Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Nkx3-1-201ENSMUST00000022646 3195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Psmd5-201ENSMUST00000028225 4397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Pcdha4-202ENSMUST00000192512 5363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Eml5-210ENSMUST00000223282 7595 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Zfp316-201ENSMUST00000051665 3054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Ttyh1-203ENSMUST00000119661 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Gnat1-201ENSMUST00000010205 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Sptlc2-201ENSMUST00000021424 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Zyx-205ENSMUST00000203401 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 A330040F15Rik-202ENSMUST00000224046 1918 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Tmem201-201ENSMUST00000054459 4631 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Dse-201ENSMUST00000048010 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Gpsm3-201ENSMUST00000038244 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Cspg5-201ENSMUST00000035058 3870 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 1810010H24Rik-201ENSMUST00000106767 1100 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Gpha2-202ENSMUST00000113526 762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Gm26039-201ENSMUST00000158152 144 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Surf1-201ENSMUST00000015934 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Gm44771-201ENSMUST00000206975 626 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Gm10358-201ENSMUST00000212864 1250 ntAPPRIS P1 BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Pabpn1l-202ENSMUST00000212966 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Upk3a-201ENSMUST00000023070 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Gpha2-201ENSMUST00000025698 609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Gm45133-201ENSMUST00000207548 2773 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Gm37305-201ENSMUST00000195714 4279 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Lamc1-201ENSMUST00000027752 7622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Las1l-201ENSMUST00000079987 2530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Mcidas-201ENSMUST00000092089 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Ccdc43-205ENSMUST00000164506 2316 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Gm37728-201ENSMUST00000195025 2292 ntBASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Elmo2-203ENSMUST00000094329 3466 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Fzd6-202ENSMUST00000179165 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Slc6a11-201ENSMUST00000032451 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Kpna4-201ENSMUST00000029353 8819 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Anks1b-214ENSMUST00000182356 7561 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Pak4-202ENSMUST00000108283 2899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Diras2-201ENSMUST00000057442 4786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Gpd1-203ENSMUST00000162194 1515 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Rab11b-203ENSMUST00000173860 1544 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Tmx4-201ENSMUST00000038228 5488 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Zfp36-202ENSMUST00000209061 2465 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Tmem254b-201ENSMUST00000022418 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Rspo4-201ENSMUST00000042217 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Fam167a-201ENSMUST00000121288 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Map6-203ENSMUST00000122101 3233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Lmbr1-204ENSMUST00000198105 2274 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Dpy30-201ENSMUST00000112571 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Rasl2-9-201ENSMUST00000147835 1013 ntAPPRIS P1 BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Gm17112-201ENSMUST00000163194 432 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Otx2os1-206ENSMUST00000228153 787 ntBASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Ptcra-201ENSMUST00000041012 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Spem1-201ENSMUST00000045771 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Ahnak-201ENSMUST00000092955 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Ddc-210ENSMUST00000178704 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Shpk-201ENSMUST00000006105 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Pgap2-203ENSMUST00000120119 1979 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Usp35-201ENSMUST00000139582 4262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Adcy1-201ENSMUST00000020706 12259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Gm5934-201ENSMUST00000120734 2588 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Plscr3-202ENSMUST00000108632 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Senp1-204ENSMUST00000180657 3806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Coil-202ENSMUST00000107898 3120 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 2210011K15Rik-201ENSMUST00000190690 1741 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Iqcd-202ENSMUST00000094391 1673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Cd151-201ENSMUST00000058746 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Ogfod2-201ENSMUST00000024470 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Tchh-201ENSMUST00000064257 5823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Ttc13-210ENSMUST00000214828 3301 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 St6gal2-201ENSMUST00000025000 6066 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Crhr2-203ENSMUST00000114374 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Tor1aip1-201ENSMUST00000027738 1952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Ydjc-203ENSMUST00000115706 3097 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Fbxo5-201ENSMUST00000019907 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Tmem33-204ENSMUST00000161369 6164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Cnnm2-201ENSMUST00000077666 3492 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Ngrn-201ENSMUST00000117989 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Gm15998-201ENSMUST00000135144 1844 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Mrps27-201ENSMUST00000052249 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Srpx-202ENSMUST00000115543 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Mpv17l-205ENSMUST00000143697 580 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Sox6os-201ENSMUST00000032900 420 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
Col28a1Q2UY11 Agbl5-202ENSMUST00000114700 3296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Col28a1Q2UY11 Gm26793-201ENSMUST00000180930 2732 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Col28a1Q2UY11 Brd7-201ENSMUST00000034085 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Col28a1Q2UY11 Bahd1-201ENSMUST00000036578 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Col28a1Q2UY11 Ggn-205ENSMUST00000209019 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Col28a1Q2UY11 Ccne2-207ENSMUST00000170901 3006 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Col28a1Q2UY11 E430024P14Rik-202ENSMUST00000160177 2050 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Col28a1Q2UY11 Gm3248-201ENSMUST00000163885 2055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
Col28a1Q2UY11 Mospd2-201ENSMUST00000004715 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Col28a1Q2UY11 Agfg1-201ENSMUST00000063380 2896 ntTSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Col28a1Q2UY11 Grwd1-202ENSMUST00000131384 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Col28a1Q2UY11 Fam151a-201ENSMUST00000047620 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
Col28a1Q2UY11 Stk11-202ENSMUST00000105370 1474 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Col28a1Q2UY11 Zfp385a-201ENSMUST00000168828 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Col28a1Q2UY11 Cux1-212ENSMUST00000176778 5520 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Col28a1Q2UY11 Chd1l-201ENSMUST00000029730 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Col28a1Q2UY11 Scaf4-201ENSMUST00000039280 4165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
Col28a1Q2UY11 Gm45760-201ENSMUST00000212190 1782 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
Col28a1Q2UY11 Fdps-203ENSMUST00000196709 1382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45.9 ms