Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
HOXC9P31274 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms