RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000617451.4

PTPRF-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene PTPRF, Length 1,129 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-216ENST00000617451 SLC39A8Q9C0K1 460 aa25.08■■□□□ 1.61
PTPRF-216ENST00000617451 STRADBQ9C0K7 418 aa25.08■■□□□ 1.61
PTPRF-216ENST00000617451 UGT1A5P35504 534 aa25.07■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 PAPOLAP51003 745 aaKnown RBP25.07■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 INHBCP55103 352 aa25.07■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 UBXN1Q04323 297 aa25.07■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 ZSCAN23Q3MJ62 389 aa25.07■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 SRLQ86TD4 932 aa25.07■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 TSEN2Q8NCE0 465 aaKnown RBP25.07■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 ERGIC2Q96RQ1 377 aa25.07■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 CCNL2Q96S94 520 aaPredicted RBP25.07■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 LRRN3Q9H3W5 708 aa25.07■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 ATP13A3Q9H7F0 1226 aa25.07■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 GPATCH2LQ9NWQ4 482 aa25.07■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 EIF2AK3Q9NZJ5 1116 aaKnown RBP25.07■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 ARHGAP42A6NI28 874 aa25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 LRRC10BA6NIK2 292 aa25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 DESP17661 470 aa25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 SERPINA4P29622 427 aa25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 SLC5A2P31639 672 aa25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 CCKBRP32239 447 aa25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 KIAA1024LP59773 190 aa25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 RALGDSQ12967 914 aa25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 OGFOD3Q6PK18 319 aa25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 RBM43Q6ZSC3 357 aaKnown RBP25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 ANKRD20A12PQ8NF67 263 aa25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 OR1E3Q8WZA6 343 aa25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 FUBP1Q96AE4 644 aaKnown RBP25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 ECHDC3Q96DC8 303 aa25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 MED8Q96G25 268 aa25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 TMEM74Q96NL1 305 aa25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 LMBRD1Q9NUN5 540 aa25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 APPL1Q9UKG1 709 aa25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 ATXN7L1Q9ULK2 861 aaPredicted RBP25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 AP4E1Q9UPM8 1137 aa25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 UNC13CQ8NB66 2214 aa25.06■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 TMEM202A6NGA9 273 aa25.05■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 EIF3CLB5ME19 914 aaKnown RBP25.05■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 EFSO43281 561 aa25.05■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 PALMO75781 387 aa25.05■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 RECQL5O94762 991 aaPredicted RBP25.05■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 CA9Q16790 459 aa25.05■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 AFMIDQ63HM1 303 aa25.05■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 OR56A4Q8NGH8 313 aa25.05■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 EIF3CQ99613 913 aaKnown RBP25.05■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 DHX35Q9H5Z1 703 aaKnown RBP25.05■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 FGF22Q9HCT0 170 aa25.05■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 ACSL6Q9UKU0 697 aa25.05■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 B8ZZF3 427 aa25.04■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 CACNB4O00305 520 aaPredicted RBP25.04■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 EEF2KO00418 725 aaKnown RBP25.04■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 HOXC4P09017 264 aaPredicted RBP25.04■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 GLB1P16278 677 aa25.04■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 NSUN2Q08J23 767 aaKnown RBP eCLIP25.04■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 MAMLD1Q13495 774 aa25.04■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 CERCAMQ5T4B2 595 aa25.04■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 LIPIQ6XZB0 460 aa25.04■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 CCNJLQ8IV13 435 aa25.04■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 ARHGAP12Q8IWW6 846 aa25.04■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 TAS2R14Q9NYV8 317 aa25.04■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 BOD1L1Q8NFC6 3051 aa25.04■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 TNFRSF10CO14798 259 aa25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 NOBOXO60393 691 aa25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 CCDC172P0C7W6 258 aa25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 HGFP14210 728 aa25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 PNLIPP16233 465 aa25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 FERP16591 822 aa25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 GM2AP17900 193 aa25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 TRIM23P36406 574 aa25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 BCL2L1Q07817 233 aa25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 ERMARDQ5T6L9 678 aa25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 CLEC17AQ6ZS10 378 aa25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 APTXQ7Z2E3 356 aaKnown RBP25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 TAF8Q7Z7C8 310 aa25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 JAMLQ86YT9 394 aa25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 ARFGAP1Q8N6T3 406 aa25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 Q8N9G6 341 aaPredicted RBP25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 FAM46DQ8NEK8 389 aa25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 SYT11Q9BT88 431 aa25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 CINPQ9BW66 212 aaPredicted RBP25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 MRPL40Q9NQ50 206 aaKnown RBP25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 PARVAQ9NVD7 372 aa25.03■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 ANKRD36A6QL64 1941 aa25.02■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 ELFN1P0C7U0 828 aa25.02■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 KELP23276 732 aa25.02■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 PSMA2P25787 234 aa25.02■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 POLR2LP62875 67 aaKnown RBP25.02■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 MYL5Q02045 173 aa25.02■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 ZFP36L1Q07352 338 aaKnown RBP25.02■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 RFTN1Q14699 578 aaPredicted RBP25.02■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 RFX8Q6ZV50 586 aa25.02■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 DPPA4Q7L190 304 aa25.02■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 IRF2BP2Q7Z5L9 587 aa25.02■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 SFTPA2Q8IWL1 248 aa25.02■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 PEBP4Q96S96 227 aa25.02■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 SNRNP25Q9BV90 132 aaKnown RBP25.02■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 TMEM168Q9H0V1 697 aa25.02■■□□□ 1.6
PTPRF-216ENST00000617451 TRAFD1O14545 582 aaPredicted RBP25.01■■□□□ 1.59
PTPRF-216ENST00000617451 NVLO15381 856 aaKnown RBP25.01■■□□□ 1.59
PTPRF-216ENST00000617451 DAPK3O43293 454 aa25.01■■□□□ 1.59
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