Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AC016168.1-201ENST00000591422 722 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC9Q9Y3X0 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC9Q9Y3X0 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 103.3 ms