RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472		M0R1B8	84 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	TGOLN2	O43493	480 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	WISP2	O76076	250 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	LHB	P01229	141 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	OR13C7	P0DN81	318 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	EGR1	P18146	543 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	RAB5A	P20339	215 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	AGA	P20933	346 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	TNFSF4	P23510	183 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	DUT	P33316	252 aa	Known RBP	5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	SSTR5	P35346	364 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	G6PC	P35575	357 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	GPR12	P47775	334 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF83	P51522	516 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	GNB2	P62879	340 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	CCL20	P78556	96 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF816	Q0VGE8	651 aa	Predicted RBP	5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	TCF15	Q12870	199 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	IZUMO4	Q1ZYL8	232 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472		Q3ZCU0	254 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	PDLIM3	Q53GG5	364 aa	Predicted RBP	5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	RBMS3	Q6XE24	437 aa	Known RBP	5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	MRGPRG	Q86SM5	289 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	C1QL4	Q86Z23	238 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	LINC00518	Q8N0U6	118 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF808	Q8N4W9	903 aa	Predicted RBP	5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	RBMXL3	Q8N7X1	1067 aa	Known RBP	5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	NUP37	Q8NFH4	326 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	OR10P1	Q8NGE3	313 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	UBALD1	Q8TB05	177 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472		Q8TCH9	128 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	DTD1	Q8TEA8	209 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	R3HDM4	Q96D70	268 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	SDSL	Q96GA7	329 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ADTRP	Q96IZ2	230 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	YPEL4	Q96NS1	127 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	DIRC2	Q96SL1	478 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	RARRES2	Q99969	163 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	NIPSNAP3B	Q9BS92	247 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	AGMAT	Q9BSE5	352 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	RSG1	Q9BU20	258 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	GGACT	Q9BVM4	153 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	SAV1	Q9H4B6	383 aa	Predicted RBP	5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	RPRM	Q9NS64	109 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	IL19	Q9UHD0	177 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	VAX2	Q9UIW0	290 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	PSG11	Q9UQ72	335 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	MYO7B	Q6PIF6	2116 aa		5.21	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	DNAH14	Q0VDD8	3507 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	TRGV8	A0A0C4DH27	118 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV3-64D	A0A0J9YX35	117 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	CTXND1	A0A1B0GTU2	59 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	UBE2L5P	A0A1B0GUS4	154 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1W2PPH5	198 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	MED19	A0JLT2	244 aa	Predicted RBP	5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	MAP1LC3B2	A6NCE7	125 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	MARCH11	A6NNE9	402 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	TM4SF5	O14894	197 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ST8SIA5	O15466	376 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	RAMP3	O60896	148 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	MPDU1	O75352	247 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	KRAS	P01116	189 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	IFNA17	P01571	189 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ARG1	P05089	322 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	S100A8	P05109	93 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	CGB3	P0DN86	165 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	CGB7	P0DN87	165 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	MDK	P21741	143 aa	Predicted RBP	5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	NBL1	P41271	181 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	THBS3	P49746	956 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	BRWD1-AS2	P59051	145 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	SPCS3	P61009	180 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ERVK-16	P61578	105 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	EDDM3A	Q14507	147 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	HABP2	Q14520	560 aa	Predicted RBP	5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF726P1	Q15940	193 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	HAGH	Q16775	308 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	MSMP	Q1L6U9	139 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM249	Q2WGJ8	235 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	MORN2	Q502X0	79 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	AKIRIN2	Q53H80	203 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	STUM	Q69YW2	141 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	FAM180A	Q6UWF9	173 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF429	Q86V71	674 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	PRSS33	Q8NF86	280 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	RAB39B	Q96DA2	213 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	RCC1L	Q96I51	464 aa	Known RBP	5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	OR2V2	Q96R30	315 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF251	Q9BRH9	671 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	TCEAL7	Q9BRU2	100 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	MAP1LC3B	Q9GZQ8	125 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	IFI27L2	Q9H2X8	130 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	LINC00574	Q9H8X3	128 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	MANBAL	Q9NQG1	85 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	KCNIP2	Q9NS61	270 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	GFOD1	Q9NXC2	390 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	ELOVL5	Q9NYP7	299 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	CALY	Q9NYX4	217 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	RNF7	Q9UBF6	113 aa		5.2	□□□□□ -1.58
CLN3-223	ENST00000566472	GNG12	Q9UBI6	72 aa		5.2	□□□□□ -1.58

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 79.2 ms