Protein–RNA interactions for Protein: Q9D0R4

Ddx56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 546 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx56Q9D0R4 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 Nek6-202ENSMUST00000112895 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 Egr4-201ENSMUST00000095759 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 Ccnyl1-203ENSMUST00000187170 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 Mxra7-201ENSMUST00000021170 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 Spsb3-205ENSMUST00000120943 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 B4galt2-201ENSMUST00000030266 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Ddx56Q9D0R4 Tceal3-202ENSMUST00000113100 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 Fam126a-206ENSMUST00000197617 2288 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 Smox-201ENSMUST00000028806 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 Gm11613-201ENSMUST00000134427 1971 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Ddx56Q9D0R4 Prr5-201ENSMUST00000065499 1830 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Hoxc8-201ENSMUST00000001703 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Stradb-202ENSMUST00000114296 1348 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Map2k7-201ENSMUST00000003027 1626 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Fus-204ENSMUST00000121616 1102 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Gm4799-201ENSMUST00000095396 657 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
Ddx56Q9D0R4 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Gm26917-201ENSMUST00000182520 869 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 A330041J22Rik-201ENSMUST00000150367 1825 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 E130309D02Rik-201ENSMUST00000046418 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 A930035D04Rik-201ENSMUST00000064013 543 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Ybx3-202ENSMUST00000087865 1684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Kdf1-202ENSMUST00000105901 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
Ddx56Q9D0R4 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ddx56Q9D0R4 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ddx56Q9D0R4 Ppp4c-201ENSMUST00000032936 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ddx56Q9D0R4 Krtap17-1-201ENSMUST00000105049 761 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ddx56Q9D0R4 D16Ertd472e-201ENSMUST00000114218 1271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ddx56Q9D0R4 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ddx56Q9D0R4 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ddx56Q9D0R4 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ddx56Q9D0R4 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
Ddx56Q9D0R4 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Ddx56Q9D0R4 Tsen34-201ENSMUST00000038521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
Ddx56Q9D0R4 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Ddx56Q9D0R4 Izumo4-205ENSMUST00000218184 1196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
Ddx56Q9D0R4 Foxa2-202ENSMUST00000109964 2070 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.1 ms