Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 Cadm1-206ENSMUST00000143026 1643 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 Lsm4-201ENSMUST00000034311 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 Ctxn1-201ENSMUST00000053252 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 4930597O21Rik-201ENSMUST00000065878 984 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 Ccdc85c-201ENSMUST00000136175 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 Cckbr-202ENSMUST00000181339 1326 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 Fads2-201ENSMUST00000025567 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 Dusp15-202ENSMUST00000109811 753 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 Kcnip3-202ENSMUST00000088538 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Col8a1Q00780 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Gm18755-201ENSMUST00000218030 1099 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Tlx2-201ENSMUST00000089641 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 4930527J03Rik-201ENSMUST00000094270 543 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Ipmk-203ENSMUST00000121446 1492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Fn1-208ENSMUST00000186940 1350 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Dynlt1f-201ENSMUST00000179554 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Pgp-201ENSMUST00000053024 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Ech1-201ENSMUST00000066264 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Barx1-201ENSMUST00000021813 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Cadps-203ENSMUST00000112658 5458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 H3f3a-207ENSMUST00000162814 724 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Etf1-202ENSMUST00000180351 108 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Col8a1Q00780 Sac3d1-201ENSMUST00000113533 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Arhgap39-204ENSMUST00000176219 542 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Copz2-201ENSMUST00000018816 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Fam168b-204ENSMUST00000170092 941 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Usp2-206ENSMUST00000176416 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Nkain1-201ENSMUST00000105993 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Hecw2-202ENSMUST00000097741 1132 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 C1qtnf5-203ENSMUST00000114818 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Kctd6-201ENSMUST00000022272 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Tmem55b-209ENSMUST00000162957 1465 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Ntn5-203ENSMUST00000183120 1491 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Dleu2-201ENSMUST00000180377 1165 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Gm35161-201ENSMUST00000221765 941 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 1700065D16Rik-202ENSMUST00000188975 506 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Vegfb-201ENSMUST00000025914 1281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Ptms-201ENSMUST00000032216 1149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Col8a1Q00780 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Col8a1Q00780 Acbd6-203ENSMUST00000097529 1255 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Col8a1Q00780 Ncoa7-206ENSMUST00000215725 1445 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Col8a1Q00780 Gm21989-201ENSMUST00000174530 1609 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Col8a1Q00780 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Col8a1Q00780 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Col8a1Q00780 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col8a1Q00780 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col8a1Q00780 Tfpt-204ENSMUST00000155592 1091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col8a1Q00780 Gm5297-201ENSMUST00000198555 1171 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
Col8a1Q00780 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col8a1Q00780 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col8a1Q00780 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col8a1Q00780 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col8a1Q00780 Pgk1-201ENSMUST00000081593 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Col8a1Q00780 Oaz2-206ENSMUST00000153700 1843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col8a1Q00780 Cyp2r1-202ENSMUST00000119712 917 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col8a1Q00780 Ndfip1-201ENSMUST00000025293 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Col8a1Q00780 Sos2-201ENSMUST00000035773 5607 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.8 ms