Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Gm38027-201ENSMUST00000192315 235 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Stx3-208ENSMUST00000211641 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Pbk-201ENSMUST00000022612 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Zbed5-201ENSMUST00000041466 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Grcc10-201ENSMUST00000004389 863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Olfr464-201ENSMUST00000074874 1084 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Svip-201ENSMUST00000098414 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Grm4-201ENSMUST00000118161 4537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Magi1-201ENSMUST00000055224 7007 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 E530011L22Rik-201ENSMUST00000181325 5282 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Galnt18-202ENSMUST00000106663 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Prmt6-203ENSMUST00000190378 3051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Fbxo34-201ENSMUST00000043112 2937 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Hsd17b12-201ENSMUST00000028619 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Zhx1-201ENSMUST00000070143 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Zkscan17-202ENSMUST00000101150 3771 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Naa50-203ENSMUST00000159514 3756 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 9530082P21Rik-202ENSMUST00000181291 1798 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Tnip2-203ENSMUST00000114359 1642 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 AC154855.1-201ENSMUST00000227353 1458 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Hhat-201ENSMUST00000044190 2839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Trim25-202ENSMUST00000100627 1433 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Lmo4-202ENSMUST00000121112 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Prr23a3-201ENSMUST00000167951 1817 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Rbfox2-206ENSMUST00000227314 1810 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Keap1-201ENSMUST00000049567 3172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Kat2a-201ENSMUST00000006973 3043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Polr2f-201ENSMUST00000040077 543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 2310039H08Rik-201ENSMUST00000071430 773 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Gm8994-201ENSMUST00000077886 1236 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Anks1b-219ENSMUST00000182600 1697 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Lcmt2-201ENSMUST00000099486 2047 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Col28a1Q2UY11 Ubqln4-201ENSMUST00000008748 3330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Arntl2-204ENSMUST00000111639 2923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Nes-203ENSMUST00000160694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Rassf3-201ENSMUST00000026902 3522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Ppp1r1b-204ENSMUST00000137634 1343 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Arrdc1-202ENSMUST00000102935 1574 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Dcaf17-201ENSMUST00000064141 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Agbl4-205ENSMUST00000106591 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Ap1g1-202ENSMUST00000093157 6899 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Nprl3-201ENSMUST00000020530 2865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Lce1j-201ENSMUST00000107304 420 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 AA467197-202ENSMUST00000110512 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gm14859-201ENSMUST00000117752 357 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gm9103-201ENSMUST00000119371 405 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Asnsd1-202ENSMUST00000123519 983 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gm18101-201ENSMUST00000215769 548 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 AL731706.1-201ENSMUST00000227806 944 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Ccdc88b-201ENSMUST00000113440 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gm42901-201ENSMUST00000197735 3171 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Ddc-202ENSMUST00000109659 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Bmp8b-201ENSMUST00000002457 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Nup98-205ENSMUST00000211022 3132 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Actn3-201ENSMUST00000006626 2880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Plac9a-201ENSMUST00000052286 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Trim62-201ENSMUST00000035667 3752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Zbtb25-201ENSMUST00000167011 1681 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Col13a1-205ENSMUST00000105454 3162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Lmnb1-201ENSMUST00000025486 2843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Ppp4r3a-202ENSMUST00000163095 4083 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Cops6-201ENSMUST00000019638 1787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 N6amt1-201ENSMUST00000054442 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Vcan-201ENSMUST00000109543 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Mzt2-202ENSMUST00000117136 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Psmd13-209ENSMUST00000164681 726 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gm22697-201ENSMUST00000175194 63 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Ank2-226ENSMUST00000189368 339 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Stard3nl-208ENSMUST00000200323 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Piga-208ENSMUST00000208697 947 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Cnih3-204ENSMUST00000209607 564 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 AC124601.2-201ENSMUST00000222888 759 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Prss40-201ENSMUST00000047840 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Acvrl1-203ENSMUST00000119063 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Pde4d-207ENSMUST00000120664 4207 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Chd4-202ENSMUST00000112390 6537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Nipal3-201ENSMUST00000102549 5153 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Celf3-204ENSMUST00000197558 2414 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Tox3-201ENSMUST00000109621 3356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Hacd3-201ENSMUST00000036615 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Ccdc154-202ENSMUST00000182292 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Pitpna-203ENSMUST00000143219 3761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Cry1-201ENSMUST00000020227 3026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Tnxb-202ENSMUST00000168533 9381 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Pgm2l1-202ENSMUST00000084935 8834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Cadps2-204ENSMUST00000115356 3533 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Pde3b-201ENSMUST00000032909 6573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Tmem47-203ENSMUST00000171953 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Grid2-201ENSMUST00000095852 5860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Foxl2-201ENSMUST00000051312 3256 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Cfap97-202ENSMUST00000110376 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Des-201ENSMUST00000027409 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Hist1h2bf-201ENSMUST00000105106 461 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Nmnat3-203ENSMUST00000112938 848 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gm44924-201ENSMUST00000138087 421 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gm12781-201ENSMUST00000146269 395 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 4930544I03Rik-201ENSMUST00000181184 1276 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Gm5091-201ENSMUST00000181658 1179 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Stk11-210ENSMUST00000213772 1239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Col28a1Q2UY11 Krt88-201ENSMUST00000023781 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 64.5 ms