RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000477413.1

CNIH4-208, Transcript of cornichon family AMPA receptor auxiliary protein 4, human

TSL 5

Gene CNIH4, Length 820 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CNIH4-208	ENST00000477413	HDAC5	Q9UQL6	1122 aa		28.36	■■■□□ 2.13
CNIH4-208	ENST00000477413	PLIN1	O60240	522 aa		28.35	■■■□□ 2.13
CNIH4-208	ENST00000477413	PDE8B	O95263	885 aa		28.35	■■■□□ 2.13
CNIH4-208	ENST00000477413	FKBP1B	P68106	108 aa		28.34	■■■□□ 2.13
CNIH4-208	ENST00000477413	PTPN12	Q05209	780 aa	Known RBP	28.34	■■■□□ 2.13
CNIH4-208	ENST00000477413	AIDA	Q96BJ3	306 aa		28.34	■■■□□ 2.13
CNIH4-208	ENST00000477413	HIBADH	P31937	336 aa	Known RBP	28.33	■■■□□ 2.13
CNIH4-208	ENST00000477413	HUNK	P57058	714 aa		28.33	■■■□□ 2.13
CNIH4-208	ENST00000477413	HNRNPU	Q00839	825 aa	Known RBP eCLIP	28.33	■■■□□ 2.13
CNIH4-208	ENST00000477413	METTL24	Q5JXM2	366 aa		28.33	■■■□□ 2.13
CNIH4-208	ENST00000477413	FBXO33	Q7Z6M2	555 aa		28.33	■■■□□ 2.13
CNIH4-208	ENST00000477413	C2orf69	Q8N8R5	385 aa		28.33	■■■□□ 2.13
CNIH4-208	ENST00000477413	PRDM10	Q9NQV6	1147 aa		28.33	■■■□□ 2.13
CNIH4-208	ENST00000477413	EYA2	O00167	538 aa		28.32	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	FGFR2	P21802	821 aa		28.32	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	CTCF	P49711	727 aa	Predicted RBP	28.32	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	28.32	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	KLHDC4	Q8TBB5	520 aa		28.32	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	ZBED9	Q6R2W3	1325 aa		28.32	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	IPO8	O15397	1037 aa	Known RBP	28.31	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	TRIM27	P14373	513 aa		28.31	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	GYG1	P46976	350 aa		28.31	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	APOBEC3F	Q8IUX4	373 aa	Known RBP	28.31	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	CIAO1	O76071	339 aa		28.3	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	NOG	Q13253	232 aa		28.3	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	PUM3	Q15397	648 aa	Known RBP	28.3	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	ATF7IP	Q6VMQ6	1270 aa		28.3	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	MEIS3	Q99687	375 aa		28.3	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	MYH13	Q9UKX3	1938 aa		28.3	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	FAM155A	B1AL88	458 aa	Predicted RBP	28.29	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	RGMB	Q6NW40	437 aa		28.29	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	ATG9A	Q7Z3C6	839 aa		28.29	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	LRRFIP2	Q9Y608	721 aa	Known RBP	28.29	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	MTX1	Q13505	466 aa		28.28	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	SPDYE2B	A6NHP3	402 aa		28.27	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	AOC2	O75106	756 aa		28.27	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	GNAI3	P08754	354 aa		28.27	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	SPDYE6	P0CI01	402 aa		28.27	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	DLGAP5	Q15398	846 aa		28.27	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	MFSD14B	Q5SR56	506 aa		28.27	■■■□□ 2.12
CNIH4-208	ENST00000477413	ZBTB22	O15209	634 aa		28.26	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	BCAR3	O75815	825 aa		28.26	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	HSPA8	P11142	646 aa	Known RBP	28.26	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	CAVIN4	Q5BKX8	364 aa		28.26	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	CCDC102A	Q96A19	550 aa		28.26	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	COPRS	Q9NQ92	184 aa		28.26	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	CA12	O43570	354 aa		28.25	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	SERPINA10	Q9UK55	444 aa		28.25	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	SLC10A3	P09131	477 aa		28.24	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	IFIT1	P09914	478 aa	Known RBP	28.24	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	TBC1D22A	Q8WUA7	517 aa		28.24	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	LPIN2	Q92539	896 aa		28.24	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	PPP2R3B	Q9Y5P8	575 aa		28.24	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	GRM1	Q13255	1194 aa		28.23	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	CFAP100	Q494V2	611 aa		28.23	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	VPS37D	Q86XT2	251 aa		28.23	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	LAMB1	P07942	1786 aa		28.23	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	JAG2	Q9Y219	1238 aa		28.22	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	IL15	P40933	162 aa	Predicted RBP	28.21	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	BEGAIN	Q9BUH8	593 aa		28.21	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	SUGT1	Q9Y2Z0	365 aa		28.21	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413	SSC5D	A1L4H1	1573 aa		28.2	■■■□□ 2.11
CNIH4-208	ENST00000477413		F8W031	263 aa	Predicted RBP	28.2	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	MYO1B	O43795	1136 aa		28.2	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	SLC5A1	P13866	664 aa		28.2	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	ZNF157	P51786	506 aa	Predicted RBP	28.2	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	HDLBP	Q00341	1268 aa	Known RBP	28.2	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	TNS4	Q8IZW8	715 aa		28.2	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	PRMT6	Q96LA8	375 aa	Predicted RBP	28.2	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	SCAF8	Q9UPN6	1271 aa	Known RBP	28.2	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	PCDHAC2	Q9Y5I4	1007 aa		28.2	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	NF2	P35240	595 aa		28.19	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	BCAM	P50895	628 aa		28.19	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	LBX1	P52954	281 aa		28.19	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	ZKSCAN2	Q63HK3	967 aa		28.19	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	RASAL3	Q86YV0	1011 aa		28.19	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	ZIC5	Q96T25	663 aa		28.19	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	TTF2	Q9UNY4	1162 aa	Known RBP	28.19	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	TNN	Q9UQP3	1299 aa		28.19	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	FRAT1	Q92837	279 aa	Predicted RBP	28.18	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	DEFB129	Q9H1M3	183 aa		28.18	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	AOX1	Q06278	1338 aa		28.18	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	SPDYE2	Q495Y8	402 aa		28.17	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	PRAMEF18	Q5VWM3	479 aa		28.17	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	MRI	Q9BWK5	157 aa		28.17	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	SIL1	Q9H173	461 aa		28.17	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	CEP126	Q9P2H0	1117 aa		28.17	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	AKAP11	Q9UKA4	1901 aa		28.17	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	MAP3K11	Q16584	847 aa		28.16	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	ATP2B3	Q16720	1220 aa		28.16	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	REM2	Q8IYK8	340 aa	Predicted RBP	28.16	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	PA2G4	Q9UQ80	394 aa	Known RBP	28.16	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	SAGE1	Q9NXZ1	904 aa		28.15	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	28.15	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	MAST3	O60307	1309 aa		28.15	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	SRGAP3	O43295	1099 aa		28.14	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	GNAI2	P04899	355 aa		28.14	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	CRK	P46108	304 aa		28.14	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	GRIK5	Q16478	980 aa		28.14	■■■□□ 2.1
CNIH4-208	ENST00000477413	DZIP1L	Q8IYY4	767 aa	Known RBP	28.14	■■■□□ 2.1

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