Protein–RNA interactions for Protein: Q3UDK1

Trafd1, TRAF-type zinc finger domain-containing protein 1, mousemouse

Predictions only

Length 580 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trafd1Q3UDK1 Galnt18-202ENSMUST00000106663 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Ric8b-201ENSMUST00000038523 3069 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Plk1-201ENSMUST00000033154 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 9130019P16Rik-201ENSMUST00000135612 1019 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Oaz2-204ENSMUST00000136166 700 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Pym1-202ENSMUST00000163377 1158 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Entpd4-205ENSMUST00000184314 989 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Il3ra-205ENSMUST00000224877 1128 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Entpd4b-201ENSMUST00000064846 989 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Sumo1-201ENSMUST00000091374 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Tox2-202ENSMUST00000109428 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Slc43a3-201ENSMUST00000090726 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Cd5l-201ENSMUST00000015998 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Ggnbp2-213ENSMUST00000172405 2950 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Gyg-203ENSMUST00000178328 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Aqp5-202ENSMUST00000169082 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Nkain2-203ENSMUST00000191234 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 6030419C18Rik-202ENSMUST00000216294 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Ydjc-203ENSMUST00000115706 3097 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Rhpn1-202ENSMUST00000121137 2283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Chst3-203ENSMUST00000167915 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Gm7153-201ENSMUST00000117092 455 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Gm11767-201ENSMUST00000129379 493 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Atp6v0b-208ENSMUST00000150204 935 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Celrr-203ENSMUST00000185678 937 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Msh3-205ENSMUST00000187424 666 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Gm44454-201ENSMUST00000198541 138 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Gm35154-202ENSMUST00000217008 1093 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 4930428E07Rik-201ENSMUST00000222132 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Rufy3-205ENSMUST00000198965 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Bptf-201ENSMUST00000057892 11488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Nkx3-1-201ENSMUST00000022646 3195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Ddit4l-201ENSMUST00000053855 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Kit-204ENSMUST00000144270 5241 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Etnk2-203ENSMUST00000135222 2297 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Sigirr-203ENSMUST00000209294 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Usp38-201ENSMUST00000042724 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Rbfox3-205ENSMUST00000117731 3084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Gm43352-201ENSMUST00000196419 3065 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Arap3-201ENSMUST00000042944 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Ubr2-202ENSMUST00000113337 7633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Cep44-201ENSMUST00000040330 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Pogk-204ENSMUST00000135673 2433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Cnksr3-201ENSMUST00000015346 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Uvrag-201ENSMUST00000037968 5157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Rxrg-203ENSMUST00000111384 1967 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Cdx2-201ENSMUST00000031650 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Gm45844-204ENSMUST00000209833 1524 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Mpv17l-205ENSMUST00000143697 580 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Sbsn-202ENSMUST00000182227 432 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Sbsn-203ENSMUST00000182229 732 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 App-202ENSMUST00000226232 3120 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Card9-201ENSMUST00000028294 1880 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Smyd4-201ENSMUST00000044530 3517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Arpc1b-211ENSMUST00000196111 1394 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Lrrc24-202ENSMUST00000049956 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Fgfr1op2-203ENSMUST00000067404 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Tor1aip2-205ENSMUST00000111757 6118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Prnd-202ENSMUST00000110170 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Dhx33-202ENSMUST00000108527 5184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Nov-201ENSMUST00000050027 2869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Csnk1g1-212ENSMUST00000206048 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Prdm4-201ENSMUST00000037646 3877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Hsph1-209ENSMUST00000202089 3054 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Sirt5-203ENSMUST00000220576 1579 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 BC028777-201ENSMUST00000137883 985 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Smim1-210ENSMUST00000146054 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Rbm4-203ENSMUST00000178615 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 AC133598.3-202ENSMUST00000224219 531 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Acvrl1-204ENSMUST00000120028 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Gm5357-201ENSMUST00000212720 1924 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Hspa1a-201ENSMUST00000087328 2967 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Slit1-203ENSMUST00000169141 5673 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Rdx-201ENSMUST00000000590 4380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Sra1-205ENSMUST00000173875 2360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Sept8-207ENSMUST00000147912 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Nf2-201ENSMUST00000053079 2470 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Galnt13-203ENSMUST00000112635 7531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Dlgap1-207ENSMUST00000133983 7173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Letmd1-201ENSMUST00000037001 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Tmem116-204ENSMUST00000111795 2221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Alk-201ENSMUST00000086639 4866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Stk40-202ENSMUST00000116286 3860 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Hars-201ENSMUST00000001416 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Trafd1Q3UDK1 Nup54-201ENSMUST00000038514 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Trafd1Q3UDK1 Ccdc137-201ENSMUST00000058370 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Trafd1Q3UDK1 Cadm3-202ENSMUST00000111220 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Trafd1Q3UDK1 Kif26a-201ENSMUST00000128402 6918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Trafd1Q3UDK1 Arhgef10l-206ENSMUST00000105799 4508 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Trafd1Q3UDK1 Klk12-202ENSMUST00000107970 1115 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Trafd1Q3UDK1 Gm16272-201ENSMUST00000128218 388 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Trafd1Q3UDK1 Gm19164-201ENSMUST00000210667 640 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
Trafd1Q3UDK1 AC160980.1-201ENSMUST00000224136 970 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
Trafd1Q3UDK1 Vti1a-206ENSMUST00000225529 1244 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
Trafd1Q3UDK1 Lce1a2-201ENSMUST00000029530 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Trafd1Q3UDK1 Phf8-204ENSMUST00000112666 2556 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Trafd1Q3UDK1 Cdk16-201ENSMUST00000033380 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Trafd1Q3UDK1 Srrm1-208ENSMUST00000136342 3152 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Trafd1Q3UDK1 Ppef2-201ENSMUST00000031359 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Trafd1Q3UDK1 Slc12a5-207ENSMUST00000202223 5690 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.5 ms