RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 CCDC85CA6NKD9 419 aa23.26■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 UBE4AQ14139 1066 aa23.26■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 TTLL12Q14166 644 aaPredicted RBP23.26■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 ARMC9Q7Z3E5 817 aa23.26■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 RGS19P49795 217 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 SCAF8Q9UPN6 1271 aaKnown RBP23.25■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 UBE2Q2LH0YL09 131 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 SNAP23O00161 211 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 MYO1BO43795 1136 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 PRAMEF18Q5VWM3 479 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 CERS5Q8N5B7 392 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 ZNF594Q96JF6 807 aaPredicted RBP23.25■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 FAM205AQ6ZU69 1335 aa23.24■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 E9PSI1 815 aa23.24■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 MOB2Q70IA6 237 aa23.24■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 MROH5Q6ZUA9 1318 aa23.23■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 RABL6Q3YEC7 729 aaPredicted RBP23.23■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 SUCLG2Q96I99 432 aa23.23■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 MYH13Q9UKX3 1938 aa23.22■■□□□ 1.31
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CLN3-241ENST00000635861 TM4SF4P48230 202 aa23.22■■□□□ 1.31
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CLN3-241ENST00000635861 KAZALD1Q96I82 304 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 DEFB129Q9H1M3 183 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 SPDYE2BA6NHP3 402 aa23.21■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 PLIN1O60240 522 aa23.21■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 NBPF7P0C2Y1 421 aaPredicted RBP23.21■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 SPDYE6P0CI01 402 aa23.21■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 SREBF2Q12772 1141 aa23.21■■□□□ 1.31
CLN3-241ENST00000635861 TDRD7Q8NHU6 1098 aaKnown RBP23.21■■□□□ 1.31
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CLN3-241ENST00000635861 LDLRAD1Q5T700 205 aa23.2■■□□□ 1.3
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CLN3-241ENST00000635861 MLLT1Q03111 559 aaPredicted RBP23.18■■□□□ 1.3
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CLN3-241ENST00000635861 SUPT20HL1Q3ZLR7 823 aa23.18■■□□□ 1.3
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CLN3-241ENST00000635861 SERPINA10Q9UK55 444 aa23.18■■□□□ 1.3
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CLN3-241ENST00000635861 ALDH1L2Q3SY69 923 aa23.17■■□□□ 1.3
CLN3-241ENST00000635861 FAM84BQ96KN1 310 aaPredicted RBP23.17■■□□□ 1.3
CLN3-241ENST00000635861 SLFN5Q08AF3 891 aa23.16■■□□□ 1.3
CLN3-241ENST00000635861 TNFAIP1Q13829 316 aa23.16■■□□□ 1.3
CLN3-241ENST00000635861 MFSD14BQ5SR56 506 aa23.16■■□□□ 1.3
CLN3-241ENST00000635861 PRMT6Q96LA8 375 aaPredicted RBP23.16■■□□□ 1.3
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CLN3-241ENST00000635861 INHBEP58166 350 aa23.16■■□□□ 1.3
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CLN3-241ENST00000635861 ANKRD44Q8N8A2 993 aa23.15■■□□□ 1.3
CLN3-241ENST00000635861 SSH1Q8WYL5 1049 aa23.15■■□□□ 1.3
CLN3-241ENST00000635861 TNRC18O15417 2968 aaPredicted RBP23.14■■□□□ 1.3
CLN3-241ENST00000635861 RBM5P52756 815 aaKnown RBP eCLIP23.14■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 PRKG1Q13976 671 aa23.14■■□□□ 1.29
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CLN3-241ENST00000635861 TBC1D22AQ8WUA7 517 aa23.14■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 VEZTQ9HBM0 779 aa23.14■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 TTF2Q9UNY4 1162 aaKnown RBP23.14■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 KIF16BQ96L93 1317 aa23.13■■□□□ 1.29
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CLN3-241ENST00000635861 PDE8BO95263 885 aa23.13■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 CT47B1P0C2W7 299 aaPredicted RBP23.13■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 SPDYE2Q495Y8 402 aa23.13■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 METTL24Q5JXM2 366 aa23.13■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 FBXO33Q7Z6M2 555 aa23.13■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 VPS37DQ86XT2 251 aa23.13■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 SLC10A4Q96EP9 437 aa23.13■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 JAG2Q9Y219 1238 aa23.13■■□□□ 1.29
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CLN3-241ENST00000635861 ZNF296Q8WUU4 475 aaPredicted RBP23.11■■□□□ 1.29
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CLN3-241ENST00000635861 PDE4DIPQ5VU43 2346 aa23.1■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 GPR25O00155 361 aa23.09■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 MKRN3Q13064 507 aaKnown RBP23.09■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 DZIP1LQ8IYY4 767 aaKnown RBP23.09■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 ZNF70Q9UC06 446 aaPredicted RBP23.09■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 CRKP46108 304 aa23.08■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 TNNI2P48788 182 aa23.08■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 NBPF12Q5TAG4 269 aaPredicted RBP23.08■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 ANKRD13AQ8IZ07 590 aa23.08■■□□□ 1.29
CLN3-241ENST00000635861 TRMT2AQ8IZ69 625 aaKnown RBP23.08■■□□□ 1.29
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