RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558836.5

CUX1-217, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

TSL 5

Gene CUX1, Length 2,965 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-217ENST00000558836 LPCAT3Q6P1A2 487 aa9.14□□□□□ -0.95
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CUX1-217ENST00000558836 OR5L1Q8NGL2 311 aa9.12□□□□□ -0.95
CUX1-217ENST00000558836 OR1K1Q8NGR3 316 aa9.12□□□□□ -0.95
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