Protein–RNA interactions for Protein: P11087

Col1a1, Collagen alpha-1(I) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,453 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col1a1P11087 Fam89b-203ENSMUST00000161368 1160 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Col1a1P11087 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Col1a1P11087 Qdpr-201ENSMUST00000015950 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
Col1a1P11087 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
Col1a1P11087 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
Col1a1P11087 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
Col1a1P11087 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Col1a1P11087 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
Col1a1P11087 Gm39157-201ENSMUST00000212322 1180 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Col1a1P11087 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Col1a1P11087 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
Col1a1P11087 Rnaset2b-201ENSMUST00000089119 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
Col1a1P11087 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Col1a1P11087 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC27.82■■■□□ 2.04
Col1a1P11087 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Col1a1P11087 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
Col1a1P11087 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
Col1a1P11087 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Col1a1P11087 Terc-201ENSMUST00000082862 423 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
Col1a1P11087 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
Col1a1P11087 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
Col1a1P11087 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Col1a1P11087 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
Col1a1P11087 Ube2j2-202ENSMUST00000103175 1309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Col1a1P11087 Gm13594-201ENSMUST00000137582 476 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Col1a1P11087 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
Col1a1P11087 Slc35a2-211ENSMUST00000208640 486 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
Col1a1P11087 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
Col1a1P11087 Gfra4-206ENSMUST00000110240 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
Col1a1P11087 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
Col1a1P11087 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Col1a1P11087 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
Col1a1P11087 Gm15546-201ENSMUST00000122095 826 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
Col1a1P11087 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Col1a1P11087 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Col1a1P11087 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Col1a1P11087 Gm7276-201ENSMUST00000097520 1252 ntAPPRIS P1 BASIC27.71■■■□□ 2.03
Col1a1P11087 Gm29735-201ENSMUST00000209599 660 ntAPPRIS P1 BASIC27.7■■■□□ 2.02
Col1a1P11087 H1fx-201ENSMUST00000056403 1217 ntAPPRIS P1 BASIC27.7■■■□□ 2.02
Col1a1P11087 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
Col1a1P11087 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Col1a1P11087 Gm5522-201ENSMUST00000189483 1242 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
Col1a1P11087 4930597O21Rik-201ENSMUST00000065878 984 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Col1a1P11087 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Col1a1P11087 Gm2415-202ENSMUST00000134688 401 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
Col1a1P11087 Tmem42-201ENSMUST00000084733 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Col1a1P11087 Fads2-201ENSMUST00000025567 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Col1a1P11087 Pdgfa-204ENSMUST00000110897 1287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
Col1a1P11087 A830010M20Rik-207ENSMUST00000162298 1408 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
Col1a1P11087 Becn1-216ENSMUST00000170502 725 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Casd1-204ENSMUST00000181734 1063 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Ankrd49-205ENSMUST00000216037 1037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Htatsf1-202ENSMUST00000114751 1128 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Lsm4-205ENSMUST00000210987 636 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 AC161180.1-201ENSMUST00000223439 933 ntAPPRIS P1 BASIC27.6■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Hras-202ENSMUST00000097957 1199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Dexi-201ENSMUST00000038281 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Eid1-201ENSMUST00000164756 1691 ntAPPRIS P1 BASIC27.6■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Ethe1-201ENSMUST00000077191 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Nudt3-203ENSMUST00000114886 996 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Gm7544-201ENSMUST00000222426 828 ntAPPRIS P1 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Tmem55b-206ENSMUST00000161166 1445 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Ube2k-203ENSMUST00000201266 1449 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col1a1P11087 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
Col1a1P11087 Eif5a-208ENSMUST00000108611 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Col1a1P11087 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Col1a1P11087 Coprs-201ENSMUST00000033839 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Col1a1P11087 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC27.57■■■□□ 2
Col1a1P11087 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Col1a1P11087 Spryd7-202ENSMUST00000100496 1459 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Col1a1P11087 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Col1a1P11087 Ybx3-201ENSMUST00000032309 1853 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Col1a1P11087 Snx21-203ENSMUST00000152471 1243 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Col1a1P11087 Gm44428-201ENSMUST00000204474 874 ntBASIC27.55■■■□□ 2
Col1a1P11087 Bri3-201ENSMUST00000056578 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Col1a1P11087 Pex10-201ENSMUST00000103180 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Col1a1P11087 Cadm1-206ENSMUST00000143026 1643 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
Col1a1P11087 Hnrnpul1-202ENSMUST00000108401 1240 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Col1a1P11087 AC102554.1-201ENSMUST00000216236 537 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
Col1a1P11087 AC164424.2-201ENSMUST00000223281 725 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
Col1a1P11087 Fam50b-202ENSMUST00000221037 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Col1a1P11087 AC166358.2-201ENSMUST00000223403 734 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
Col1a1P11087 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Col1a1P11087 Gm12905-201ENSMUST00000153814 658 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
Col1a1P11087 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Col1a1P11087 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
Col1a1P11087 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Col1a1P11087 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Col1a1P11087 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Col1a1P11087 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
Col1a1P11087 Sarnp-203ENSMUST00000219512 953 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
Col1a1P11087 St7-202ENSMUST00000052113 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.4 ms