Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Tmem108-204ENSMUST00000189588 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Ldb3-208ENSMUST00000228044 1883 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gm38391-201ENSMUST00000191720 4069 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Six4-201ENSMUST00000043208 6402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Aqp5-202ENSMUST00000169082 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Tbk1-201ENSMUST00000020316 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Hic2-201ENSMUST00000090190 6354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Nde1-201ENSMUST00000023359 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Col7a1-201ENSMUST00000026740 9198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Svbp-203ENSMUST00000106345 684 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Steap1-201ENSMUST00000015796 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 4930515G01Rik-201ENSMUST00000173208 1247 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Thoc7-209ENSMUST00000225325 765 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Pigf-201ENSMUST00000024957 988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Cldn3-201ENSMUST00000094245 1259 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Idh2-201ENSMUST00000107384 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Hmgb3-204ENSMUST00000114582 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gstm4-201ENSMUST00000029489 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Hmgb3-203ENSMUST00000088874 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Kctd3-201ENSMUST00000085678 3706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Hdhd2-203ENSMUST00000097522 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Slc6a8-203ENSMUST00000114465 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Trib1-201ENSMUST00000067543 4330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Fndc7-201ENSMUST00000053065 3009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Jam2-201ENSMUST00000098407 1998 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Dnajb1-201ENSMUST00000005620 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Htatip2-202ENSMUST00000207895 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Acly-202ENSMUST00000107385 1741 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Efs-201ENSMUST00000022813 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Palm3-201ENSMUST00000055077 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Pgap3-205ENSMUST00000128897 1264 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Tpsg1-204ENSMUST00000160920 867 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gm17182-201ENSMUST00000163795 860 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 1600023N17Rik-201ENSMUST00000196242 1007 ntBASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Ptpn6-202ENSMUST00000112484 2219 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Ilf2-201ENSMUST00000001042 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Iqcm-201ENSMUST00000034033 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Pdpk1-201ENSMUST00000052462 1832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Dek-201ENSMUST00000021807 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Il1rn-204ENSMUST00000114487 2474 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Adal-201ENSMUST00000028702 2471 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Pcdha11-202ENSMUST00000115657 5360 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Rps6ka5-201ENSMUST00000043599 4406 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Hsph1-205ENSMUST00000201452 3140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Emb-201ENSMUST00000022242 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 AC132265.1-201ENSMUST00000219233 1665 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Ptdss1-201ENSMUST00000021990 3424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Specc1-209ENSMUST00000201671 2523 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Map7d1-201ENSMUST00000061143 3351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Wfikkn1-201ENSMUST00000095487 1981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Bex3-204ENSMUST00000178632 933 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Casp3-203ENSMUST00000210534 583 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gm45894-201ENSMUST00000211940 651 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gm39317-201ENSMUST00000213360 1138 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Slc7a7-209ENSMUST00000226753 2126 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gnl3-201ENSMUST00000037739 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Hyou1-201ENSMUST00000066601 4432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Emd-201ENSMUST00000002029 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Pomgnt2-206ENSMUST00000216669 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Clptm1-201ENSMUST00000055242 4143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Nfatc1-204ENSMUST00000170905 4896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Grina-201ENSMUST00000023225 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Mier2-201ENSMUST00000062855 2562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Ncln-202ENSMUST00000118498 2841 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Hmgn2-204ENSMUST00000105893 973 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gm15510-201ENSMUST00000123644 1172 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Ing4-205ENSMUST00000140131 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Rbmx-206ENSMUST00000143310 1296 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gm27275-201ENSMUST00000184318 272 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gm37744-201ENSMUST00000194616 1590 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gm44136-201ENSMUST00000203819 1106 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Klk7-201ENSMUST00000032955 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 H2-Eb1-201ENSMUST00000074557 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Nab1-205ENSMUST00000186764 3640 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gm3468-201ENSMUST00000165193 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gm2956-201ENSMUST00000177786 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Zbp1-201ENSMUST00000029018 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Tmem82-201ENSMUST00000053263 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Prox1-201ENSMUST00000010319 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Eme2-202ENSMUST00000121542 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Shd-201ENSMUST00000044216 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Pgd-201ENSMUST00000084124 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Ssbp2-201ENSMUST00000004094 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Tcp11-202ENSMUST00000043925 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Ism2-202ENSMUST00000125733 2526 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gm128-201ENSMUST00000090815 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Dsel-201ENSMUST00000035462 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Eomes-201ENSMUST00000035020 3560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Cpeb2-205ENSMUST00000169035 7050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Scarf1-202ENSMUST00000118243 2617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gm44210-201ENSMUST00000205253 713 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Rbks-201ENSMUST00000031018 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Ccl11-201ENSMUST00000000342 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 4930465K10Rik-201ENSMUST00000056675 1238 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Guca1a-201ENSMUST00000059348 871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Hist1h2ai-201ENSMUST00000070124 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Hist1h2an-201ENSMUST00000091751 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Gm33195-201ENSMUST00000220827 2337 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Isyna1-204ENSMUST00000210005 1914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Rnf40Q3U319 Rtfdc1-201ENSMUST00000029005 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.7 ms