Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Tmem11-201ENSMUST00000062677 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Col3a1P08121 Foxe3-201ENSMUST00000050940 867 ntAPPRIS P1 BASIC27.55■■■□□ 2
Col3a1P08121 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Col3a1P08121 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Col3a1P08121 Panx2-202ENSMUST00000161372 2314 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Col3a1P08121 Csrp1-201ENSMUST00000027677 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Col3a1P08121 Csrp1-202ENSMUST00000097561 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Col3a1P08121 Kcnj6-201ENSMUST00000095873 1773 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Col3a1P08121 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Col3a1P08121 Pmvk-201ENSMUST00000029564 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Col3a1P08121 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC27.53■■■□□ 2
Col3a1P08121 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC27.52■■■□□ 2
Col3a1P08121 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Col3a1P08121 Dhrs11-201ENSMUST00000047560 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Col3a1P08121 Ntn5-203ENSMUST00000183120 1491 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Col3a1P08121 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Col3a1P08121 Ppcs-201ENSMUST00000030385 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 H2-Q5-202ENSMUST00000172979 998 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC27.51■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 Cited1-202ENSMUST00000101336 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 Bag1-203ENSMUST00000191273 1348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 Slc16a11-207ENSMUST00000136328 1403 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 H1fx-201ENSMUST00000056403 1217 ntAPPRIS P1 BASIC27.48■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 Siah1a-201ENSMUST00000045296 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 Arhgap9-203ENSMUST00000219026 1946 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 2810002D19Rik-201ENSMUST00000152313 2040 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 Zc3h6-201ENSMUST00000110319 1484 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 Gm2415-202ENSMUST00000134688 401 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
Col3a1P08121 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Becn1-216ENSMUST00000170502 725 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Lsm4-201ENSMUST00000034311 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Runx2-211ENSMUST00000162629 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Dapk2-201ENSMUST00000034944 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Susd3-203ENSMUST00000119721 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Gm43592-201ENSMUST00000196922 1165 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Cited4-201ENSMUST00000094814 1249 ntAPPRIS P1 BASIC27.42■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Fam50b-202ENSMUST00000221037 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Tmem150a-202ENSMUST00000132243 1478 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Actr3b-202ENSMUST00000128727 2031 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Maz-204ENSMUST00000206254 2282 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Eif5a-208ENSMUST00000108611 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Col3a1P08121 Sox17-202ENSMUST00000116652 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Gm5812-201ENSMUST00000061073 957 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Tmem42-201ENSMUST00000084733 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Tmem127-202ENSMUST00000174288 842 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 AC161180.1-201ENSMUST00000223439 933 ntAPPRIS P1 BASIC27.37■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Dusp2-201ENSMUST00000028846 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Snx21-203ENSMUST00000152471 1243 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 AC117769.4-201ENSMUST00000225679 685 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Prr5-202ENSMUST00000171460 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Dynll1-202ENSMUST00000112090 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Pxmp2-201ENSMUST00000031472 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Dexi-201ENSMUST00000038281 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC27.33■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Coprs-201ENSMUST00000033839 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC27.33■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC27.33■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Srd5a3-201ENSMUST00000031143 1747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Col3a1P08121 Fgf16-201ENSMUST00000033581 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.96
Col3a1P08121 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Col3a1P08121 Cln6-201ENSMUST00000034776 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Col3a1P08121 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
Col3a1P08121 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
Col3a1P08121 Tbc1d10a-206ENSMUST00000180088 1921 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Col3a1P08121 Btg3-201ENSMUST00000023570 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Col3a1P08121 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Col3a1P08121 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Col3a1P08121 Sin3b-202ENSMUST00000109950 1024 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Col3a1P08121 Arhgap39-204ENSMUST00000176219 542 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
Col3a1P08121 Gm7199-201ENSMUST00000118327 1485 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
Col3a1P08121 A430027H14Rik-201ENSMUST00000191809 1467 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.2 ms