Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 Ppp4c-201ENSMUST00000032936 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 Eva1b-202ENSMUST00000106150 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 Fam92a-202ENSMUST00000108285 1639 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Ccdc39Q9D5Y1 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Panx2-202ENSMUST00000161372 2314 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 AC125444.1-201ENSMUST00000223536 639 ntAPPRIS P1 BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC27.19■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Gm28529-202ENSMUST00000189675 670 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Dctpp1-201ENSMUST00000035276 676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Nog-201ENSMUST00000061728 1695 ntAPPRIS P1 BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Ube2h-201ENSMUST00000094543 975 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Rragc-201ENSMUST00000030399 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
Ccdc39Q9D5Y1 Gm9910-201ENSMUST00000195385 1550 ntBASIC27.14■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Gm16049-201ENSMUST00000155166 616 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Tceal6-201ENSMUST00000033783 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Prrx2-201ENSMUST00000041659 1441 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Eif4e2-204ENSMUST00000113231 1119 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Mpped1-208ENSMUST00000163723 1064 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Eid1-201ENSMUST00000164756 1691 ntAPPRIS P1 BASIC27.11■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Gpr27-201ENSMUST00000101122 2388 ntAPPRIS P1 BASIC27.09■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC27.09■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Ybx3-202ENSMUST00000087865 1684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Ccdc39Q9D5Y1 Psmg1-201ENSMUST00000023630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Vamp4-206ENSMUST00000150040 901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Maz-204ENSMUST00000206254 2282 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Rnaseh2c-201ENSMUST00000025864 1126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 AC153911.1-201ENSMUST00000220378 758 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Gpr25-201ENSMUST00000086395 1077 ntAPPRIS P1 BASIC27.04■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Ankrd49-205ENSMUST00000216037 1037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Gm8098-201ENSMUST00000146985 1499 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Mlf2-202ENSMUST00000180095 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Klhl15-202ENSMUST00000113908 1235 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Gli3-204ENSMUST00000141194 466 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Hacd1-202ENSMUST00000091429 871 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Runx2os1-201ENSMUST00000097320 792 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Kctd6-201ENSMUST00000022272 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
Ccdc39Q9D5Y1 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Ccdc39Q9D5Y1 Id3-201ENSMUST00000008016 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Ccdc39Q9D5Y1 Terc-201ENSMUST00000082862 423 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
Ccdc39Q9D5Y1 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc39Q9D5Y1 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc39Q9D5Y1 A830010M20Rik-207ENSMUST00000162298 1408 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
Ccdc39Q9D5Y1 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Ccdc39Q9D5Y1 Rps2-ps13-201ENSMUST00000117295 882 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
Ccdc39Q9D5Y1 Gm12366-201ENSMUST00000121722 873 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 60.3 ms