Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
Col3a1P08121 Id3-201ENSMUST00000008016 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 1700020L24Rik-201ENSMUST00000037378 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 Gm27502-201ENSMUST00000183495 199 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 Hacd1-202ENSMUST00000091429 871 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 Wbp1-208ENSMUST00000151393 837 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 4930597O21Rik-201ENSMUST00000065878 984 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 D030046N08Rik-201ENSMUST00000162318 1570 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 Vamp4-206ENSMUST00000150040 901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 Dleu2-204ENSMUST00000182286 666 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 Dleu2-213ENSMUST00000183245 637 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 Ube2h-201ENSMUST00000094543 975 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
Col3a1P08121 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 Gm45713-201ENSMUST00000209467 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 Runx2os1-201ENSMUST00000097320 792 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 Psmb8-201ENSMUST00000025196 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 4933429H19Rik-202ENSMUST00000187361 995 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 Zfp703-201ENSMUST00000127097 587 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 Hscb-201ENSMUST00000056937 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 Dusp22-201ENSMUST00000091672 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 Pdlim4-201ENSMUST00000018755 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 Terc-201ENSMUST00000082862 423 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
Col3a1P08121 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
Col3a1P08121 A830010M20Rik-207ENSMUST00000162298 1408 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.08
Col3a1P08121 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Col3a1P08121 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Col3a1P08121 Crls1-201ENSMUST00000028835 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Col3a1P08121 Eid1-201ENSMUST00000164756 1691 ntAPPRIS P1 BASIC28.06■■■□□ 2.08
Col3a1P08121 Fads2-201ENSMUST00000025567 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
Col3a1P08121 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
Col3a1P08121 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Col3a1P08121 Fam92a-202ENSMUST00000108285 1639 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
Col3a1P08121 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Col3a1P08121 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Col3a1P08121 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Col3a1P08121 Gm7332-201ENSMUST00000118351 454 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
Col3a1P08121 Kctd6-201ENSMUST00000022272 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Col3a1P08121 Srsf2-206ENSMUST00000190993 1326 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Col3a1P08121 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Col3a1P08121 Qdpr-201ENSMUST00000015950 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Ankrd49-205ENSMUST00000216037 1037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Rnaset2a-201ENSMUST00000097420 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Gm43573-201ENSMUST00000196445 570 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC27.98■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Tirap-205ENSMUST00000176685 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Ipmk-202ENSMUST00000118381 1323 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Gm39157-201ENSMUST00000212322 1180 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC27.96■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Ybx3-202ENSMUST00000087865 1684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
Col3a1P08121 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
Col3a1P08121 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Col3a1P08121 Ethe1-201ENSMUST00000077191 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Col3a1P08121 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Col3a1P08121 Ube2j2-202ENSMUST00000103175 1309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Col3a1P08121 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Col3a1P08121 H2afy-202ENSMUST00000045788 1933 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Col3a1P08121 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
Col3a1P08121 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Col3a1P08121 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
Col3a1P08121 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Col3a1P08121 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Col3a1P08121 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Col3a1P08121 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
Col3a1P08121 Slc39a13-203ENSMUST00000111436 1291 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Col3a1P08121 Rpl35-201ENSMUST00000080861 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
Col3a1P08121 Ppp1ca-201ENSMUST00000046094 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.3 ms