Protein–RNA interactions for Protein: E9PWQ3

Col6a3, Collagen, type VI, alpha 3, mousemouse

Predictions only

Length 3,284 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a3E9PWQ3 H3f3a-207ENSMUST00000162814 724 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Gm42501-201ENSMUST00000200220 1026 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.47
Col6a3E9PWQ3 Fam50b-202ENSMUST00000221037 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
Col6a3E9PWQ3 Gm21956-201ENSMUST00000179946 522 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
Col6a3E9PWQ3 Gm7276-201ENSMUST00000097520 1252 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
Col6a3E9PWQ3 Rps2-ps6-201ENSMUST00000095471 855 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
Col6a3E9PWQ3 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Col6a3E9PWQ3 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Col6a3E9PWQ3 A530095I07Rik-201ENSMUST00000070942 847 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col6a3E9PWQ3 Ube2j2-202ENSMUST00000103175 1309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col6a3E9PWQ3 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col6a3E9PWQ3 Ptms-201ENSMUST00000032216 1149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Col6a3E9PWQ3 Gm16599-201ENSMUST00000148082 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Col6a3E9PWQ3 Nsd1-203ENSMUST00000224156 1149 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
Col6a3E9PWQ3 Pdf-201ENSMUST00000055316 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Col6a3E9PWQ3 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col6a3E9PWQ3 Gm29257-201ENSMUST00000186115 639 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
Col6a3E9PWQ3 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col6a3E9PWQ3 Gm13241-201ENSMUST00000094493 780 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Dynll1-202ENSMUST00000112090 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Eif5a-213ENSMUST00000164359 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Etf1-202ENSMUST00000180351 108 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Srsf2-206ENSMUST00000190993 1326 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Barx1-201ENSMUST00000021813 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 C1qtnf4-201ENSMUST00000111466 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Gm39157-201ENSMUST00000212322 1180 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Fndc4-201ENSMUST00000041266 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 AC161180.1-201ENSMUST00000223439 933 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Epdr1-204ENSMUST00000221014 692 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
Col6a3E9PWQ3 Wbp1-208ENSMUST00000151393 837 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
Col6a3E9PWQ3 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Col6a3E9PWQ3 Ech1-201ENSMUST00000066264 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Col6a3E9PWQ3 Tusc3-202ENSMUST00000169034 1262 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
Col6a3E9PWQ3 Spcs1-207ENSMUST00000228767 1008 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
Col6a3E9PWQ3 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Col6a3E9PWQ3 Gm9767-201ENSMUST00000041011 1193 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Col6a3E9PWQ3 Runx2os1-201ENSMUST00000097320 792 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Col6a3E9PWQ3 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Col6a3E9PWQ3 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Col6a3E9PWQ3 Zfand2b-204ENSMUST00000160439 1206 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Col6a3E9PWQ3 Naxd-202ENSMUST00000177955 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Col6a3E9PWQ3 Tsen34-202ENSMUST00000108627 1319 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Col6a3E9PWQ3 Gm13620-201ENSMUST00000131198 511 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Col6a3E9PWQ3 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Col6a3E9PWQ3 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Col6a3E9PWQ3 Nt5m-201ENSMUST00000102695 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Emc10-201ENSMUST00000118515 1662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Rasl10b-201ENSMUST00000021022 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Gm43034-201ENSMUST00000198678 1364 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Hrh3-205ENSMUST00000165762 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Ube2k-203ENSMUST00000201266 1449 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Dbp-203ENSMUST00000211357 1252 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Gm20421-201ENSMUST00000153344 672 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Gm18755-201ENSMUST00000218030 1099 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Sec61a2-201ENSMUST00000026926 756 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Rps2-201ENSMUST00000054289 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Ypel1-202ENSMUST00000090199 631 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Acbd6-203ENSMUST00000097529 1255 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Cckbr-202ENSMUST00000181339 1326 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Col6a3E9PWQ3 6430548M08Rik-202ENSMUST00000108948 1762 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Jdp2-201ENSMUST00000050687 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Bex1-201ENSMUST00000058125 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Fabp3-201ENSMUST00000070532 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Foxe3-201ENSMUST00000050940 867 ntAPPRIS P1 BASIC24■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Anp32e-210ENSMUST00000171368 878 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Gm28417-202ENSMUST00000185881 538 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC24■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Gm2415-203ENSMUST00000149952 435 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Qdpr-201ENSMUST00000015950 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Sox8-202ENSMUST00000173447 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Rexo2-208ENSMUST00000216470 454 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Ostc-201ENSMUST00000043937 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Gm11837-201ENSMUST00000136992 876 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Tmem59-201ENSMUST00000030361 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
Col6a3E9PWQ3 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Col6a3E9PWQ3 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.7 ms