Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Pdgfa-204ENSMUST00000110897 1287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
Col6a1Q04857 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
Col6a1Q04857 Gm5522-201ENSMUST00000189483 1242 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
Col6a1Q04857 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Wbp1-208ENSMUST00000151393 837 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Txndc9-207ENSMUST00000195032 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Dyrk1a-202ENSMUST00000119878 5759 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Rin3-207ENSMUST00000150795 937 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Unc119-201ENSMUST00000002127 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 2410017I17Rik-201ENSMUST00000056774 1509 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 AC164424.2-201ENSMUST00000223281 725 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Map2k7-201ENSMUST00000003027 1626 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
Col6a1Q04857 Srsf2-206ENSMUST00000190993 1326 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 H1fx-201ENSMUST00000056403 1217 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Chrna5-204ENSMUST00000217408 2446 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Dleu2-204ENSMUST00000182286 666 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Dleu2-213ENSMUST00000183245 637 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Hras-202ENSMUST00000097957 1199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Usf2-203ENSMUST00000162228 960 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Gm7544-201ENSMUST00000222426 828 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.66
Col6a1Q04857 Gm2415-202ENSMUST00000134688 401 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 AC093043.1-201ENSMUST00000226700 898 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 Phf2os1-201ENSMUST00000123212 498 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 Tmem42-201ENSMUST00000084733 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 Asph-201ENSMUST00000038564 1174 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 Asph-205ENSMUST00000098275 1007 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 Spryd7-202ENSMUST00000100496 1459 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 Qdpr-201ENSMUST00000015950 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 Mt2-201ENSMUST00000034214 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 Sin3b-202ENSMUST00000109950 1024 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 Ube2h-201ENSMUST00000094543 975 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 Gm12905-201ENSMUST00000153814 658 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 Hacd1-202ENSMUST00000091429 871 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Col6a1Q04857 Ppp4c-201ENSMUST00000032936 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Gm39157-201ENSMUST00000212322 1180 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Psmb8-201ENSMUST00000025196 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Gm13594-201ENSMUST00000137582 476 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Rps24-207ENSMUST00000224568 714 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Dexi-201ENSMUST00000038281 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Papola-211ENSMUST00000166735 1033 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Coprs-201ENSMUST00000033839 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Syce3-201ENSMUST00000109314 448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Gm7276-201ENSMUST00000097520 1252 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Gm10645-201ENSMUST00000098605 1090 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Eif5a-208ENSMUST00000108611 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Nog-201ENSMUST00000061728 1695 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Col6a1Q04857 Socs2-202ENSMUST00000119917 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 89 ms