RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	RUSC1-AS1	Q66K80	236 aa		7.09	□□□□□ -1.27
SYNE1-215	ENST00000460912	KAAG1	Q9UBP8	84 aa		7.09	□□□□□ -1.27
SYNE1-215	ENST00000460912	APC2	O95996	2303 aa		7.09	□□□□□ -1.27
SYNE1-215	ENST00000460912	TACC2	O95359	2948 aa		7.09	□□□□□ -1.27
SYNE1-215	ENST00000460912		M0R1X1	148 aa		7.09	□□□□□ -1.27
SYNE1-215	ENST00000460912	EREG	O14944	169 aa		7.09	□□□□□ -1.27
SYNE1-215	ENST00000460912	CA2	P00918	260 aa		7.09	□□□□□ -1.27
SYNE1-215	ENST00000460912	SMIM15	Q7Z3B0	74 aa		7.09	□□□□□ -1.27
SYNE1-215	ENST00000460912	LEAP2	Q969E1	77 aa		7.09	□□□□□ -1.27
SYNE1-215	ENST00000460912	PACRG	Q96M98	296 aa	Predicted RBP	7.09	□□□□□ -1.27
SYNE1-215	ENST00000460912	RNF7	Q9UBF6	113 aa		7.09	□□□□□ -1.27
SYNE1-215	ENST00000460912	TRAV9-1	A0A075B6T8	112 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	DPRX	A6NFQ7	191 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912		H0YJW9	148 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	HMGB3	O15347	200 aa	Known RBP	7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	CXorf1	O96002	111 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	CRYGC	P07315	174 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	TNFSF4	P23510	183 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	GALR1	P47211	349 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	MEF2C	Q06413	473 aa	Predicted RBP	7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	LY6D	Q14210	128 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	HNF4G	Q14541	408 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	REC114	Q7Z4M0	266 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF843	Q8N446	348 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	OR1P1	Q8NH06	330 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	NINJ1	Q92982	152 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	CLUHP3	Q96NS8	147 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	NPVF	Q9HCQ7	196 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNRD1	Q9P1U0	126 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	PPIAL4A	Q9Y536	164 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912		V9GYV3	84 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	SVEP1	Q4LDE5	3571 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	NDUFS8	O00217	210 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	GCHFR	P30047	84 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	MIC13	Q5XKP0	118 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	STPG3	Q8N7X2	389 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	THAP8	Q8NA92	274 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	ADTRP	Q96IZ2	230 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	PCGF1	Q9BSM1	259 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	SHISA9	B4DS77	424 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	RAB4B	P61018	213 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	RPS16	P62249	146 aa	Known RBP	7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	TEX38	Q6PEX7	206 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM216B	Q8N7L0	139 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	MBD6	Q96DN6	1003 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	DNAJC4	Q9NNZ3	241 aa		7.08	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	SCO2	A0A1W2PP80	73 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	COMP	P49747	757 aa	Predicted RBP	7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM27E3	Q08E93	113 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	HLA-DRB5	Q30154	266 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	NECAP1	Q8NC96	275 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC24A4	Q8NFF2	622 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	SFRP2	Q96HF1	295 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	CTSZ	Q9UBR2	303 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912		M0R1B8	84 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	NUPR1	O60356	82 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	EDDM3A	Q14507	147 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	GBGT1	Q8N5D6	347 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	OR4F5	Q8NH21	305 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	OCC1	Q8TAD7	63 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM37	Q8WXS4	190 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF714	Q96N38	554 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	OR4F4	Q96R69	305 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	S1PR3	Q99500	378 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC25A2	Q9BXI2	301 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	FBLL1	A6NHQ2	334 aa	Known RBP	7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM178B	H3BS89	294 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912		M0R143	59 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	LGALS4	P56470	323 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM200B	Q69YZ2	307 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	MOB3B	Q86TA1	216 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912		Q8N976	141 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	ITLN2	Q8WWU7	325 aa	Predicted RBP	7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC35E1	Q96K37	410 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	CRYBG3	Q68DQ2	2970 aa		7.07	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	NDUFB4	O95168	129 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	HOXC12	P31275	282 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	MORN5	Q5VZ52	161 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	OR4A5	Q8NH83	315 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	TMEM167A	Q8TBQ9	72 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	RPUSD4	Q96CM3	377 aa	Known RBP	7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A0U1RQK1	487 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	PGPEP1L	A6NFU8	196 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	GGTLC3	B5MD39	225 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	PRAMEF5	Q5TYX0	476 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	TEPP	Q6URK8	271 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	PATE2	Q6UY27	113 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF841	Q6ZN19	808 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF414	Q96IQ9	312 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	C17orf100	A8MU93	164 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	LY6L	H3BQJ8	138 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	SAA1	P0DJI8	122 aa	Predicted RBP	7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	HOXB4	P17483	251 aa	Predicted RBP	7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	NPY1R	P25929	384 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	ADIRF	Q15847	76 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	GFRAL	Q6UXV0	394 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	WFDC8	Q8IUA0	241 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	OR1L6	Q8NGR2	347 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	OR5B3	Q8NH48	314 aa		7.06	□□□□□ -1.28
SYNE1-215	ENST00000460912	CLEC5A	Q9NY25	188 aa		7.06	□□□□□ -1.28

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 46.3 ms