Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Gps1-208ENSMUST00000208737 1843 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Ttc39b-202ENSMUST00000048274 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Pten-201ENSMUST00000013807 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Pgap3-202ENSMUST00000090827 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Trmt2a-203ENSMUST00000115640 2367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Gm5922-201ENSMUST00000214963 1723 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Dnajb5-201ENSMUST00000037872 3291 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Rgl2-201ENSMUST00000047503 3252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Tgfb2-201ENSMUST00000045288 5116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Nrxn1-206ENSMUST00000160800 5683 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Sgsm2-201ENSMUST00000057631 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Ripor2-205ENSMUST00000110384 5608 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Cacna1h-205ENSMUST00000159610 8230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Cacna1h-201ENSMUST00000078496 8220 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Ddx50-201ENSMUST00000020270 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Hhatl-201ENSMUST00000035110 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 0610010K14Rik-205ENSMUST00000108575 643 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Trem2-202ENSMUST00000113237 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Med28-202ENSMUST00000118833 734 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Gm11515-201ENSMUST00000150818 701 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 AI413582-204ENSMUST00000154473 836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Gm27437-201ENSMUST00000183429 107 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Gm43125-201ENSMUST00000201724 730 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Gm20553-201ENSMUST00000204205 844 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Mlnr-ps-201ENSMUST00000208959 969 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Trem2-201ENSMUST00000024791 1088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Naa35-201ENSMUST00000022038 3793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Pkp2-202ENSMUST00000161342 2931 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Cndp2-201ENSMUST00000025546 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Kcnq2-204ENSMUST00000103047 2899 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Zfc3h1-201ENSMUST00000036044 6957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Adk-201ENSMUST00000045376 1782 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Wipf1-202ENSMUST00000102679 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Tmem150b-202ENSMUST00000086364 2822 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Sftpb-204ENSMUST00000183018 1490 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Dbnl-202ENSMUST00000102928 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Dennd4b-202ENSMUST00000129564 5647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Stox2-208ENSMUST00000211737 4573 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Nubpl-201ENSMUST00000040090 2987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Rabl6-201ENSMUST00000058137 3230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Rflna-201ENSMUST00000036109 1681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Dars-201ENSMUST00000027602 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Ppm1h-206ENSMUST00000161487 2931 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Tmem229b-206ENSMUST00000174697 3697 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Whrn-207ENSMUST00000107393 4028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Whrn-203ENSMUST00000084510 4049 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 CT010478.1-201ENSMUST00000220747 2787 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Kif17-204ENSMUST00000105821 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Ubp1-202ENSMUST00000084885 3850 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Rps19-201ENSMUST00000108428 1284 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Cops9-202ENSMUST00000112999 653 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 AC121788.1-202ENSMUST00000218801 871 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Kcnk16-201ENSMUST00000024155 916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Cav3-201ENSMUST00000075477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 G430095P16Rik-201ENSMUST00000098571 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Gm38318-201ENSMUST00000195769 1706 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Nkx2-1-201ENSMUST00000001536 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Thsd7a-202ENSMUST00000119581 5678 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Atp6v1c2-201ENSMUST00000020884 1569 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Sh3bp2-203ENSMUST00000118545 3034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Vstm5-201ENSMUST00000034413 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Arhgap42-201ENSMUST00000093893 6116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Lrrfip1-212ENSMUST00000189617 2155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Ftsj1-202ENSMUST00000115594 1529 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Sept8-207ENSMUST00000147912 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Drd2-201ENSMUST00000075764 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Kifc3-212ENSMUST00000213004 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Dpm1-209ENSMUST00000154111 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Chst3-203ENSMUST00000167915 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Hist1h3e-201ENSMUST00000105107 836 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 2410006H16Rik-201ENSMUST00000131787 462 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Mgarp-203ENSMUST00000141156 1246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Gm11201-201ENSMUST00000143473 701 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 C330022C24Rik-201ENSMUST00000190581 1077 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Cartpt-201ENSMUST00000022150 827 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Cartpt-202ENSMUST00000224142 1238 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Tssk3-201ENSMUST00000000421 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Mrpl54-201ENSMUST00000046114 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Gm10322-201ENSMUST00000095646 336 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Gm3739-201ENSMUST00000165744 2011 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Col6a1Q04857 Mios-201ENSMUST00000040017 3710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Crhr2-209ENSMUST00000213026 1443 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Gm34016-201ENSMUST00000222678 1384 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Socs4-201ENSMUST00000065562 6877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Clns1a-201ENSMUST00000026506 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Taf6l-212ENSMUST00000177216 2167 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Btbd1-201ENSMUST00000026093 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Sox1ot-201ENSMUST00000080795 5064 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Pprc1-203ENSMUST00000111899 5246 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Axin1-202ENSMUST00000118904 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Smpd4-221ENSMUST00000170996 1619 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Mmab-203ENSMUST00000123256 1277 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Gm11505-201ENSMUST00000130442 737 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Ctsd-202ENSMUST00000151120 2127 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Gm16163-201ENSMUST00000161868 1119 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Mpped1-210ENSMUST00000172115 795 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Mpped1-211ENSMUST00000172398 795 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Prr29-205ENSMUST00000190268 1141 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Lamtor1-202ENSMUST00000193465 661 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
Col6a1Q04857 Cks1b-201ENSMUST00000029679 849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.8 ms