RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000550857.5

PTPRB-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-209ENST00000550857 IFIT1P09914 478 aaKnown RBP9.8□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 RXRBP28702 533 aa9.8□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 SYAP1Q96A49 352 aaPredicted RBP9.8□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 TRIM21P19474 475 aaKnown RBP9.8□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 CCT4P50991 539 aaKnown RBP9.8□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 AIMP1Q12904 312 aaKnown RBP9.8□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 DDX46Q7L014 1031 aaKnown RBP9.79□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 AKAP2Q9Y2D5 859 aa9.79□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 SAMD9Q5K651 1589 aa9.79□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 BRD4O60885 1362 aaPredicted RBP9.79□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 CPLX1O14810 134 aa9.79□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 SULT6B1Q6IMI4 303 aa9.79□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 SUPT20HQ8NEM7 779 aa9.79□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP9.79□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 LARP1Q6PKG0 1096 aaKnown RBP9.79□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 TAOK2Q9UL54 1235 aa9.79□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 BTBD11A6QL63 1104 aa9.78□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 C14orf93Q9H972 538 aaKnown RBP9.78□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 CEP126Q9P2H0 1117 aa9.78□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 HOOK1Q9UJC3 728 aaKnown RBP9.78□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 ST18O60284 1047 aa9.78□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 REC8O95072 547 aa9.78□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 ZCRB1Q8TBF4 217 aaKnown RBP9.78□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 NEUROD6Q96NK8 337 aa9.78□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 BCL2L13Q9BXK5 485 aa9.78□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 IL2RBP14784 551 aa9.78□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 SPTY2D1Q68D10 685 aaPredicted RBP9.78□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 SOGA3Q5TF21 947 aa9.78□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 RGS3P49796 1198 aa9.77□□□□□ -0.84
PTPRB-209ENST00000550857 CEP170Q5SW79 1584 aa9.77□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 CCDC87Q9NVE4 849 aa9.77□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 TFCP2L1Q9NZI6 479 aa9.77□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 USP21Q9UK80 565 aa9.77□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 CLEC11AQ9Y240 323 aa9.77□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 RTCBQ9Y3I0 505 aaKnown RBP9.77□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 XPCQ01831 940 aaPredicted RBP9.77□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 SF3A1Q15459 793 aaKnown RBP9.77□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 FAM184AQ8NB25 1140 aa9.77□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 PDZRN3Q9UPQ7 1066 aa9.77□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 NAIPQ13075 1403 aa9.76□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 MPHOSPH10O00566 681 aaKnown RBP9.76□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 PRKAR2BP31323 418 aa9.76□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 ZSCAN29Q8IWY8 852 aaPredicted RBP9.76□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 SRCIN1Q9C0H9 1055 aa9.76□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 DISP1Q96F81 1524 aa9.76□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 PTMAP06454 111 aaKnown RBP9.76□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 SLAIN2Q9P270 581 aa9.76□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 NFXL1Q6ZNB6 911 aa9.76□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 HMOX1P09601 288 aa9.76□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 TTC39AQ5SRH9 613 aa9.76□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 OGFOD1Q8N543 542 aa9.76□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 EHMT1Q9H9B1 1298 aa9.76□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 PPIP5K1Q6PFW1 1433 aa9.76□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 FAM177BA6PVY3 158 aa9.75□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 ABCC11Q96J66 1382 aa9.75□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 ZGPATQ8N5A5 531 aaKnown RBP9.75□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP9.75□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 CCDC146Q8IYE0 955 aa9.75□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 ABCC5O15440 1437 aa9.75□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 DNAJC2Q99543 621 aaKnown RBP9.74□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 ANKRD20A12PQ8NF67 263 aa9.74□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 SIRT1Q96EB6 747 aa9.74□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 TNIP1Q15025 636 aa9.74□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 ZNF622Q969S3 477 aaKnown RBP eCLIP9.74□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 HYPKQ9NX55 129 aa9.74□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 GSTO1P78417 241 aa9.74□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 ANKRD24Q8TF21 1146 aa9.74□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 MPRIPQ6WCQ1 1025 aa9.74□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 DZIP1LQ8IYY4 767 aaKnown RBP9.74□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 SETDB2Q96T68 719 aa9.74□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 TNNI2P48788 182 aa9.73□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 ELL2O00472 640 aaPredicted RBP9.73□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 TPTE2Q6XPS3 522 aa9.73□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 DHX37Q8IY37 1157 aaKnown RBP9.73□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 PRM3Q9NNZ6 103 aa9.73□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 PIK3R4Q99570 1358 aa9.73□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 TAF7Q15545 349 aaPredicted RBP9.73□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 NBPF6Q5VWK0 638 aa9.73□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 FAM196AQ6ZSG2 479 aa9.73□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 NBPF5PQ86XG9 351 aaPredicted RBP9.73□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 NBPF4Q96M43 638 aa9.73□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 SHANK2Q9UPX8 1470 aa9.73□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 H3BQV1 296 aa9.73□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 IFFO2Q5TF58 517 aa9.73□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 CRACR2BQ8N4Y2 399 aaPredicted RBP9.73□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 MAPKBP1O60336 1514 aa9.72□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 PLIN1O60240 522 aa9.72□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 PSMA5P28066 241 aa9.72□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 BICDL1Q6ZP65 573 aa9.72□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 ANKIB1Q9P2G1 1089 aa9.72□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 CTNNA3Q9UI47 895 aa9.72□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 NLRP1Q9C000 1473 aa9.72□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 DPY19L2Q6NUT2 758 aa9.72□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 TMEM87AQ8NBN3 555 aa9.72□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 SLC5A1P13866 664 aa9.72□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 NFE2L2Q16236 605 aa9.72□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 CABP5Q9NP86 173 aa9.72□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 EIF6P56537 245 aaKnown RBP9.72□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 GPR162Q16538 588 aa9.72□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 NLRP3Q96P20 1036 aa9.72□□□□□ -0.85
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 18 ms