RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000498751.1

SYNE1-231, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 4

Gene SYNE1, Length 578 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-231	ENST00000498751	JMJD7-PLA2G4B	H0Y9G9	81 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	NCR3	O14931	201 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	ZNF73	O43830	326 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	SCGB1A1	P11684	91 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	SPRR1A	P35321	89 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	C21orf62-AS1	Q17RA5	79 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	DIRC1	Q969H9	104 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	ORMDL1	Q9P0S3	153 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	DNAH9	Q9NYC9	4486 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	NBDY	A0A0U1RRE5	68 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	LRCOL1	A6NCL2	159 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	CASC10	Q5T4H9	136 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	UNQ6493/PRO21345	Q6UXR8	122 aa	Predicted RBP	4.94	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	UBE2DNL	Q8IWF7	75 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	hADV29S1	A0JD25	119 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	C16orf90	A8MZG2	172 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	KRTAP4-16	G5E9R7	235 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	SIGMAR1	Q99720	223 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	DYNC2H1	Q8NCM8	4307 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	EPM2A	B3EWF7	344 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	PRY	O14603	147 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	COX7B	P24311	80 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	C9orf163	Q8N9P6	203 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	DNAH1	Q9P2D7	4330 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	IGLV1-50	A0A075B6I6	118 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	GAGE2E	Q4V326	116 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	SERTAD4-AS1	Q5TG53	156 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751		Q6Q795	121 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751		Q6ZR54	194 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	KRTAP7-1	Q8IUC3	87 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	GAGE2D	Q9UEU5	116 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SYNE1-231	ENST00000498751	NKAPP1	Q8N9T2	125 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	C7orf33	Q8WU49	177 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	STAB2	Q8WWQ8	2551 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	LOC110117498	A0A087WWA1	95 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	PSCA	O43653	123 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	PDE6G	P18545	87 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	IMUP	Q9GZP8	106 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	XG	P55808	180 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751		Q6ZQY7	126 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751		Q6ZRX8	168 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	MRPL55	Q7Z7F7	128 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	DHRS4-AS1	Q9P1J3	65 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	LINC00474	Q9P2X8	69 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	COL7A1	Q02388	2944 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	TRBV7-7	A0A0K0K1E9	115 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	CCK	P06307	115 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	LINC00643	Q86TS7	51 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	IGLV5-48	A0A075B6I7	105 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751		A0A096LNI7	61 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	TRBV7-4	A0A0J9YYF1	115 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751		A0A1B0GW54	56 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751		B5MCH6	92 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751		H0Y9J4	135 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	KRTAP17-1	Q9BYP8	105 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	RBM3	P98179	157 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	GAGE2B	Q13066	116 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	KRTAP3-1	Q9BYR8	98 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751		A0A087WTM6	91 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	MT-ATP8	P03928	68 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	LINC01547	P58512	204 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751		Q6ZQT0	140 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	WWC2-AS2	Q96NR7	200 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	C14orf132	Q9NPU4	83 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SYNE1-231	ENST00000498751	FBN3	Q75N90	2809 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751		A0A1W2PNN7	141 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	FAM168B	A1KXE4	195 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	REG3G	Q6UW15	175 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751		Q9BRP9	147 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	CSMD3	Q7Z407	3707 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	NDUFV3	P56181	108 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	SMCR5	Q8TEV8	140 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	ETDC	A0A1B0GVM5	59 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	C3orf84	H3BNL1	204 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	ATP5EP2	Q5VTU8	51 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751		Q6JHZ5	121 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	GAGE2A	Q6NT46	116 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751		Q8N377	158 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	SPACA4	Q8TDM5	124 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	LINC00476	Q8WZB0	136 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	DSCR8	Q96T75	97 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	LINC00846	Q9NV44	126 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	MEGF8	Q7Z7M0	2845 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	DNHD1	Q96M86	4753 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	RPL37AP8	A6NKH3	93 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	SPRR1B	P22528	89 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	FAM19A5	Q7Z5A7	132 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	LAMTOR3	Q9UHA4	124 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	PRKDC	P78527	4128 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	DNAH7	Q8WXX0	4024 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	IGLV8-61	A0A075B6I0	122 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	IGLV2-33	A0A075B6J2	118 aa	Predicted RBP	4.79	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	PLEC	Q15149	4684 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	C1orf134	Q5TEV5	83 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	KRTAP13-1	Q8IUC0	172 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	PLAC8	Q9NZF1	115 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	STARD9	Q9P2P6	4700 aa		4.78	□□□□□ -1.64
SYNE1-231	ENST00000498751	IGKV2-24	A0A0C4DH68	120 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	SMIM29	Q86T20	159 aa		4.77	□□□□□ -1.65
SYNE1-231	ENST00000498751	UBL5	Q9BZL1	73 aa		4.77	□□□□□ -1.65

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