RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000249440.4

HOXD3-201, Transcript of homeobox D3, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene HOXD3, Length 2,303 nt, Biotype protein coding.

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3-201ENST00000249440 SLKQ9H2G2 1235 aaPredicted RBP20.72■□□□□ 0.91
HOXD3-201ENST00000249440 NME9Q86XW9 330 aa20.71■□□□□ 0.91
HOXD3-201ENST00000249440 ARHGAP45Q92619 1136 aa20.71■□□□□ 0.91
HOXD3-201ENST00000249440 TBC1D2Q9BYX2 928 aa20.71■□□□□ 0.91
HOXD3-201ENST00000249440 IFT57Q9NWB7 429 aa20.71■□□□□ 0.91
HOXD3-201ENST00000249440 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa20.71■□□□□ 0.91
HOXD3-201ENST00000249440 C22orf23Q9BZE7 217 aa20.71■□□□□ 0.91
HOXD3-201ENST00000249440 METP08581 1390 aa20.71■□□□□ 0.91
HOXD3-201ENST00000249440 VAMP4O75379 141 aa20.7■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 HDGFP51858 240 aaKnown RBP20.7■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 NUDT16Q96DE0 195 aaKnown RBP20.7■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 SIRT1Q96EB6 747 aa20.7■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 COG3Q96JB2 828 aa20.7■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 CCDC61Q9Y6R9 512 aa20.7■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 ANTXR1Q9H6X2 564 aa20.7■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 NUCB1Q02818 461 aa20.69■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 LMOD3Q0VAK6 560 aa20.69■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 TXNDC2Q86VQ3 553 aa20.69■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 KNDC1Q76NI1 1749 aa20.69■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 MON2Q7Z3U7 1717 aa20.69■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 MFAP1P55081 439 aaKnown RBP20.68■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 ZNF853P0CG23 659 aa20.67■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 MRPL50Q8N5N7 158 aaKnown RBP20.67■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 THUMPD2Q9BTF0 503 aaKnown RBP20.67■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 LTKP29376 864 aa20.67■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 DLG5Q8TDM6 1919 aa20.67■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 ZBTB7BO15156 539 aaPredicted RBP20.66■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 IL27Q8NEV9 243 aa20.66■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 ZNF692Q9BU19 519 aaPredicted RBP20.66■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 TECPR2O15040 1411 aa20.66■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 PTCH1Q13635 1447 aa20.66■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 PIK3R4Q99570 1358 aa20.66■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 AKAP12Q02952 1782 aa20.65■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 CHD1LQ86WJ1 897 aa20.65■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 CFAP44Q96MT7 982 aa20.65■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 MBIPQ9NS73 344 aa20.65■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 ZRANB1Q9UGI0 708 aa20.65■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 ITSN1Q15811 1721 aa20.65■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 TSPYL6Q8N831 410 aa20.65■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 GCC1Q96CN9 775 aa20.65■□□□□ 0.9
HOXD3-201ENST00000249440 CPS1P31327 1500 aa20.64■□□□□ 0.89
HOXD3-201ENST00000249440 LNPKQ9C0E8 428 aa20.64■□□□□ 0.89
HOXD3-201ENST00000249440 TWISTNBQ3B726 338 aaPredicted RBP20.63■□□□□ 0.89
HOXD3-201ENST00000249440 RRS1Q15050 365 aaKnown RBP20.62■□□□□ 0.89
HOXD3-201ENST00000249440 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa20.62■□□□□ 0.89
HOXD3-201ENST00000249440 ELL2O00472 640 aaPredicted RBP20.61■□□□□ 0.89
HOXD3-201ENST00000249440 TMEM2Q9UHN6 1383 aa20.61■□□□□ 0.89
HOXD3-201ENST00000249440 ABCC4O15439 1325 aa20.61■□□□□ 0.89
HOXD3-201ENST00000249440 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP20.6■□□□□ 0.89
HOXD3-201ENST00000249440 BMP2KLQ5H9B9 411 aa20.59■□□□□ 0.89
HOXD3-201ENST00000249440 API5Q9BZZ5 524 aaKnown RBP20.59■□□□□ 0.89
HOXD3-201ENST00000249440 ANKRD45Q5TZF3 282 aa20.59■□□□□ 0.89
HOXD3-201ENST00000249440 RBM25P49756 843 aaKnown RBP20.58■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 C8orf58Q8NAV2 365 aa20.58■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 BRPF3Q9ULD4 1205 aa20.57■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 FAM83GA6ND36 823 aa20.56■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 HSCBQ8IWL3 235 aa20.56■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 C1orf115Q9H7X2 142 aa20.56■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 PRR36Q9H6K5 1346 aa20.56■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 NRKQ7Z2Y5 1582 aa20.55■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 HAP1P54257 671 aaPredicted RBP20.55■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 SPRYD3Q8NCJ5 442 aa20.55■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 CHMP5Q9NZZ3 219 aa20.55■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP20.55■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 KIF24Q5T7B8 1368 aa20.54■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 SLC26A8Q96RN1 970 aa20.54■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 ROBO2Q9HCK4 1378 aa20.53■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 DCTN1Q14203 1278 aa20.53■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 SIRT2Q8IXJ6 389 aa20.53■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 TTC21BQ7Z4L5 1316 aa20.53■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 EIF4A2Q14240 407 aaKnown RBP20.53■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 SULT6B1Q6IMI4 303 aa20.52■□□□□ 0.88
HOXD3-201ENST00000249440 ARHGAP23Q9P227 1491 aa20.51■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 SNX21Q969T3 373 aa20.51■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 HSPA2P54652 639 aa20.5■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 RTN4Q9NQC3 1192 aaKnown RBP20.5■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 ACEP12821 1306 aa20.5■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP20.5■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 ADAMTS13Q76LX8 1427 aa20.5■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 SLIT1O75093 1534 aa20.5■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 PLEKHG3A1L390 1219 aa20.5■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 TOPAZ1Q8N9V7 1692 aa20.5■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 SIPA1L2Q9P2F8 1722 aaPredicted RBP20.49■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 MCM4P33991 863 aa20.49■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 AEBP1Q8IUX7 1158 aa20.49■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP20.49■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 OVOS2A0A0J9YW53 1432 aa20.49■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 OVOS2Q6IE36 1432 aa20.49■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 INTS3Q68E01 1043 aaKnown RBP20.48■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 CHL1O00533 1208 aa20.47■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 USP6P35125 1406 aa20.47■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 NCOA3Q9Y6Q9 1424 aa20.47■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 NALCNQ8IZF0 1738 aa20.47■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 KIAA0232Q92628 1395 aa20.46■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 PLEKHG1Q9ULL1 1385 aa20.46■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 EIF5BO60841 1220 aaKnown RBP20.45■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 L1TD1Q5T7N2 865 aaKnown RBP20.45■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 TBC1D9Q6ZT07 1266 aa20.45■□□□□ 0.87
HOXD3-201ENST00000249440 DCTPP1Q9H773 170 aa20.45■□□□□ 0.86
HOXD3-201ENST00000249440 HSP90AB2PQ58FF8 381 aa20.44■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 22 ms