Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,39■■□□□ 1,82
Traf1P39428 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,39■■□□□ 1,82
Traf1P39428 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,39■■□□□ 1,82
Traf1P39428 Qdpr-201ENSMUST00000015950 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,39■■□□□ 1,82
Traf1P39428 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,39■■□□□ 1,82
Traf1P39428 Gm43573-201ENSMUST00000196445 570 ntTSL 5 BASIC26,39■■□□□ 1,82
Traf1P39428 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,39■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,39■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Eid1-201ENSMUST00000164756 1691 ntAPPRIS P1 BASIC26,38■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,38■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,38■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC26,38■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,38■■□□□ 1,81
Traf1P39428 4930597O21Rik-201ENSMUST00000065878 984 ntTSL 1 (best) BASIC26,38■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26,38■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC26,38■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26,38■■□□□ 1,81
Traf1P39428 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC26,37■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,37■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC26,37■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,37■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC26,36■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC26,36■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Kctd6-201ENSMUST00000022272 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,36■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC26,36■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26,36■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,35■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC26,35■■□□□ 1,81
Traf1P39428 A830010M20Rik-207ENSMUST00000162298 1408 ntTSL 5 BASIC26,35■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,35■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,34■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26,34■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26,34■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC26,34■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC26,34■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,34■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,34■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Srsf2-206ENSMUST00000190993 1326 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26,34■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,33■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC26,33■■□□□ 1,81
Traf1P39428 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC26,32■■□□□ 1,8
Traf1P39428 Ybx3-202ENSMUST00000087865 1684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,32■■□□□ 1,8
Traf1P39428 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC26,32■■□□□ 1,8
Traf1P39428 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC26,31■■□□□ 1,8
Traf1P39428 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC26,31■■□□□ 1,8
Traf1P39428 Dusp22-201ENSMUST00000091672 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,31■■□□□ 1,8
Traf1P39428 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC26,29■■□□□ 1,8
Traf1P39428 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26,29■■□□□ 1,8
Traf1P39428 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC26,28■■□□□ 1,8
Traf1P39428 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC26,28■■□□□ 1,8
Traf1P39428 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,27■■□□□ 1,8
Traf1P39428 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26,27■■□□□ 1,8
Traf1P39428 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26,27■■□□□ 1,8
Traf1P39428 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC26,27■■□□□ 1,8
Traf1P39428 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,26■■□□□ 1,79
Traf1P39428 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC26,26■■□□□ 1,79
Traf1P39428 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,25■■□□□ 1,79
Traf1P39428 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC26,25■■□□□ 1,79
Traf1P39428 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC26,24■■□□□ 1,79
Traf1P39428 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,24■■□□□ 1,79
Traf1P39428 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26,24■■□□□ 1,79
Traf1P39428 Psmb8-201ENSMUST00000025196 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,24■■□□□ 1,79
Traf1P39428 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26,24■■□□□ 1,79
Traf1P39428 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC26,23■■□□□ 1,79
Traf1P39428 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC26,23■■□□□ 1,79
Traf1P39428 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,23■■□□□ 1,79
Traf1P39428 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,22■■□□□ 1,79
Traf1P39428 Gm39157-201ENSMUST00000212322 1180 ntTSL 5 BASIC26,22■■□□□ 1,79
Traf1P39428 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC26,22■■□□□ 1,79
Traf1P39428 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC26,22■■□□□ 1,79
Traf1P39428 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,2■■□□□ 1,79
Traf1P39428 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26,2■■□□□ 1,79
Traf1P39428 Slc35a2-211ENSMUST00000208640 486 ntTSL 5 BASIC26,2■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Rpl35-201ENSMUST00000080861 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,2■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Hecw2-202ENSMUST00000097741 1132 ntTSL 1 (best) BASIC26,2■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26,2■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Ube2k-203ENSMUST00000201266 1449 ntTSL 5 BASIC26,2■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Ethe1-201ENSMUST00000077191 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,19■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC26,19■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Gm44428-201ENSMUST00000204474 874 ntBASIC26,19■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26,19■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26,19■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,19■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,19■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC26,19■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26,18■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26,18■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,18■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,17■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC26,17■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Cadm1-206ENSMUST00000143026 1643 ntTSL 5 BASIC26,17■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,16■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC26,15■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC26,14■■□□□ 1,78
Traf1P39428 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC26,14■■□□□ 1,78
Traf1P39428 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,14■■□□□ 1,77
Traf1P39428 Trnau1ap-203ENSMUST00000105962 961 ntTSL 5 BASIC26,13■■□□□ 1,77
Traf1P39428 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26,13■■□□□ 1,77
Traf1P39428 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC26,13■■□□□ 1,77
Traf1P39428 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26,13■■□□□ 1,77
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23 ms