RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565236.1

CLN3-215, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-215ENST00000565236 ING5Q8WYH8 240 aa24.38■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 POMGNT1Q8WZA1 660 aa24.38■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 ZNF396Q96N95 335 aaPredicted RBP24.38■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 PHOX2BQ99453 314 aa24.38■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 ASB7Q9H672 318 aa24.38■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 AVENQ9NQS1 362 aaPredicted RBP24.38■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 TFIP11Q9UBB9 837 aaKnown RBP24.38■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 INSL5Q9Y5Q6 135 aa24.38■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 NOTCH4Q99466 2003 aa24.38■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 PI15O43692 258 aa24.37■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 PAX3P23760 479 aa24.37■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 LILRA4P59901 499 aa24.37■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 ELMOD1Q8N336 334 aa24.37■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 PDILTQ8N807 584 aa24.37■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 LINC00301Q8NCQ3 95 aa24.37■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 ACCSQ96QU6 501 aa24.37■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 CORO1BQ9BR76 489 aa24.37■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 STRA6Q9BX79 667 aa24.37■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 SLC2A4RGQ9NR83 387 aa24.37■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 PCDHB13Q9Y5F0 798 aa24.37■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 A0A087X0B3 334 aa24.36■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 PPEF2O14830 753 aa24.36■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 SPTLC2O15270 562 aa24.36■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 PPP1R37O75864 691 aa24.36■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 GCNT3O95395 438 aa24.36■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 HSP90AA1P07900 732 aaKnown RBP24.36■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 NFICP08651 508 aa24.36■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 C9orf57Q5W0N0 161 aa24.36■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 IQCEQ6IPM2 695 aa24.36■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 RNF19BQ6ZMZ0 732 aa24.36■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 MCRS1Q96EZ8 462 aa24.36■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 ZNF512Q96ME7 567 aaPredicted RBP24.36■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 IKZF4Q9H2S9 585 aa24.36■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 FAM86C1Q9NVL1 165 aa24.36■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 GDE1Q9NZC3 331 aa24.36■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 OR6C75A6NL08 312 aa24.35■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 TYMPP19971 482 aa24.35■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 GPC5P78333 572 aa24.35■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 POU5F1Q01860 360 aaKnown RBP24.35■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 KCNA1Q09470 495 aa24.35■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 SLC5A9Q2M3M2 681 aa24.35■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 L1TD1Q5T7N2 865 aaKnown RBP24.35■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 CYP4A22Q5TCH4 519 aa24.35■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 OVOS1Q6IE37 1185 aa24.35■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 HSCBQ8IWL3 235 aa24.35■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 SYCP3Q8IZU3 236 aa24.35■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 SENP8Q96LD8 212 aa24.35■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 OLFML3Q9NRN5 406 aa24.35■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 PANK4Q9NVE7 773 aa24.35■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 C2CD2Q9Y426 696 aa24.35■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 PIRO00625 290 aa24.34■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 ZNF197O14709 1029 aa24.34■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 PPP6R2O75170 966 aa24.34■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 ODC1P11926 461 aa24.34■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 PDIA4P13667 645 aaKnown RBP24.34■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 ADSSP30520 456 aa24.34■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 TWF1Q12792 350 aa24.34■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 ALCAMQ13740 583 aa24.34■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 FOXD4L5Q5VV16 416 aaPredicted RBP24.34■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 PDZD4Q76G19 769 aaPredicted RBP24.34■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 FOXD4L4Q8WXT5 416 aaPredicted RBP24.34■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 KXD1Q9BQD3 176 aa24.34■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 TBC1D17Q9HA65 648 aa24.34■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 ARHGEF3Q9NR81 526 aa24.34■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 DPP3Q9NY33 737 aa24.34■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 ANO9A1A5B4 782 aa24.33■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 TULP1O00294 542 aaPredicted RBP24.33■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 OR4Q2P0C623 313 aa24.33■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 ARMCX5Q6P1M9 558 aa24.33■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 CRELD2Q6UXH1 353 aaPredicted RBP24.33■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 CCDC65Q8IXS2 484 aa24.33■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 PGLYRP2Q96PD5 576 aa24.33■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 LRRC27Q9C0I9 530 aa24.33■■□□□ 1.49
CLN3-215ENST00000565236 MYH15Q9Y2K3 1946 aa24.32■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 FRMD3A2A2Y4 597 aa24.32■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 SPTLC1O15269 473 aa24.32■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 IL18RAPO95256 599 aa24.32■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 CEBPBP17676 345 aa24.32■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 GPR17Q13304 367 aa24.32■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 PHLDB3Q6NSJ2 640 aa24.32■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 CCDC105Q8IYK2 499 aa24.32■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 TCEAL4Q96EI5 215 aa24.32■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 SHDQ96IW2 340 aa24.32■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 FAM213AQ9BRX8 229 aa24.32■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 CEP72Q9P209 647 aa24.32■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 MICAL2O94851 1124 aa24.31■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 YEATS4O95619 227 aa24.31■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 LDHAP00338 332 aaKnown RBP24.31■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 ANK1P16157 1881 aa24.31■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 CASP5P51878 434 aa24.31■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 DUSP4Q13115 394 aa24.31■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 MYBPC2Q14324 1141 aa24.31■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 PRSS36Q5K4E3 855 aa24.31■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 NT5DC4Q86YG4 428 aa24.31■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 DTWD2Q8NBA8 298 aa24.31■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 CUTAO60888 179 aa24.3■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 ECI2O75521 394 aa24.3■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 MYL4P12829 197 aa24.3■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 TAF6P49848 677 aa24.3■■□□□ 1.48
CLN3-215ENST00000565236 PFKPQ01813 784 aa24.3■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 21.6 ms