RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000515847.1

LIMCH1-222, Transcript of LIM and calponin homology domains 1, human

TSL 4

Gene LIMCH1, Length 490 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LIMCH1-222	ENST00000515847	C5orf52	A6NGY3	159 aa		4.96	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	PLA2G1B	P04054	148 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	SCX	Q7RTU7	201 aa		4.96	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	STPG4	Q8N801	248 aa		4.96	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	MIEN1	Q9BRT3	115 aa		4.96	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	PLAC8	Q9NZF1	115 aa		4.96	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	FAM30A	Q9NZY2	134 aa		4.96	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	XG	P55808	180 aa		4.95	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	RPL24	P83731	157 aa	Known RBP	4.95	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	GAGE2E	Q4V326	116 aa		4.95	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	LBH	Q53QV2	105 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	C10orf25	Q5T742	122 aa		4.95	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	ZNF625	Q96I27	306 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	GAGE2D	Q9UEU5	116 aa		4.95	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847		A0A087WYN8	130 aa		4.94	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	SCGB1D1	O95968	90 aa		4.94	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	LINC00158	P58513	81 aa		4.94	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	S100A12	P80511	92 aa		4.94	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847		Q6ZRP5	223 aa		4.94	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	NKAPP1	Q8N9T2	125 aa		4.94	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	CIRBP-AS1	Q8TBR5	109 aa		4.94	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	KRTAP17-1	Q9BYP8	105 aa		4.94	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	ZNF815P	A8K554	130 aa		4.93	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	EPM2A	B3EWF7	344 aa		4.93	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	TMEM238	C9JI98	176 aa		4.93	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	CHTF8	P0CG12	524 aa		4.93	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	PFN2	P35080	140 aa		4.93	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	C9orf116	Q5BN46	136 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	SCGB1D4	Q6XE38	83 aa		4.93	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	CBY1	Q9Y3M2	126 aa		4.93	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847		M0QXV9	152 aa		4.92	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	TIMM17B	O60830	172 aa		4.92	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	UBE2B	P63146	152 aa		4.92	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847		Q8N1X5	172 aa		4.92	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	TP73-AS1	Q9UF72	201 aa		4.92	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	PLA2G2D	Q9UNK4	145 aa		4.92	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	PANO1	I0J062	215 aa		4.91	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	SMR3B	P02814	79 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	RPL37A	P61513	92 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847		Q6ZVH6	145 aa		4.91	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	FAM19A5	Q7Z5A7	132 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
LIMCH1-222	ENST00000515847	IGKV2D-26	A0A0A0MRZ7	120 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	SMIM13	P0DJ93	91 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847		Q5VSD8	79 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	ATOH7	Q8N100	152 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	MIR7-3HG	Q8N6C7	128 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	VAMP8	Q9BV40	100 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	SND1-IT1	Q9HBX3	110 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	XAGE1A	Q9HD64	81 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	ABCA13	Q86UQ4	5058 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	PKHD1L1	Q86WI1	4243 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	IGLV5-37	A0A075B6J1	123 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847		A0A0J9YXY3	114 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	TSPEAR-AS2	P59090	65 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	JOSD1	Q15040	202 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	MRPL55	Q7Z7F7	128 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	PCLO	Q9Y6V0	5065 aa		4.88	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	IFITM1	P13164	125 aa		4.88	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	ANKRD39	Q53RE8	183 aa		4.88	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	C9orf129	Q5T035	196 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	BOD1L2	Q8IYS8	172 aa		4.88	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	SPANXB1	Q9NS25	103 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	SRRM2	Q9UQ35	2752 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847		A0A0U1RRA0	63 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847		A0A1W2PNN7	141 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	NDUFC2	O95298	119 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	SPANXD	Q9BXN6	97 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	PPDPF	Q9H3Y8	114 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	SPANXC	Q9NY87	97 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	C22orf24	Q9Y442	160 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	LOC107984156	A0A0G2JMH3	177 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	TRBV10-2	A0A0K0K1G8	114 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847		M0R378	163 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	ARL17A	Q8IVW1	177 aa		4.86	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	DLEU1	O43261	78 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	COX8A	P10176	69 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	VPREB1	P12018	145 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	PRR3	P79522	188 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	SPATA45	Q537H7	98 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	S100A7L2	Q5SY68	101 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	SERTAD4-AS1	Q5TG53	156 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	PHF5A	Q7RTV0	110 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	LINC00518	Q8N0U6	118 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	PAM16	Q9Y3D7	125 aa		4.85	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	FAM168B	A1KXE4	195 aa		4.84	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	SRSF9	Q13242	221 aa	Known RBP eCLIP	4.84	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	C1orf137	Q5JT78	98 aa		4.84	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	SLC25A34	Q6PIV7	304 aa		4.84	□□□□□ -1.63
LIMCH1-222	ENST00000515847	PRY	O14603	147 aa		4.83	□□□□□ -1.64
LIMCH1-222	ENST00000515847	SMIM6	P0DI80	62 aa		4.83	□□□□□ -1.64
LIMCH1-222	ENST00000515847	RPL28	P46779	137 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
LIMCH1-222	ENST00000515847	HINT1	P49773	126 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
LIMCH1-222	ENST00000515847	PCP2	Q8IVA1	136 aa		4.83	□□□□□ -1.64
LIMCH1-222	ENST00000515847	DAND5	Q8N907	189 aa		4.83	□□□□□ -1.64
LIMCH1-222	ENST00000515847	LINC00308	Q8TCZ7	52 aa		4.83	□□□□□ -1.64
LIMCH1-222	ENST00000515847	NCR3	O14931	201 aa		4.82	□□□□□ -1.64
LIMCH1-222	ENST00000515847	BCE1	O60756	84 aa		4.82	□□□□□ -1.64
LIMCH1-222	ENST00000515847	INAFM2	P0DMQ5	153 aa		4.82	□□□□□ -1.64
LIMCH1-222	ENST00000515847	DDT	P30046	118 aa		4.82	□□□□□ -1.64
LIMCH1-222	ENST00000515847	UBE2A	P49459	152 aa		4.82	□□□□□ -1.64

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