RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000491592.1

RTN4-215, Transcript of reticulon 4, human

TSL 2

Gene RTN4, Length 860 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RTN4-215	ENST00000491592	HECTD2	Q5U5R9	776 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	RRAGB	Q5VZM2	374 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	ANO7	Q6IWH7	933 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	LRIG3	Q6UXM1	1119 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592		Q6ZPA2	131 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	DGLUCY	Q7Z3D6	616 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	KCTD20	Q7Z5Y7	419 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	ADGRF2	Q8IZF7	708 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	SPART	Q8N0X7	666 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	SIX6OS1	Q8N1H7	587 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	FRMD1	Q8N878	549 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	SYT2	Q8N9I0	419 aa	Predicted RBP	4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	KBTBD3	Q8NAB2	608 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	GLIS1	Q8NBF1	620 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	TRIM58	Q8NG06	486 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	URGCP	Q8TCY9	931 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	MIPOL1	Q8TD10	442 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	CSGALNACT1	Q8TDX6	532 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	ZNF384	Q8TF68	577 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	KCNE4	Q8WWG9	221 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	SLC13A3	Q8WWT9	602 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	RAB7B	Q96AH8	199 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	FKBP10	Q96AY3	582 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	C19orf60	Q96EN9	201 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	C11orf24	Q96F05	449 aa	Predicted RBP	4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	LRRC46	Q96FV0	321 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	FBXL20	Q96IG2	436 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	SNX27	Q96L92	541 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	FER1L6-AS2	Q96M78	137 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	PLIN2	Q99541	437 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	FUZ	Q9BT04	418 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	SLC5A7	Q9GZV3	580 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	CARD9	Q9H257	536 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	RIBC2	Q9H4K1	309 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	HAUS4	Q9H6D7	363 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	CHODL	Q9H9P2	273 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	GPR108	Q9NPR9	543 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	HEYL	Q9NQ87	328 aa	Predicted RBP	4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	IARS2	Q9NSE4	1012 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	TBC1D23	Q9NUY8	699 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	FETUB	Q9UGM5	382 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	CNOT7	Q9UIV1	285 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	RIMKLB	Q9ULI2	386 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	CORO1C	Q9ULV4	474 aa	Predicted RBP	4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	ASB3	Q9Y575	518 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	ZNF609	O15014	1411 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	USP54	Q70EL1	1684 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592		A0A087WWV3	80 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592		A0A087WZ62	844 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	EME2	A4GXA9	379 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	ACOD1	A6NK06	481 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	GLOD5	A6NK44	160 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	AQP7P3	A6NL99	342 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	LRRIQ3	A6PVS8	624 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	MYO1G	B0I1T2	1018 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	NDUFS8	O00217	210 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	CASC3	O15234	703 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	MAPK13	O15264	365 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	CA12	O43570	354 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	TLR2	O60603	784 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	ALPP	P05187	535 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	INHBA	P08476	426 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	SPARC	P09486	303 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	SUPT20HL2	P0C7V6	817 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	ALPPL2	P10696	532 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	ZNF3	P17036	446 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	TPH1	P17752	444 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	EIF2S2	P20042	333 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	GPT	P24298	496 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	DNAJB1	P25685	340 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	ADORA2A	P29274	412 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	EPHA8	P29322	1005 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	PBX1	P40424	430 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	ARL1	P40616	181 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	RABIF	P47224	123 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	HARS2	P49590	506 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	PNLIPRP1	P54315	467 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	HADHB	P55084	474 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	PPAT	Q06203	517 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	KRTAP1-1	Q07627	177 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	GPS1	Q13098	491 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	CHIT1	Q13231	466 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	PNOC	Q13519	176 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	CBFB	Q13951	182 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	DOC2A	Q14183	400 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	EFTUD2	Q15029	972 aa	Known RBP eCLIP	4.8	□□□□□ -1.64	1e-13	■■□□□ 13.7
RTN4-215	ENST00000491592	TBCC	Q15814	346 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	TRIM71	Q2Q1W2	868 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	CERCAM	Q5T4B2	595 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	PAPD7	Q5XG87	772 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	KIAA0895L	Q68EN5	471 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	PAPD4	Q6PIY7	484 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	USP17L6P	Q6QN14	398 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	SHC4	Q6S5L8	630 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	CCNI2	Q6ZMN8	369 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	STOX1	Q6ZVD7	989 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	TAS2R42	Q7RTR8	314 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	TRAPPC11	Q7Z392	1133 aa		4.8	□□□□□ -1.64
RTN4-215	ENST00000491592	SLC35F6	Q8N357	371 aa		4.8	□□□□□ -1.64

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