ntTSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem11-201ENSMUST00000062677 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
Ccdc88bQ4QRL3 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.59■■■■□ 3.61
Ccdc88bQ4QRL3 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.59■■■■□ 3.61
Ccdc88bQ4QRL3 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC37.59■■■■□ 3.61
Ccdc88bQ4QRL3 Ntn5-203ENSMUST00000183120 1491 ntTSL 1 (best) BASIC37.58■■■■□ 3.61
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC37.58■■■■□ 3.61
Ccdc88bQ4QRL3 Dapk2-201ENSMUST00000034944 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.58■■■■□ 3.61
Ccdc88bQ4QRL3 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.58■■■■□ 3.61
Ccdc88bQ4QRL3 Snx21-203ENSMUST00000152471 1243 ntTSL 1 (best) BASIC37.58■■■■□ 3.61
Ccdc88bQ4QRL3 Coprs-201ENSMUST00000033839 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.57■■■■□ 3.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC37.57■■■■□ 3.6
Ccdc88bQ4QRL3 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.57■■■■□ 3.6
Ccdc88bQ4QRL3 Trappc6b-207ENSMUST00000218686 785 ntTSL 3 BASIC37.56■■■■□ 3.6
Ccdc88bQ4QRL3 Rnaset2b-201ENSMUST00000089119 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.56■■■■□ 3.6
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp2-201ENSMUST00000028846 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.55■■■■□ 3.6
Ccdc88bQ4QRL3 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC37.54■■■■□ 3.6
Ccdc88bQ4QRL3 Becn1-216ENSMUST00000170502 725 ntTSL 1 (best) BASIC37.54■■■■□ 3.6
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC37.53■■■■□ 3.6
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20532-201ENSMUST00000174066 780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.52■■■■□ 3.6
Ccdc88bQ4QRL3 Sec24d-208ENSMUST00000200333 307 ntTSL 1 (best) BASIC37.52■■■■□ 3.6
Ccdc88bQ4QRL3 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 Dynll1-202ENSMUST00000112090 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.51■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 Dexi-201ENSMUST00000038281 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.5■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 Bri3-201ENSMUST00000056578 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.5■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.49■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43592-201ENSMUST00000196922 1165 ntBASIC37.49■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC37.49■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC37.49■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13238-201ENSMUST00000117655 780 ntBASIC37.48■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem42-201ENSMUST00000084733 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.47■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.47■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.47■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC37.47■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 Eif5a-208ENSMUST00000108611 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.46■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgap39-204ENSMUST00000176219 542 ntTSL 5 BASIC37.46■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 AC161180.1-201ENSMUST00000223439 933 ntAPPRIS P1 BASIC37.46■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.46■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 Runx2-211ENSMUST00000162629 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.46■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 Spryd7-202ENSMUST00000100496 1459 ntTSL 1 (best) BASIC37.46■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.45■■■■□ 3.59
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12905-201ENSMUST00000153814 658 ntTSL 2 BASIC37.43■■■■□ 3.58
Ccdc88bQ4QRL3 Hras-202ENSMUST00000097957 1199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.43■■■■□ 3.58
Ccdc88bQ4QRL3 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.42■■■■□ 3.58
Ccdc88bQ4QRL3 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.41■■■■□ 3.58
Ccdc88bQ4QRL3 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem9b-201ENSMUST00000033333 1703 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem150a-202ENSMUST00000132243 1478 ntTSL 5 BASIC37.4■■■■□ 3.58
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29735-201ENSMUST00000209599 660 ntAPPRIS P1 BASIC37.4■■■■□ 3.58
Ccdc88bQ4QRL3 Lsm4-201ENSMUST00000034311 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.4■■■■□ 3.58
Ccdc88bQ4QRL3 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.39■■■■□ 3.58
Ccdc88bQ4QRL3 Slc16a11-207ENSMUST00000136328 1403 ntTSL 5 BASIC37.39■■■■□ 3.58
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2k-206ENSMUST00000201984 1449 ntTSL 3 BASIC37.39■■■■□ 3.58
Ccdc88bQ4QRL3 AC166358.2-201ENSMUST00000223403 734 ntTSL 5 BASIC37.39■■■■□ 3.58
Ccdc88bQ4QRL3 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.38■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 Fgf16-201ENSMUST00000033581 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 H2afj-202ENSMUST00000203982 577 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC37.38■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 Prr5-202ENSMUST00000171460 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 Susd3-203ENSMUST00000119721 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC37.37■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 Srd5a3-201ENSMUST00000031143 1747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 A430027H14Rik-201ENSMUST00000191809 1467 ntBASIC37.36■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 AC164433.2-201ENSMUST00000226346 1701 ntBASIC37.36■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 Sox17-202ENSMUST00000116652 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 Sin3b-202ENSMUST00000109950 1024 ntTSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 Tbc1d10a-206ENSMUST00000180088 1921 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 Btg3-201ENSMUST00000023570 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.34■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 Adat3-204ENSMUST00000038411 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.34■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.34■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.34■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7544-201ENSMUST00000222426 828 ntAPPRIS P1 BASIC37.33■■■■□ 3.57
Ccdc88bQ4QRL3 Faim-202ENSMUST00000112911 803 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC37.3■■■■□ 3.56
Ccdc88bQ4QRL3 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC37.3■■■■□ 3.56
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 70.2 ms